Žemaitijos nacionalinis parkas įsteigtas išsaugoti:

• Didžiausią Žemaitijoje ežeringą miškingą gamtinį kompleksą, mokslui ypač vertingus miškingus Plokštinės ir Rukundžių pelkynus, Platelių ežero, Laumalenkos ir Šilinės hidrografinius kompleksus, raiškaus moreninio (Mikytų, Pučkorių) ir keiminio (Šarnelės, Jazdauskiškių, Grigaičių) kraštovaizdžio etalonus, Gardų ozą, Medsėdžių ir Liepijos limnokeimus, Babrungo ir Mergupio slėnius, Paburgės, Siberijos, Pakastuvos, Užpelkių, Ertenio ir Paparčių pelkes, savitas Paplatelės, Šeirės ir Pailgio miškų, Juodupio pelkėtų pievų biocenozes, retus ir nykstančius augalus ir gyvūnus, kitus gamtinius teritorinius kompleksus ir objektus;
• Ypač vertingą ir sudėtingą Šiaurės Žemaitijos archeologinį kompleksą su Mikytų, Šarnelės, Pučkorių, Gegrėnų, Pagardenio ir kitais piliakalniais ir alkakalniais, Šventorkalnio senovinę gyvenvietę ir piliavietę, Žemaičių Kalvarijos (Gardų) urbanistinį kompleksą ir sakralinės architektūros ansamblį, Platelių dvaro ir parko kompleksą, etnokultūrinės vertės požymius išlaikiusius Beržoro, Stirbaičių ir Visvainių kaimus, kitas kultūros paveldo vertybes;
• Šiaurvakarių Žemaitijos vandenskyros gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus ir jų įvairovę.

Bene visas gyvenimas Žemaitijos nacionaliniame parke sukasi aplink Platelių ežerą. Tai giliausias, didžiausias ir bene gražiausias ežeras Žemaitijoje su salomis, pusiasaliais, įlankomis, apjuostas kalvų virtinių, miškais pasidabinęs. Jame gyvena reliktinė žuvis – Platelių sykas. Nacionaliniame parke auga tankūs, ūksmingi eglynai, natūralūs seni spygliuočių ir mišrūs miškai. Piliakalnių, alkakalnių, šventviečių gausa mena senąją kultūrą. O pakelėse, laukuose pabirę koplytėlės, koplytstulpiai atskleidžia vietos gyventojų gyvenseną, tradicijas. Jas dar labiau paryškina vis dar švenčiamos Užgavėnės.

Vyrauja kalvotas, gūbriuotas reljefas, gilūs ežerų duburiai, tarp jų – ir didžiausias bei giliausias Žemaitijoje Platelių ežeras su seklumų, salų ir pusiasalių raizgalyne. Ir Platelių, ir kiti ežerai bei upeliai apsupti miškų ir pelkių.

Išskirtinumo nacionaliniam parkui suteikia legendomis bei padavimais apipinti gamtos paveldo objektai: septynios Platelių ežero salos, Kreiviškių ir Auksalės pusiasaliai, paslaptingos Beržoro, Ilgio ežerų salos.

Nacionaliniame parke auga tankūs, ūksmingi eglynai, vakarų taiga vadinami natūralūs seni spygliuočių ir mišrūs miškai. Pastarieji saugomi visoje Europoje. Pelkėse gausu įvairių organizmų rūšių. Raganos uosis – storiausias Lietuvos uosis. Nacionaliniame parke peri Europoje saugomų rūšių paukščių (jerubių, griežlių ir gulbių giesmininkių), esama ledynmečio augalų reliktų. Platelių ežere gyvena reliktinė žuvis – sykas.

Nacionalinio parko kultūros paveldas – tai piliakalniai, senosios šventvietės (alkakalniai), kapinynai, senųjų gyvenviečių vietos. Įdomūs Užpelkių, Gegrėnų, Pūčkorių, Jazdauskiškių, Grigaičių, šv. Jono (Žemaičių Kalvarijos), Šarnelės, Mikytų piliakalniai, Visvainių, Mikytų, Vilkų, Gilaičių, Paparčių alkakalniai, senovės gyvenviečių vietos Gegrėnuose ir Šarnelėje. Architektūriniu savitumu išsiskiria Žemaičių Kalvarijos bažnyčia, Babrungėnų malūnas.

Tai sudėtingos kraštovaizdžio struktūros nacionalinis parkas, pasižymintis gamtos ir kultūros paveldo objektų savitumu ir gausa bei dideliu rekreaciniu ir pažintiniu turistiniu potencialu. Jame reprezentuojamas Žemaičių aukštumos kalvynų, pelkinių masyvų, raiškiausio Žemaitijoje Platelių ežero, ir istorinę – urbanistinę vertę išsaugojusios Platelių, Beržoro bei Gardų (Žemaičių Kalvarijos) gyvenvietės. Kompleksinės išskirtinės kraštovaizdžio vertės požiūriu Žemaitijos nacionalinis parkas priskiriamas aukščiausiai kategorijai.

Žemaitijos nacionalinio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: stambaus terasinio miškingo bei mažai sukultūrinto ežero duburio, miškingo bei mažai sukultūrinto ežeryno, miškingų keiminių kalvynų, miškingų keiminių terasų, miškingų bei agrarizuotų moreninių kalvynų ir gūbrių, miškingų drumlinizuotų moreninių kalvynų, miškingų moreninių smulkiakalvių, tarpinių, mišrių bei aukštapelkinių kompleksų, miškingų erozinių slėniukų bei šlaitų, pelkinių ežeringų duburių, natūralių ir kanalizuotų upelių, etnokultūrinės užstatos, standartinės užstatos bei buvusių militarinių kompleksų.

Europos Bendrijos svarbos teritorijos: 3140 ežerai su menturdumblių bendrijomis, 3150 natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių ar aštrių bendrijomis, 3160 natūralūs distrofiniai ežerai, 6230 rūšių turtingi briedgaurynai, 6410 melvenynai, 6450 aliuvinės pievos, 7110 aktyvios aukštapelkės, 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 7210 žemapelkės su šakotąja ratainyte, 7230 šarmingos žemapelkės, 9010 vakarų taiga, 9020 plačialapių ir mišrūs miškai, 9050 žolių turtingi eglynai, 9080 pelkėti lapuočių miškai, 91D0 pelkiniai miškai, 91E0 aliuviniai miškai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 1031, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 51 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – apie 2500. Žinduolių – 50, iš jų 15 saugomų Europos Bendrijos, 8 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 208, iš jų 52 saugomos Europos Bendrijos, 58 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 34, iš jų 5 saugomos Europos Bendrijos, 2 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 15, iš jų 7 saugomos Europos Bendrijos, 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 2130, iš jų 7 saugomos Europos Bendrijos, 24 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Žemaitijos nacionaliniame parke skirti 2 gamtiniai rezervatai ir 27 draustiniai (12 kraštovaizdžio, 3 geomorfologiniai, 1 hidrografinis, 1 botaninis, 1 botaninis-zoologinis, 5 telmologiniai, 1 archeologinis, 1 etnokultūrinis, 2 urbanistiniai).

Nacionalinio parko gamtiniuose rezervatuose saugoma: Plokštinės – unikalios geomorfologinės struktūros Plokščių termokarstiniame duburyje susidaręs Plokštinės miškų ir pelkių kompleksas su natūraliais Juodupio ir Uošnos upeliais, Europos Bendrijos svarbos vandenų, pievų, pelkių ir miškų buveinės ir joms būdingos augalų, grybų ir gyvūnų rūšys, jerubei ir lūšiai tinkamos buveinės; Rukundžių – pelkėtų ir miškingų įlomių Rukundžių gamtinis kompleksas su natūralia hidrografine struktūra, Europos Bendrijos svarbos pelkių ir miškų buveinės ir joms būdinga augalija ir gyvūnija, šarvuotajai skėtei, didžiajam auksinukui, jerubei ir lūšiai tinkamos buveinės.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Beržoro – itin raiškus, tradicinius bruožus išlaikiusio Beržoro kaimo, Beržoro ežero ir apyežerių kraštovaizdis su Beržoro kaimo urbanistine struktūra ir architektūros vertybėmis, Beržoro ežero salomis ir atviromis pakrantėmis, Europos Bendrijos svarbos miškų ir pelkių buveinėmis, dvilapiui purvuoliui, griežlei ir kitoms saugomoms rūšims tinkamomis buveinėmis; Grigaičių – Žemaitijai būdingas raiškus Grigaičių miškingas agrarinis kraštovaizdis su Surblių kapinynu ir griežlei, gulbei giesmininkei ir kitoms saugomoms rūšims tinkamomis buveinėmis; Jazdauskiškių – Žemaitijai būdingas kalvotas agrarinis miškingas kraštovaizdis su tradicine žemėnaudos ir užstatymo struktūra, Žernių ir Jazdauskiškių piliakalniais, Jazdauskiškių senkapiais ir kapinynu, Europos Bendrijos svarbos vandenų buveinėmis ir joms būdingomis augalų ir gyvūnų rūšių bendrijomis; Laumalenkos – unikalus Laumalenkų pusiasalių, salų, įlankų, protakų, ežerų, miškų ir pelkių gamtinis kompleksas su Europos Bendrijos svarbos vandenų, pelkių ir miškų buveinėmis ir joms būdingomis augalų ir gyvūnų bendrijomis, saugomų paukščių rūšių perimvietėmis; Mikytų – Žemaitijai būdingas raiškus kalvotas mozaikiškas kraštovaizdis su miškais, laukais, pievomis, tarpukalvių pelkutėmis ir vienkieminių sodybomis, Mikytų piliakalniu, Mikytų ir Gudalių alkakalniais, Mačiūkių kapinynu ir mitologiniu Laumės akmeniu, Europos Bendrijos svarbos pelkių buveinėmis ir joms būdinga augalija ir gyvūnija, saugomų rūšių bendrijomis; Paburgės – būdingas miškingų ir ežeruotų pelkinių duburių kraštovaizdis su Europos Bendrijos svarbos vandenų, pievų, pelkių ir miškų buveinėmis, saugomomis augalų ir gyvūnų rūšimis; Platelių – didžiausio ir giliausio Žemaitijoje Platelių ežero ir jo apyežerių kraštovaizdis su vertingomis pakrantėmis, salomis, Kumelkaktės pusiasaliu, Šventorkalnio archeologiniu kompleksu, Ąžuolų salos senovės gyvenvietėmis, povandeninio paveldo objektais, Europos Bendrijos svarbos pelkių, pievų ir miškų buveinėmis ir žvilgančiajai riestūnei, dvilapiui purvuoliui, jerubei ir ūdrai tinkamomis buveinėmis ir kitomis saugomomis rūšimis; Pučkorių – Pučkorių moreninių darinių ruožo kraštovaizdis su ypač raiškia kalvų, giraičių, tarpukalvių ir pelkučių mozaika, Pučkorių II ir III piliakalniais, senkapiu, Visvainių alkakalniu, Europos Bendrijos svarbos pelkių buveinėmis ir saugomų paukščių ir vabzdžių bendrijomis; Babrungo – Babrungo ir Uošnos upių slėnių kraštovaizdis su natūraliomis upių ir upelių atkarpomis, būdingomis Babrungėnų kaimo paupio sodybomis, Grigaičių piliakalniu, Babrungėnų vandens malūnais ir senkapiu, Europos Bendrijos svarbos rūšims – didžiajam auksinukui, ovaliajai geldutei, griežlei, ūdrai ir kitoms saugomoms rūšims tinkamomis buveinėmis; Liepijų – Vidurio Žemaičių aukštumai būdingo miškingų plokščiakalvių kraštovaizdžio etalonas su stambiomis Liepijų limnoglacialinėmis plokščiakalvėmis ir mišraus Liepijų miško biocenozėmis, Europos Bendrijos svarbos pievų, miškų ir pelkių buveinėmis bei saugomų gyvūnų rūšių bendrijomis; Stirbaičių – tradicinius bruožus išlaikęs Stirbaičių kaimo kraštovaizdis su tradicine užstatymo ir žemėnaudos struktūra, etnoarchitektūros elementais, Europos Bendrijos svarbos pievų, miškų ir pelkių buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių bendrijomis; Šarnelės – raiškus Šarnelės keiminių darinių kraštovaizdis su Šarnelės piliakalniu, senovės gyvenvietėmis, poeto Vytauto Mačernio gimtosios sodybos vieta ir kapu, Europos Bendrijos svarbos pievų buveinėmis, saugomomis vabzdžių ir paukščių rūšimis.

Geomorfologiniuose draustiniuose saugoma: Gardų – nesunaikinta Gardų ozo dalis su saugomomis rūšimis ir buveinėmis; Margupio – ypač raiški Margupio upelio ir jo intakų slėnių sistema su būdingomis šlaitų biocenozėmis, saugomomis rūšimis ir buveinėmis; Medsėdžių – Platelių duburiui būdingo plokščiakalvių reljefo etalonas – Medsėdžių limnokeimas – su saugomų vabzdžių buveinėmis.

Šilinės hidrografiniame draustinyje saugomas natūralaus miškų upelio etalonas – Šilinės upelis, jo hidrografinė struktūra ir hidrologinis režimas, miškingas slėnis ir paslėnis su natūraliomis pievomis, šaltiniais, saugomomis rūšimis ir Europos Bendrijos svarbos vandenų ir miškų buveinėmis.

Juodupio botaniniame draustinyje saugoma biologiniu požiūriu itin vertinga Juodupio upelio slėnio, paslėnio, Prieupės ir Briedinės pelkių ekosistema su Europos Bendrijos svarbos miškų ir pelkių buveinėmis ir joms būdingomis saugomų augalų, grybų ir gyvūnų bendrijomis.

Ilgio botaniniame-zoologiniame draustinyje saugoma natūralumu ir biologine įvairove išsiskirianti Ilgio ežero, paežerės pelkių ir miškų ekosistema su Europos Bendrijos svarbos vandenų, miškų ir pelkių buveinėmis ir joms būdingomis augalų, grybų ir gyvūnų rūšimis, saugomų augalų ir gyvūnų bendrijomis.

Telmologiniuose draustiniuose saugoma: Ertenio – būdingas buvusio pratekamojo Ertenio ežero duburio pelkynas ir jo biocenozės Ertenio pelkės ekosistema su Europos Bendrijos svarbos pelkių ir pievų buveinėmis, saugomomis rūšimis; Pakastuvos – Pakastuvos pelkės ekosistema su saugomomis rūšimis, Europos Bendrijos svarbos vandenų ir miškų buveinėmis, saugomų paukščių perimvietėmis ir maitinimosi vietomis, saugomų vabzdžių bendrijomis; Paparčių – sudėtingos struktūros Paparčių pelkės ekosistema su vertingomis biocenozėmis, saugomomis rūšimis ir Europos Bendrijos svarbos pelkių buveinėmis; Siberijos – sudėtingos struktūros Siberijos paežerės pelkės ekosistema su Europos Bendrijos svarbos pelkių, miškų ir pievų buveinėmis ir saugomų rūšių bendrijomis; Užpelkių – būdingas takoskyrinis Užpelkių pelkinis kompleksas su Europos Bendrijos svarbos pelkių buveinėmis, saugomų rūšių bendrijomis. Bukantės kultūriniame draustinyje saugoma su lietuvių literatūros klasike Žemaite susijusi sodyba (sodyba ir jos aplinka išlaikoma kaip memorialinis muziejus).

Gegrėnų archeologiniame draustinyje saugomos kuršių genties I tūkstantmečio–II tūkstantmečio pradžios archeologinių paminklų kompleksas, kurį sudaro Gegrėnų I ir II piliakalniai, Gegrėnų I ir II kapinynai ir Gegrėnų senovės gyvenvietė.

Godelių etnokultūriniame draustinyje saugomas Godelių kaimo tradicinis kraštovaizdis ir urbanistinė struktūra, vertingi sodybų etnoarchitektūros elementai ir želdiniai, žemaičių kultūros tradicijos ir papročiai, alkakalnis, vadinamas Raganos kalnu, šventais laikomi šaltiniai, senosios kaimo kapinės, tautodailininko Stanislovo Riaubos gimtosios sodybos vieta, Lietuvos partizano ir partizanų rėmėjos žūties vieta.

Urbanistiniuose draustiniuose saugoma: Žemaičių Kalvarijos – Žemaičių Kalvarijos miestelio – Vakarų Lietuvos piligrimystės centro – radialinis gatvių tinklas, aikštės planas, taip pat tūrinė erdvinė kompozicija su vyraujančia Švč. Mergelės Marijos apsilankymo bažnyčia ir kryžiaus kelio stotimis, lėmusiomis miestelio urbanistinę raidą, kitos archeologinės, istorinės ir memorialinės vertybės; Platelių – istoriškai susiformavęs Platelių miestelio radialinis gatvių tinklas, vedantis į aikštę, ir tūrinė erdvinė kompozicija, kurią formuoja išlikęs būdingas vieno ir dviejų aukštų užstatymas, Platelių Šv. Apaštalų Petro ir Pauliaus bažnyčios statinių ansamblis ir Platelių dvaro sodybos kompleksas.

Žemaitijos nacionaliniame parke yra 24 gamtos paveldo objektai, iš jų 10 gamtos paminklų. Svarbiausi: Platelių, Beržoro, Ilgio ežerų salos, Kreiviškių ir Auksalės pusiasaliai, Raganos uosis, Platelių liepa, Stirbaičių ąžuolas, Pilelio, Knygnešio šaltiniai. Nacionaliniame parke saugoma daugiau kaip 100 kultūros paveldo objektų.