Labanoro regioniniame parke saugomas Labanoro girios ir jos ežerynų kraštovaizdis. Tai didžiausias Lietuvos regioninis parkas, plotu mažai atsiliekantis nuo didžiausios Lietuvos saugomos teritorijos – Dzūkijos nacionalinio parko. Labanoro regioninis parkas įsteigtas išsaugoti:

• ypač vertingą gamtiniu požiūriu Labanoro girią ir ežeryną su Aiseto, Kertojų, Lakajų, Rašios, Stirnių ir kitais ežerais, Beržaloto aukštapelkę;
• kultūros paveldo vertybes, iš jų – urbanistinius bei etnokultūrinius kompleksus, pilkapius ir kitką;
• gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją, natūralius žuvų migracijos kelius bei nerštavietes.

Regioninis parkas yra pereinamoje fliuvioglacialinių darinių zonoje tarp Baltijos aukštumų ruožo kalvynų ir Šiaurės Nalšios (Švenčionių) aukštumų ruožo kalvynų. Jame yra Šventosios – Žeimenos takoskyros ekosistema ir viena didžiausių Lietuvoje ežeruotų girių su urbanistiškai vertingu Labanoro miesteliu. Regioninio parko kraštovaizdis pasižymi savitais gamtos bei kultūros paveldo objektais ir ypač dideliu rekreaciniu bei pažintiniu turistiniu potencialu. Kompleksinės išskirtinės kraštovaizdžio vertės požiūriu Labanoro regioninis parkas priskiriamas aukščiausiai kategorijai.

Labanoro regioninio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: miškingų rininio tipo ežerynų (dubaklonių sistemų), miškingų nedidelių ežerų grupių, agrarinių ežerynų, miškingų ežeruotų pelkinių duburių, negilių miškingų terasinių slėnių, miškingų fliuvioglacialinių senslėnių, miškingų banguotų fliuvioglacialinių pakilumų, miškingų banguotų fliuvioglacialinių lygumų, miškingų fliuvioglacialinių kalvynų, miškingų moreninių kalvynų ir gūbrių, agrarinių moreninių kalvynų, miškingų pelkėtų duburių ir etnokultūrinės užstatos.

Europos Bendrijos svarbos teritorijos (kodas ir pavadinimas): 3130 mažai mineralizuoti ežerai su būdmainių augalų bendrijomis, 3140 ežerai su menturdumblių bendrijomis, 3150 natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių arba aštrių bendrijomis, 3160 natūralūs distrofiniai ežerai, 3260 upių sraunumos su kurklių bendrijomis, 6230 rūšių turtingi briedgaurynai, 6410 melvenynai, 6510 šienaujamos mezofitų pievos, 7110 aktyvios aukštapelkės, 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 7230 šarmingos žemapelkės, 9010 vakarų taiga, 9080 pelkėti lapuočių miškai, 91D0 pelkiniai miškai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 1 020, iš jų 8 saugomos Europos Bendrijos, 67 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 1 669. Žinduolių – 40, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 6 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 195, iš jų 42 saugomos Europos Bendrijos, 49 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 40, iš jų 6 saugomos Europos Bendrijos, 2 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 10, iš jų 4 saugoma Europos Bendrijos, 4 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 1384, iš jų 11 saugomos Europos Bendrijos, 30 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Labanoro regioniniame parke skirti 2 gamtiniai rezervatai ir 36 draustiniai (7 kraštovaizdžio, 5 geomorfologiniai, 6 hidrografiniai, 1 botaninis, 4 botaniniai-zoologiniai, 12 telmologinių ir 1 urbanistinis).

Gamtiniuose rezervatuose saugoma: Girutiškio – unikalus Aukštaitijoje termokarstinės kilmės Girutiškio pelkynas su Beržaloto raistu, gervių, erelių žuvininkų perimvietės ir viena didžiausių beržų keružių populiacijų; Kiauneliškio – senas brandus pušynas – smėlingų banguotų Aukštaitijos lygumų drėgnų pušynų etalonas, kurtinių laikymosi vietos.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Aiseto – vaizdingas ilgiausio Lietuvos ežero kraštovaizdis, pasižymintis raiškiu hidrografiniu pusiasalių ir salų kompleksu, Aukštaitijai būdingomis biocenozėmis ir retomis rūšimis, etnografiškai ypač vertingu Pašiekščių kaimu; Kulionių – vienas raiškiausių Lietuvoje didelės gamtinės ir kultūrinės vertės vaizdingo ežeruoto kalvoto moreninio kraštovaizdžio etalonas su vertingu archeologiniu kompleksu, būdingomis ežerų ir miško bendrijomis; Lakajos – būdingas miškingo slėnio kraštovaizdis su raiškia hidrografine struktūra, retomis rūšimis, etnokultūros vertybėmis; Lakajų – vieno vaizdingiausių Aukštaitijoje miškingo ežerinio kraštovaizdžio etalonas, pasižymintis unikaliais pusiasaliais, salomis, būdingomis biocenozėmis, retų rūšių augalais ir gyvūnais, kitomis gamtos ir kultūros paveldo vertybėmis; Obelynės – raiškaus miškingo kalvoto ežeruoto kraštovaizdžio etalonas, pasižymintis unikaliu mažų termokarstinių ežerėlių kompleksu ir etnokultūrinėmis vertybėmis; Pažemio – būdingas raiškaus miškingo ežeruoto kraštovaizdžio etalonas su vertingomis biocenozėmis, geomorfologinėmis ir etnokultūrinėmis vertybėmis; Peršokšnos – būdingas miškingo slėnio kraštovaizdis su raiškia hidrografine struktūra, retų rūšių augalais ir gyvūnais, etnokultūros vertybėmis.

Geomorfologiniuose draustiniuose saugoma: Maldžiūnų – moreninio kraštovaizdžio paribyje susiformavęs raiškus ežeruotas dubaklonis su būdinga augmenija; Panatryčio – paskutinio apledėjimo Pietų Lietuvos fazės suformuotas raiškaus moreninio gūbrio ir termokarstinių daubų kompleksas; Plėšiškių – keiminės plokščiakalvės kompleksas; Salduškio – ypač sudėtinga morfostruktūra pasižymintis fliuvioglacialinės zonos ežeruoto dubaklonio gamtinis kompleksas; Žiežulinio – raiškios ežeruotos morfostruktūros atšakinio dubaklonio etalonas.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Alnio – natūralų pobūdį išlaikiusio ežero struktūra su salomis ir pusiasaliais; Kertuojų – didžiausių Lietuvoje ledyninio guolio tipo ežerų hidrografinis pobūdis su apyežerio pelkynais ir miškais; Luknelės – natūralus negilus mažai vingiuotos girių upės slėnis, būdingas miškingų smėlingų lygumų hidrografinis etalonas; Peršokšnų – viena raiškiausių Lietuvoje miškingų sudėtingos konfigūracijos Labanoro girios ežerų struktūra su salomis ir pusiasaliais; Siesarties – unikalaus takoskyrinio Siesarties ežero struktūra su salomis ir pusiasaliais; Stirnių – vieno didžiausių Aukštaitijos ežerų raiški sudėtingos konfigūracijos struktūra, išsiskirianti salų ir pusiasalių gausa ir ypač didele geoekologine svarba.

Mekšrinio botaniniame draustinyje saugoma pelkinio ežero vandens augalija su gausia šakotųjų ratainyčių populiacija.

Botaniniuose-zoologiniuose draustiniuose saugoma: Antaliedės – būdingi pelkėtų miškų ir ežerų gamtiniai kompleksai su gausiomis saugomų augalų – patvankinių pataisiukų, liūninių viksvų, ežerinių lobelijų, mėlynialapių karklų ir kitų – augavietėmis, retųjų gyvūnų veisimosi vietomis; Kanio raisto – Kanio raisto, kitų aukštapelkių gamtiniai kompleksai, supami brandžių drėgnų pušynų su retųjų paukščių – erelių žuvininkų, gervių ir kitų – perimvietėmis, gausi ir įvairi augalija su saugomų augalų – ežerinių slepišerių, virgininių varpenių, liūninių viksvų, daugiamečių patvenių ir kitų – augavietėmis; Kuliakampio – būdingas smėlingai lygumai ir pasižymintis retų rūšių augalais ir gyvūnais miškingas ežeruotas, pelkėtas gamtinis kompleksas; Padumblės – būdingas pelkėtas mažos upelės slėnis, išsiskiriantis retų rūšių augalais ir gyvūnais.

Telmologiniuose draustiniuose saugoma: Alsuodžio – būdingas pelkinis duburys su pelkėjančiu ežeru, retų rūšių augalais ir gyvūnais; Dumblio – būdingas pelkinis duburys su pelkėjančiu ežeru, retų rūšių augalais ir gyvūnais; Ešerinio I – būdingas pelkinio duburio su užpelkėjančiu ežeru gamtinis kompleksas; Ešerinio II (Ašarinio) – būdingas pelkinis duburys su užpelkėjančiu ežeru; Juodežerio – pelkinis duburys su užpelkėjančiu ežeru su retų rūšių augalais ir gyvūnais; Krakinio – pelkinis duburys su užpelkėjančiu ežeru su retų rūšių augalais ir gyvūnais; Laukagalio – retų rūšių augalais ir gyvūnais išsiskiriantis pelkėtas duburinis kompleksas ir jo biocenozės; Serlediškio – Dumblės-Peršokšnos upės ištakų pelkėtas duburinis kompleksas ir jo biocenozės; Snieginio – pelkinis duburys su užpelkėjančiais ežerais su retų rūšių augalais ir gyvūnais; Tramių – būdingas pelkinis duburys su stambiais užpelkėjančiais ežerais, išsiskiriantis retų rūšių augalais ir gyvūnais; Urkio – būdingas vertingomis paukščių perimvietėmis pasižymintis pelkinis duburys su užpelkėjančiu ežeru; Vadokšno – unikaliais gamtiniais požymiais išsiskiriantis pelkėtas ežeruotas duburinis kompleksas ir jo biocenozės.

Labanoro urbanistiniame draustinyje saugoma Labanoro miestelio planinė, erdvinė struktūra su architektūrinėmis ir memorialinėmis vertybėmis.

Labanoro regioniniame parke yra 14 valstybės saugomų gamtos paveldo objektų. Svarbiausi: Ožkos akmuo, Lakajos akmuo, Aukščiausia Lietuvos pušis, Pabaltės pušis, Budrių riešutmedis. Regioniniame parke saugomi 65 kultūros paveldo objektų, iš jų 16 kultūros paminklų.