Dzūkijos nacionalinis parkas didžiausia saugoma teritorija Lietuvoje. Jis įsteigtas išsaugoti:

• unikalų Dainavos krašto santakinio upyno hidrografinį tinklą ir Nemuno – Merkio – Ūlos – Grūdos – Skroblaus slėnius – būdingus augalų ir gyvūnų migracijos kelius, didelės mokslinės vertės Skroblaus vidurupio, Musteikos ir Povilnio upelių aplinkos gamtinius kompleksus, raiškius Dainavos girios kontinentinių kopų masyvus, Liškiavos, Straujos, Uciekos ir Pakrykštės erozinius geomorfologinius kompleksus, Merkinės moreninį volą, Netiesų, Glyno ir Ežeryno hidrografinius objektus, Imiškių, Didžbalės, Bakanauskų ir Dėlyno pelkes, Dzūkijai būdingas miškų biocenozes, retus ir nykstančius augalus ir gyvūnus, kitus gamtinius teritorinius kompleksus ir objektus;
• ypač vertingus Merkinės ir Liškiavos istorinius archeologinius ir architektūrinius urbanistinius kompleksus, etnokultūrines girinių ir panemunių dzūkų kaimų (Musteikos, Zervynų, Žiogelių, Dubininko, Margionių, Kašėtų, Lynežerio ir kitų) vertybes, Glyno apyežerio senovines stovyklavietes, Subartonių memorialinį kraštovaizdžio kompleksą, kitas kultūros paveldo vertybes;
• Dainavos upyno gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus ir jų įvairovę.

Dzūkijos nacionalinis parkas – didžiausia Lietuvos saugoma teritorija. Išskirtinis jo bruožas yra upių ir upelių gausa: nuo mažiausio šaltinio iki didžiausios Lietuvos upės – Nemuno. Didžiausią kraštovaizdžio vertę turi Nemuno ir Merkio bei Merkio ir Ūlos santakos bei šilinių ir panemunių dzūkų regionų etnokultūrinį savitumą išsaugoję kaimai ir istorinis Merkinės miestelis. Itin raiškūs, vienas už kitą vaizdingesni Nemuno, Merkio, Ūlos, Skroblaus, Grūdos slėniai su unikaliais gamtos paminklais. Iš viso nacionaliniame parke yra 36 upės ir upeliai, šimtai šaltinių, besiskiriančių savo kilme, savybė­ mis ir istorijomis. Įspūdingi gamtos kūriniai: žemyninių kopų masyvai, unikalios Skroblaus ištakos (Bobos daržas), Ūlos akies versmė, Ūlos skardžiai ir Nemuno rėvos. Dzūkijos nacionaliniame parke – ypatinga biologinė įvairovė. Bekraščiai miškų plotai, sauspievės ir užlieja­ mos pievos, aukštapelkės ir žemapelkės, šaltavandenės upės ir šaltiniai – daugelio augalų, gyvūnų ir grybų rūšių prieglobstis. Čia tuoktuves kelia tetervinai ir kurtiniai, naktimis galima išgirsti ūbaujant apuoką ar kau­ kiant vilkus, saulėje šildosi baliniai vėžliai. Nacionalinis parkas kartu su Čepkelių rezervatu priklauso vertingiausių laukinės gamtos teritorijų tinklui Europoje. Kraštovaizdžio vertę didina tarp sausų pušynų pabirę unikalios senosios medinės architektūros tradicijas išsaugoję kaimai. Dzūkijos nacionalinis parkas ypač išsiskiria etnokultūrinio paveldo turtingumu, vis dar gyvomis tradicijomis ir papročiais, senaisiais amatais ir dzūkiška daina (Marcinkonys, Žiūrai, Zervynos, Puvočiai, Margionys, Lynežeris ir kt.). Gilias šaknis turi drevinė bitininkystė, medžio apdirbimas, rąstinių namų statybos tradicijos, juodoji keramika, žvakių liejimas, grikių duonos kepimas ir, be abejo, miško gėrybių (grybų, uogų, vaistažolių) rinkimas. Garsūs Merkinės ir Liškiavos piliakalniai, nuo kurių atsiveria unikali, per ilgus šimtmečius gamtos ir žmogaus kurta aplinka, Merkinės bažnyčia ir Liškiavos vienuolyno ansamblis.

Tai būdingą slėninę kraštovaizdžio struktūrą turintis nacionalinis parkas, pasižymintis išskirtiniu gamtos ir kultūros paveldo objektų savitumu ir gausa bei ypač dideliu rekreaciniu, pažintiniu turistiniu ir etnokultūriniu potencialu. Kompleksinės išskir­ tinės kraštovaizdžio vertės požiūriu Dzūkijos nacionalinis parkas priskiriamas aukščiausiai kategorijai.

Dzūkijos nacionalinio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: plačių terasinių bei sta­ čiašlaičių išplautinių miškingų mažai urbanizuotų ir natūralių slėnių, erozinių miškingų slėnių bei šlaitų, miškingų senųjų ir naujųjų žemyninių kopų, pelkinių duburių ir ežerų, fragmen­ tuotų ežeringų miškingų arba agrarinių dubaklonių, miškin­ gų smulkių dubaklonių sistemų, miškingų fliuvioglacialinių terasų, smėlingų terasinių paslėnių, miškingų bei agrarizuo­ tų moreninių kalvynų ir gūbrių kraštovaizdžio tipai.

Pagrindinės Europos Bendrijos svarbos buveinės (kodas ir pavadinimas): 3260 upių sraunumos su kurklių ben­ drijomis, 6120 karbonatinių smėlynų smiltpievės, 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 9010 vakarų taiga, 9080 pelkė­ ti lapuočių miškai, 91D0 pelkiniai miškai, 91E0 aliuviniai miškai, 91T0 kerpiniai pušynai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 1 978, iš jų 9 saugomos Europos Bendrijos, 79 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 2 108. Žinduolių – 54, iš jų 14 saugomos Europos Bendrijos, 10 įrašytos į Lietu­ vos raudonąją knygą. Paukščių – 200, iš jų 52 saugomos Europos Bendrijos, 57 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 38, iš jų 6 saugomos Europos Bendrijos, 4 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 19, iš jų 11 saugomos Europos Bendrijos, 7 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 1 797, iš jų 11 saugomos Europos Bendrijos, 52 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Upių slėniais ir smėlingomis lygumomis į Lietuvą atkelia­ vo nemažai augalų rūšių, ypač iš Pietryčių ir Centrinės Europos, todėl Dzūkijos nacionaliniame parke galima rasti daug ribinio paplitimo rūšių, kurių kitose Lietuvos vietose nėra arba jos labai retos.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Dzū­kijos nacionaliniame parke skirti 3 gamtiniai rezerva­tai ir 29 draustiniai (9 kraštovaizdžio, 9 geomorfologiniai, 2 hidrografiniai, 1 botaninis, 4 telmologiniai, 1 genetinis, 2 etnokultūriniai ir 1 urbanistinis).

Nacionalinio parko gamtiniuose rezervatuose saugoma: Musteikos – natūralus Musteikos upelis ir unikalios mišriųjų miškų ekosistemos, Europos Bendrijos svarbos miškų ir pelkių buveinės, saugomų augalų, gyvūnų ir grybų rūšių (Šneiderio kirmvabalio, žvilgančiosios riestūnės populia­ cijos, lūšies, juodojo gandro, žvirblinės pelėdos, pilkosios meletosir kt.) buveinės; Povilnio – natūralus Povilnio upelis, tekantis raiškiu dubakloniu, miškų ir pelkių ekosistemos su Europos Bendrijos svarbos natūraliomis buveinėmis, saugomų augalų, gyvūnų ir grybų rūšių (plačialapės klum­ paitės populiacija, raudonojo garbenio, ūdros, paprastojo kūjagalvio, didžiojo skydvabalio, tamsiarudės kempinės, rausvosios pintainės) buveinės; Skroblaus – unikalus pralaužtinio kanjoninio slėnio gamtinis kompleksas, Skroblaus upelio ir jo intakų hidrografinė struktūra, hidrologinis režimas, Europos Bendrijos svarbos upių, pelkių, miškų buveinės, saugomų augalų, gyvūnų ir grybų rūšių (mažosios nėgės, paprastojo kūjagalvio, žvilgančiosios riestūnės) populiacijos, raudonojo garbenio, daugiaskilčio varpenio, raistinės viksvos, raukšlėtosios smėliabitės, kopūstgalvio raukšlio buveinės.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Glyno – raiškus Glyno ežero dubaklonis, natūralus Glynupio upelis, akmens amžiaus gyvenviečių sankaupa, Europos Bendrijos svarbos pelkių ir miškų buveinės, lygutės, Šneiderio kirm­ vabalio, kartuolės populiacijos; Kapiniškių – unikalaus Lietuvoje Skroblaus upelio ištakos, vienkieminio slėninio Kapiniškių kaimo žemėnaudos struktūra, etnografinis Mar­ gionių kaimas, Margionių akmens amžiaus titnago kasyklų vieta, Europos Bendrijos svarbos upių, pievų, pelkių, miškų buveinės, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (ūdros, mažosios nėgės, kūjagalvio, didžiojo auksinuko, pelkinės uolaskėlės, dvilapio purvuolio, žvilgančiosios riestūnės, plikažiedžio linlapio) populiacijos, gervės, keturdantės suktenės, taš­ kuotojo melsvio, gauruotosios skolijos, smulkiažiedės bei šalmuotosios gegužraibių buveinės; Lynežerio – būdingo paežerinio girinių dzūkų kaimo ir jo aplinkos kraštovaizdis su vertingomis Lynelio ežero miškų ekosistemomis, Europos Bendrijos svarbos pievų, pelkių ir miškų buveinės, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (lėlio, lygutės, raudonpilvės kūmutės, vėjalandės šilagėlės) populiacijos, šakotojo varpenio, penkialapio dobilo buveinės; Liškiavos – vienas vaizdingiausių Lietuvoje Nemuno vingio kraštovaizdis su unikaliu panemunės raguvynu ir Krūčio upelio slėniu, Liškiavos mitologiniais akmenimis, piliakalniu ir dvarviete, Liškiavos bažnyčios ir vienuolyno ansambliu, Europos Bendrijos svarbos pelkių ir miškų buveinėmis, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (ūdros, tulžio, salačio) populiacijos, pietinio ir raudonžiedžio marguolių, smiltyninio ir stepinio melsvių, kardalapio garbenio, vapsvaėdžio buveinės; Lizdų – raiškus moreninio kalvyno su giliais termokarstiniais duburiais, paežerių pelkėmis, unikaliu Bedugnio ežerėliu ir žemės gelmėse pradingstan­ čiu Bukaverksnio upeliu Lizdų kaimo kraštovaizdis, Europos Bendrijos svarbos pelkių buveinės, saugomų gyvūnų, auga­ lų ir grybų rūšių (dvilapio purvuolio, raudonpilvės kūmutės) populiacijos, rudojo peslio, putpelės, kimininio žemlielio, patvankinio pataisiuko, menturlapės ežerutės, melsvojo gencijono buveinės; Merkio – vienas gražiausių Lietuvoje itin vertingas Merkio ir Skroblaus žemupių slėnių kraštovaiz­ dis su būdingais šilinių dzūkų kaimais, akmens ir anksty­ vųjų metalų laikotarpio stovyklavietėmis, Europos Bendrijos svarbos upių, pievų, miškų buveinėmis, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (lėlio, lygutės, tulžio, ūdros, mažosios nėgės, didžiojo auksinuko, pleištinės skėtės) populiacijos, pietinio ir raudonžiedžio marguolių, stepinio ir žalsvojo melsvių, juodosios hesperijos, kampuotojo česnako ir kt. buveinės; Nemuno – pralaužtinio Nemuno vidurupio slėnio kraš­ tovaizdis su unikaliomis žemės paviršiaus ir hidrografinio tinklo formomis, būdingais panemunių dzūkų kaimais, archeologinėmis ir istorinėmis vertybėmis, raguvinių slėninių miškų ekosistemomis, Europos Bendrijos svarbos pievų, pelkių ir miškų buveinėmis, saugomų gyvūnų rūšių (ūdros, tulžio, salačio, kūjagalvio, kartuolės) populiacijomis, jūrinio erelio, rudojo ir juodojo peslių, mažosios žuvėdros buveinėmis; Subartonių – lietuvių kultūros ir visuomenės veikėjo V. Krėvės­Mickevičiaus (1882–1954) gimtinės kraštovaizdis su gimtąja V. Krėvės­Mickevičiaus sodyba­muziejumi, V. Krėvės­Mickevičiaus kapu, kitomis su rašytojo gyvenimu ir kūryba susijusiomis vietomis ir objektais, Gelovinės šventvietėmis, Europos Bendrijos svarbos miškų buveinės, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (žvilgančiosios riestūnės, raudonpilvės kūmutės) populiacijos, vištvanagio, gervės, didžiosios miegapelės buveinės; Ūlos – unikalaus Lietuvoje, itin vertingo raiškaus Ūlos žemupio slėnio kraš­ tovaizdis su aktyviomis atodangomis, šilinių dzūkų etnografiniais Zervynų, Mančiagirės, Žiūrų, Trakiškių ir Paūlių kaimais, archeologinėmis vertybėmis, Europos Bendrijos svarbos upių, pelkių, miškų buveinėmis, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (tulžio, lėlio, lygutės, ūdros, mažosios nėgės, kirtiklio, didžiojo auksinuko, vėjalandės šilagėlės) populiacijos, kukučio, lygiažvynio žalčio, kalninės arnikos buveinės.

Geomorfologiniuose draustiniuose saugoma: Alkūnės kampo – parabolinių žemyninių kopų masyvas, Europos Bendrijos svarbos miškų buveinės, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (ypač lėlio, lygutės, Šneiderio kirmvabalio, lututės, vėjalandės šilagėlės populiacijos, apuoko, lygiažvynio žalčio) buveinės; Dravių kampo – gūbriškųjų žemyninių kopų masyvas, Europos Bendrijos svarbos miškų buveinės, kurtinio, lėlio, lygutės, lututės, vėjalandės šilagėlės popu­ liacijos; Gudelių – didžiausios Lietuvoje Panaros terasinės upės sistemos žemutinė dalis su unikalia terasinių tarpu­ rumbių struktūra, saugomų gyvūnų rūšių, ypač juodojo peslio, griežlės buveinės; Marcinkonių – žemyninių kopų masyvas su aukščiausia nacionalinio parko kopa, Europos Bendrijos svarbos pievų ir miškų buveinės, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (kurtinio, lėlio, lygutės, lututės, Šneiderio kirmvabalio, smiltyninio gvazdiko, vėjalandės šilagėlės) populiacijos; Merkinės – priešpaskutinio apledėjimo su­ formuotas raiškus moreninis volas, Dzūkų aukštumų pietinių atšlaičių reljefo etalonas su saugomų gyvūnų rūšių, ypač balinio vėžlio, putpelės, plėšriosios medšarkės buvei­ nėmis; Pakrykštės – unikalus Lietuvoje Nemuno senslėnio fragmentas su Pakrykštės eroziniu cirku, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (griežlės, raudonpilvės kūmutės) buveinėmis; Straujos – unikalus Straujos slėninis dubaklonis su raiškiomis erozinėmis formomis, Laujos ežeru, Europos Bendrijos svarbos upių, pelkių ir miškų buveinėmis, saugo­ mų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių (ūdros, mažosios nėgės, kūjagalvio, žvilgančiosios riestūnės) populiacijos, vijūno, didžiosios miegapelės, krateriškojo taurūnio, kalninės jo­ nažolės, ovaliosios geldutės buveinės; Šunupio – raiškus stambiųjų žemyninių kopų masyvas, Europos Bendrijos svarbos miškų buveinės, tetervino, lėlio, lygutės, ir lututės populiacijos; Uciekos – unikalūs eroziniai Nemuno slėnio šlaitai su skardžiais, cirkais ir giliais intakų slėniais, Euro­ pos Bendrijos svarbos upių, pelkių ir miškų buveinės, sau­ gomų gyvūnų ir augalų rūšių (juodojo peslio, didžiosios miegapelės, šermuonėlio, ūdros, svogūninės dantažolės, pietinio ir raudonžiedžio marguolių) buveinės.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Grūdos – unikali Grūdos upės vagos struktūra, etnokultūrinis Kašėtų kaimas, Europos Bendrijos svarbos upių ir miškų buveinės, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (ypač skiauterėtojo trito­ no, mažosios nėgės, kūjagalvio, didžiojo auksinuko) populiacijos, plačialapės gegūnės, mažosios ir keturdantės suktenių buveinės; Netiesų – Apsingės ir Kempės upeliai, unikalūs Netiesų ežerėliai, Europos Bendrijos svarbos ežerų, pelkių ir miškų buveinės, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (ūdros, mažosios nėgės, kūjagalvio, didžiojo auksi­ nuko, pelkinės uolaskėlės) populiacijos, miškinės plikap­ laiskės, mažosios suktenės, jūrinio erelio buveinės.

Subartonių miško botaniniame draustinyje saugomas Dzūkijos aukštumų geobotaniniam rajonui būdingas miškų etalonas su išskirtine šiam kraštui biologine įvairove, Eu­ ropos Bendrijos svarbos miškų buveinėmis, saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių, ypač juodojo gandro, mažojo erelio rėksnio, didžiosios miegapelės, mažosios suktenės, šakotosios skylėtbudės buveinės.

Telmologiniuose draustiniuose saugoma: Bakanauskų – pelkinis ežerinis termokarstinės kilmės duburys su užpel­ kėjančiu Bakanauskų ežeru, Europos Bendrijos svarbos ežerų ir pelkių buveinės, saugomų gyvūnų, augalų ir gry­ bų rūšių, ypač raudonpilvės kūmutės populiacija, kimininio žemlielio, patvankinio pataisiuko, laplandinio karklo buveinės; Dėlinio – tarpkopiniame Dėlyno dubaklonyje esanti smulkių miško pelkučių su ežerokšniais gamtinė sis­ tema, Europos Bendrijos svarbos ežerų ir pelkių buveinės, pelkinės uolaskėlės, kurtinio populiacijos, saugomų gyvū­ nų ir augalų rūšių, ypač mažosios ir keturdantės suktenių buveinės; Didžiabalės – Didžiabalės pelkinis kompleksas su Europos Bendrijos svarbos pelkių buveinėmis, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių, ypač laplandinio karklo, jūrinio erelio, tikučio, pelkinio satyro ir kt. buveinės; Imškų – vienas didžiausių pietryčių Lietuvoje pelkinis kompleksas su Europos Bendrijos svarbos pelkių ir miškų buveinėmis, lū­ šies, vilko, kurtinio, tetervino, lututės, Šneiderio kirmvabalio, smiltyninio gvazdiko, vėjalandės šilagėlės populiacijos, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių, ypač gyvatėdžio, baltojo kiškio, gervės buveinės.

Stėgalios miško pušies genetiniame draustinyje saugoma paprastosios pušies populiacijos genetinė įvairovė.

Etnokultūriniuose draustiniuose saugoma: Musteikos – vienas iš etnografiškai vertingiausių ir geriausiai išlikusių šilinių dzūkų kaimų, senasis kelių tinklas, senosios kapinės, istorinė žemėnauda ir etnokultūros tradicijos, etniniai papročiai ir tradicinė gyvensena; Žiogelių – vienas iš etnografiškai vertingiausių ir geriausiai išlikusių panemunių dzūkų kaimų, etninės tradicijos ir tradicinė gyvensena, senasis kelių tinklas, istorinė žemėnauda.

Merkinės urbanistiniame draustinyje saugoma istorinio senojo Merkinės miestelio istorinės dalies planinė ir erdvinė struktūra, vienas žinomiausių Lietuvos piliakalnių, uni­ kalus kultūrinis sluoksnis, kitos istorinės, memorialinės ir architektūros vertybės.

Dzūkijos nacionaliniame parke yra 43 gamtos paveldo objektai, iš jų 18 gamtos paminklų. Svarbiausi: Skroblaus versmės, šaltinis Ūlos akis, Mančiagirės skardis, Netiesų ežerėliai, drevėtos pušys (19) ir kt. Nacionaliniame parke saugomi 27 kultūros paveldo objektai.