Beveik prieš 500 metų Vilniaus vyskupijos bažnyčių sąrašuose 1522 m. įrašyta Labanoro Švč. Mergelės Marijos gimimo bažnyčia. 1675 m. vyskupo vizitacijos protokole minima jau sena, begriūvanti Labanoro bažnyčia, kurioje kabo stebuklingu laikomas Marijos Sopulingosios paveikslas. 1798 m. pirmoji Labanoro bažnyčia sudegė. 1818–1820 m. ji buvo atstatyta parapijiečių lėšomis. Spėjama, kad varpinė irgi pastatyta XIX a. 2009 m. vasarą bažnyčia restauruota – nudažytas bažnyčios fasadas, restauruotos medinės jo detalės. Senas bažnyčios stogas pakeistas autentiška gontų stogo danga. Bokšteliai atstatyti ir uždengti varine skarda, sutvarkyti bažnyčios pamatai. 2009 m. gruodžio 21 d. naktį iškart po vidurnakčio bažnyčia visiškai sudegė, liko tik varpinė. Atstatyta 2011 m. rugsėjo 10 d.