Kauno marių regioniniame parke saugomas unikalus Kauno marių tvenkinio žemutinės dalies kraštovaizdis. Jis įsteigtas išsaugoti:

• unikalų Kauno marių tvenkinio kraštovaizdžio kompleksą, didžiąsias atodangas, užlietas Nemuno intakų žiotis;
• unikalų Pažaislio vienuolyno architektūrinį kompleksą, Lietuvos liaudies buities muziejų;
• gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją, svarbias vandens paukščių perėjimo ir poilsio migracijų metu vietas.

Kauno marių regioninio parko kraštovaizdis pasižymi morfologinės struktūros raiškumu, gamtos bei kultūros paveldo objektais ir rekreaciniu bei pažintiniu turistiniu potencialu.

Regioninio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: miškingo bei mažai sukultūrinto užlieto stambaus meandruoto terasinio slėnio, miškingų aukštų stačiašlaičių krantų su atodangomis, miškingų erozinių plokščiaragių, mažai sukultūrintų erozinių nedidelių upių slėnių, miškingų stačiašlaičių erozinių slėniukų, miškingų smėlingų banguotų paslėnio lygumų žemapelkynų ir stambių energetinių kompleksų teritorijų.

Europos Bendrijos svarbos teritorijos (kodas ir pavadinimas): 5130 kadagynai, 6210 stepinės pievos, 7220 šaltiniai su besiformuojančiais tufais, 8220 silikatinių uolienų atodangos, 9010 vakarų taiga, 9050 žolių turtingi eglynai, 9070 medžiais apaugusios ganyklos, 9180 griovių ir šlaitų miškai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 950, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 30 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 600. Žinduolių – 50, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 8 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 220, iš jų 39 saugomos Europos Bendrijos, 25 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 34, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 16, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 310, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 5 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Kauno marių regioniniame parke skirta 14 draustinių (2 kraštovaizdžio, 3 hidrografiniai, 3 botaniniai-zoologiniai, 1 ornitologinis, 1 botaninis, 2 architektūriniai, 2 archeologiniai).

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Kauno marių – Kauno marių centrinės erdvės su aukštais Nemuno slėnio šlaitais, didžiosiomis atodangomis, Rumšiškių miško kraštovaizdis, slėnio šlaitams būdingų augaviečių miškai, archeologijos vertybės (Samylų piliakalnis su gyvenviete, Samylų II piliakalnis, Viršužiglio dvarvietė, Dovainonių, Kapitoniškių pilkapynai, Dovainonių, Kapitoniškių piliakalniai) bei vienkieminio kaimo teritorijos užstatymo pobūdis Kapitoniškėse; Strėvos – Strėvos žemupio slėnio vaizdingas kraštovaizdis, pakrančių miškai, Europos Bendrijos svarbos griovų ir šlaitų miškų, stepinių pievų, rūšių turtingų smilgynų buveinės, Lašinių piliakalnis su gyvenviete.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Karčiupio – nepakeista Karčiupio upelio ir jo intakų struktūra, gamtinis kraštovaizdžio pobūdis; Pravienos – Pravienos upelio, jo intakų struktūra, gamtinis kraštovaizdžio pobūdis; Uolės – Uolės įlankos, susiformavusios užtvenkus Nemuną, gamtinis kraštovaizdžio pobūdis.

Botaniniuose-zoologiniuose draustiniuose saugoma: Dabintos – du skirtingi augalijos kompleksai – nepaprastai vaizdingas šimtametis pušynas ir užžėlusi pelkėjanti marių pakrantė bei Dabintos sala, retos paukščių rūšys (juodasis peslys, įvairūs geniai, uldukas) ir jų perimvietės bei retųjų augalų rūšys (smiltyninis gvazdikas, miškinė varnalėša, dirvinis česnakas); Gastilionių – būdingas senovinių aliuvinių lygumų augaviečių miškas, Paežerojaus ežeras, Europos Bendrijos svarbos žolių turtingų eglynų, pelkėtų lapuočių miškų, skroblynų, pelkinių miškų, plačialapių ir mišrių miškų buveinės, saugomų paukščių rūšys (jūrinis erelis, juodieji pesliai, vištvanagiai, mažieji ereliai rėksniai) ir ypač retų Lietuvoje žinduolių – didžiųjų miegapelių populiacija; Piliuonos – Nemuno slėnio žemutinės terasos teritorija, kurioje gausu užliejamų pievų, įvairaus dydžio pelkių, ir retos paukščių rūšys (juodakrūtis bėgikas, gaidukas, raudonkojis tulikas, didžioji kuolinga), jų perimvietės bei retų augalų rūšys (raudonoji ir baltijinė gegūnės, vyriškoji gegužraibė, mėlynasis palemonas, paprastasis kardelis, šiurkštusis katilėlis).

Arlaviškių botaniniame draustinyje saugomos marių šlaituose esančios Europos Bendrijos svarbos kadagynų, stepinių pievų, šaltinių su besiformuojančiais tufais, griovų ir šlaitų miškų buveinės, retos ir nykstančios augalų rūšys (boloninis katilėlis, melsvasis gencijonas, dirvinis česnakas, gauruotasis gvazdikas).

Arlaviškių ornitologiniame draustinyje saugomos paukščių rūšys (didysis baublys, plovinė ir ilgasnapė vištelės, švygžda, didžioji ir mažoji krakšlės, laukys, kragas, nendrinė lingė, šaukštasnapė antis, pilkoji antis, rudė).

Architektūriniuose draustiniuose saugoma: Kauno tvirtovės V forto – XIX amžiaus pabaigos–XX amžiaus pradžios Kauno tvirtovės antrojo žiedo vienas stambiausių technikos ir architektūros paminklų – V forto teritorija; Pažaislio – XVII–XVIII a. unikalus Lietuvos baroko architektūros paminklas – Pažaislio kamaldulių vienuolyno ansamblis, kurį sudaro barokinė bažnyčia, vienuolyno korpusai, forestoriumas, oficinos, eremitų nameliai, šuliniai, bokštas ir kiti pagalbiniai pastatai, ir vaizdinga jo aplinka.

Archeologiniuose draustiniuose saugoma: Palemono gynybinių įtvirtinimų – XV ir XX amžių pradžios gynybinių įtvirtinimų – Geležinkelio (Palemono) forto liekanų su blindažų grandine kompleksas, Vieškūnų piliakalnio ir senovės gyvenvietės teritorija; Surgantiškės – įspūdinga archeologijos vertybių sankaupos teritorija (Maisiejūnų piliakalnis su gyvenviete, Maisiejūnų (Surgantiškių) pilkapynas).

Kauno marių regioniniame parke yra 15 gamtos paveldo objektų, iš jų 1 gamtos paminklas. Regioniniame parke yra 35 kultūros paveldo objektai, iš jų 8 kultūros paminklai.