Lietuvos saugomų teritorijų sistemos kūrimo istorija ilga ir sudėtinga. Jos pradžia siekia seniausius laikus.
Lietuvos saugomų teritorijų sistemos istorijoje aiškūs šeši laikotarpiai, glaudžiai susiję su valstybės ir visuomenės raida, esminiais socialinių ir ekonominių santykių, gamtonaudos ir kultūros raidos pokyčiais. Tai: 1) senasis baltiškasis, 2) feodalinis, 3) tarpukario Lietuvos, 4) ankstyvojo sovietmečio, 5) vėlyvojo sovietmečio ir 6) dabartinis.
Senasis baltiškasis laikotarpis
Žinių apie protėvių – senųjų baltų – santykius su aplinka, požiūrį į gamtą suteikia metraščiai. Pirmajame tūkstantmetyje jaučiama akivaizdi senovės baltų pagarba gamtai, jos reiškiniams ir objektams. Pirmoji saugomų teritorijų kūrimo tradicija buvusi sakralinė, susijusi su gamtameldyste. Seniausias saugomų teritorijų raidos laikotarpis – šventviečių, etapas. Jame formavosi kultinių šventųjų girių, garbintų šventųjų medžių, akmenų, vandens telkinių ar kitų gamtos objektų, kuriuos buvo draudžiama naikinti, o kartais net lankyti tradicija. Šių pirmųjų saugomų teritorijų supratimas labai skyrėsi nuo šiuolaikinio, bet dėl apsaugos griežtumo jas būtų galima priskirti rezervatams ar paminklams, o apsaugos režimo užtikrinimas, tikėtina, buvo daug geresnis nei dabar.
Lietuvai oficialiai priėmus krikštą, XIV a. pabaigoje senąsias šventvietes imta naikinti arba dirbtinai bandyti pritaikyti krikščionybės poreikiams. Nepaisant senajam saugomų teritorijų tinklui nepalankios istorinės raidos, atskiros jo dalys (alkakalniai ir akmenys), sulaukė šių dienų ir tapo sudėtine XX a. antrojoje pusėje suformuotos saugomų teritorijų sistemos dalimi.
Feodalinis laikotarpis
Feodalinio laikotarpio metu sakralinius gamtosaugos motyvus pakeitė naudotojiškas interesas. Gamtos turtų naudojimo reglamentavimo pradmenys randami Kazimiero teisyne (1468 m.) ir Pirmajame Lietuvos statute (1529 m.). Šiuose ir kituose feodalinės teisės dokumentuose daugiausia dėmesio skiriama miškų ir ypač medžiojamosios faunos apsaugai, griežtai siejant tai su nuosavybės teise ir įvedant žiaurias baudas (iki mirties bausmės) už miškų naudojimo, žūklės ar medžioklės taisyklių pažeidimus.
Laukiniai žvėrys ir paukščiai laikyti kunigaikščių nuosavybe, o medžioklė – tik jų arba jiems nusipelniusių stambiųjų feodalų privilegija. XVII a. didžiūnų elito medžioklės įgavo pramoginį pobūdį, pradėtas kurti stambių miško masyvų, vadinamųjų medžioklių (kur iš esmės uždrausta kitokia veikla), tinklo kūrimas. Manoma, kad dabartinės Lietuvos teritorijoje egzistavo keliolika tokių medžioklių masyvų.
Tarpukario Lietuvos laikotarpis
Tai periodas, kai Lietuvą pasiekė naujos, XX a. epochą atitinkančios aplinkosaugos idėjos, paremtos gamtinės ir kultūrinės įvairovės, retų objektų išsaugojimo būtinumu. Jau pirmajame nepriklausomybės dešimtmetyje žymūs šalies šviesuoliai – T. Ivanauskas, P. Matulionis, J. Tumas-Vaižgantas ir kiti – pradėjo kalbėti apie specialių saugomų teritorijų, pirmiausia rezervatų ir tautos (nacionalinių) parkų, steigimo poreikį, siūlė pirmąsias saugotinas teritorijas.
1921 m. T. Ivanauskas nurodė 6 teritorijas, kurios turėtų būti išsaugotos ir tiktų rezervatams steigti. J. Tumo-Vaižganto iniciatyva buvo pradėta diskutuoti dėl Punios šilo ir Anykščių šilelio tautos (nacionalinių) parkų kūrimo, P. Matulionis ragino dėmesį atkreipti į Labanoro girią.
1937 m. Lietuvoje atsirado pirmoji dabartinius reikalavimus atitinkanti saugoma teritorija – Žuvinto gamtinis rezervatas nykstantiems vandens paukščiams išsaugoti.
Ankstyvasis sovietmetis
Tuometinė Lietuva negalėjo turėti savarankiškos aplinkos apsaugos politikos ir buvo smarkiai veikiama bendrų Sovietų Sąjungoje besireiškiančių tendencijų. 1945 m. buvo išskirti pirmieji 8 gamtiniai draustiniai (bendras plotas – 17,8 tūkst. ha). Jų tikslas buvo atkurti stambiosios medžiojamosios faunos išteklius. 1948 m. šie draustiniai tapo medžioklės rezervatais arba buvo panaikinti. Buvo įsteigta 13 medžioklės rezervatų.
1951 m. visi medžioklės rezervatai buvo panaikinti, o 1954 m. buvo sukurtas medžioklės draustinių tinklas (bendras plotas – beveik 300 tūkst. ha). Medžioklės draustiniai buvo įsteigti 10 metų laikotarpiui – tiek, kiek reikėjo medžioklės ištekliams atkurti. Šiuo laikotarpiu steigiamos Lietuvos saugomos teritorijos iš esmės buvo skirtos medžioklės ištekliams išsaugoti ir atkurti.
Vėlyvasis sovietmetis
Vėlyvojo sovietmečio laikotarpiu buvo padėti pamatai Lietuvos saugomų teritorijų sistemai. Dėl gresiančios ekologinės krizės stiprėjant visuomenės aplinkosauginėms nuostatoms, parengta sisteminė koncepcija, turinti mokslinį pagrindą, ir pirmieji saugomų teritorijų planavimo dokumentai.
1959 m. priimtas pirmasis Gamtos apsaugos įstatymas, numatęs pagrindines saugomų teritorijų kategorijas, jų režimus ir suteikęs prioritetą kraštovaizdžio ir biologinės įvairovės apsaugai. 1960 m. Ministrų Tarybos nutarimu šalyje įsteigti pirmieji tikri, siekiantys išsaugoti vertybes, gamtiniai ir kompleksiniai draustiniai. Buvo įsteigti net 89 draustiniai. Tuo metu saugomos teritorijos sudarė 2 proc. šalies ploto. Šie draustiniai apėmė beveik visas tuo metu žinomas vertingiausias Lietuvos teritorijas.
1969 m., 1975 m. ir 1980 m. saugomų teritorijų tinklas buvo gana sparčiai pildomas naujais draustiniais. Buvo išplėstas Žuvinto gamtinis rezervatas, įsteigti du nauji gamtiniai rezervatai: Čepkelių (1975 m.) ir Kamanų (1979 m.). 1989 m. buvo įsteigtas Kernavės kultūrinis rezervatas-muziejus. 1966 m. Kuršių nerija paskelbta kraštovaizdžio draustiniu su specialiu režimu.
Septintojo dešimtmečio pabaigoje pradėta aktyviai diskutuoti dėl nacionalinių parkų steigimo. 1971 m. parengtas Aukštaitijos nacionalinio parko steigimo projektas, o 1974 m. įsteigtas pirmasis nacionalinis parkas (30 tūkst. ha).
Ypač daug dėmesio buvo skirta nacionalinių ir regioninių parkų tinklui kurti, sumanyta originali nacionalinių parkų steigimo koncepcija (koncepcijos autorius prof. P. Kavaliauskas), pagrįsta etnokultūrinių sričių reprezentavimo bei konservacinių ir rekreacinių interesų derinimo tikslais, numatytos galimybės kurti istorinius nacionalinius bei regioninius parkus.
Šalies saugomų teritorijų tinklo raidai itin svarbus devintasis dešimtmetis, kuriame Vilniaus universiteto Kraštotvarkos grupė, vadovaujama prof. P. Kavaliausko, talkininkaujant Botanikos institutui, parengė ypač saugomų Lietuvos teritorijų perspektyvinę schemą. Joje numatytas esminis šalies saugomų teritorijų tinklo pertvarkymas, jo keitimas į kryptingai kuriamą sistemą, daugiau nei du kartus padidinant saugomų teritorijų plotą. Šios schemos pasiūlymai kartu su Lietuvos kompleksine gamtos apsaugos schema 1986 m. buvo patvirtinti Vyriausybės. Tai buvo pirmoji ilgalaikė šalies saugomų teritorijų tinklo strategija.
1988 m. draustinių tinklas papildytas ne tik naujais 79 draustiniais, bet ir naujomis draustinių rūšimis (geomorfologiniais, hidrografiniais ir pedologiniais). Bendras visų įsteigtų draustinių plotas siekė daugiau nei 27,5 tūkst. ha. 1984 m. buvo įsteigtas pirmasis Pavilnių valstybinis gamtos parkas – regioninio parko prototipas. Buvo įteisinta ir gamtos paminklų kategorija bei sukurtas jų tinklas. Laikotarpio pabaigoje buvo 415 gamtos paminklų.
Dabartinis laikotarpis
Jis prasidėjo 1990 m., atkūrus Lietuvos nepriklausomybę. Pirmuosius trejus metus iš esmės buvo baigiama tai, kas buvo pagrįsta ir suplanuota per ankstesnį laikotarpį. Pirmiausia baigtas kurti Lietuvos nacionalinių parkų tinklas. Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos 1991 m. nutarimu įsteigti Kuršių nerijos, Dzūkijos, Žemaitijos ir Trakų istorinis nacionaliniai parkai bei Viešvilės gamtinis rezervatas. Unikalus (net ir pasauliniu mastu) reiškinys – regioninių parkų sistemos, apimančios 29 regioninius ir 1 istorinį regioninį parką (bendras plotas – daugiau nei 360 tūkst. ha), sukūrimas vienu teisės aktu (LR Aukščiausiosios Tarybos 1992 m. rugsėjo 24 d. nutarimas). Tuo pačiu nutarimu iš esmės buvo išplėstas ir valstybinių draustinių tinklas paskelbiant 128 naujus valstybinius draustinius.
Per šį laikotarpį buvo baigta kurti Lietuvos saugomų teritorijų sistema, prilygstanti Europos standartams. 1993 m. priimtas Saugomų teritorijų įstatymas, žymintis naują saugomų teritorijų sistemos raidos etapą. 1997 m. įteisinta nauja draustinių rūšis – telmologiniai draustiniai, skirti pelkių apsaugai, įsteigtas Vilniaus pilių valstybinis kultūrinis rezervatas.
Savivaldos institucijos pradėjo steigti savivaldybių draustinius, skelbti paveldo objektus.
Šiam saugomų teritorijų sistemos raidos laikotarpiui būdinga sparti saugomų teritorijų planavimo darbų plėtra, specialių institucijų sukūrimas, saugomų teritorijų direkcijų stiprėjimas ir jų veiklos aktyvėjimas, pažintinio turizmo infrastruktūros kūrimas.
Nauja saugomų teritorijų steigimo banga yra susijusi su Europos Sąjungos Paukščių ir Buveinių direktyvų reikalavimų įgyvendinimu, „Natura 2000“ teritorijų tinklo kūrimu.
2002–2018 m. šalies saugomų teritorijų sistema papildyta Žuvinto biosferos rezervatu (įsteigtas buvusio gamtinio rezervato pagrindu), 32 biosferos poligonais, 39 draustiniais ir 3 atkuriamaisiais sklypais. Jiems ir kitoms saugomoms teritorijoms suteiktas „Natura 2000“ teritorijos statusas.
2014 m. įsteigta per šimtą genetinių draustinių.