Stirniuose jau 1726 m. buvo dvi koplyčios: viena iš jų – jėzuitams priklausanti Šv. Jono koplyčia. Perstatoma Stirnių koplyčia išliko iki XX a. 1922 m. įkūrus parapiją, pamaldos laikytos koplyčioje. 1931 m. kitoje vietoje pastatytas laikinas medinis pastatas, o senosios koplyčios vietoje per 1937–1940 m. atsirado dabartinė akmenų mūro bažnyčia, gavusi Šv. Jono Krikštytojo Nukankinimo bažnyčios vardą. Tuometinis klebonas Jonas Daugėla, tik baigus statybas, 1941 m. birželio 29 d. besitraukiančių raudonarmiečių nukankintas ir nušautas ant Stirnių ežero kranto.