Trakų istorinis nacionalinis parkas įsteigtas Lietuvos valstybingumo istoriniam centrui Trakuose – pilių kompleksams, Trakų miesto ir jo apylinkių kultūros ir gamtos vertybėms, kitiems objektams ar jų kompleksams, istorinio nacionalinio parko kraštovaizdžiui, etnokultūriniam paveldui saugoti, tvarkyti ir naudoti. Trakų istorinis nacionalinis parkas kol kas vienintelis istorinis nacionalinis parkas Lietuvoje. Trakų apylinkės – ištisi Lietuvos istorijos ir archeologijos klodai. Čia susipynusi Trakų ir visos Lietuvos istorija. Istorinio nacionalinio parko branduolys – Trakų salos ir Pusiasalio pilių kompleksas bei Trakų senamiestis, besidriekiantis siaurame pusiasalyje tarp Galvės, Totoriškių ir Bernardinų ežerų. Miesto gynybinė bei užstatymo sistema tiesiogiai įtakota gamtinės aplinkos savitumų.

Trakų istorinis nacionalinis parkas – mažiausias iš Lietuvos nacionalinių parkų. Jo kraštovaizdis atspindi žmogaus ir gamtos darnaus sambūvio istoriją bei Lietuvos gyventojų gebėjimą išmintingai naudoti gamtinę aplinką valstybės kūrimui, savigynai ir saviraiškai, nesumenkinant gamtos vertybių ir grožio. Branduolys – tarp ežerų įsiterpęs Trakų senamiestis su Salos bei Pusiasalio pilimis, Vytauto Didžiojo funduota bažnyčia su mediniu miestu. Tikslingai suformuoto kultūrinio kraštovaizdžio perlas – Užutrakio dvaro sodybos ansamblis su E. F. Andre suprojektuotu parku.

Valstybingumo pėdsakus kraštovaizdyje paliko Lietuvos Didžioji Kunigaikštystė su iškilių istorinių asmenybių gyvenimu bei veikla. Čia vyko svarbūs Europos istorijos įvykiai, išliko vertingiausias Lietuvių tautos bei tautinių mažumų (karaimų, totorių, lenkų, rusų) dvasinis ir medžiaginis paveldas, kultūrinės tradicijos. Galvės ežero pakrantėje – viena gražiausių regyklų Lietuvoje, Kęstučio kalnas, atveriantis įspūdingą vaizdą į Kęstutaičių tėvoniją, leidžiantis visais pojūčiais aprėpti didžiąją dalį nacionalinio parko erdvių, vertybių.

Nepaisant intensyvaus teritorijos apgyvendinimo ir naudojimo, išliko didelė natūralių ekosistemų įvairovė su Europos Bendrijos svarbos buveinėmis bei retų augalų ir gyvūnų rūšimis.

Nacionalinis parkas yra Dzūkų aukštumos miškingųjų ir mažai sukultūrintų didžiųjų ežerynų juostos pakraštyje, jos fliuvioglacialinių bei moreninių darinių areale ir atstovauja unikalios istorinės kultūrinės bei nenuotakinės hidrologinės ekosistemos kraštovaizdžiui. Tai ekologiškai jautrią kultūrinio kraštovaizdžio struktūrą turintis šalies nacionalinis parkas, išsiskiriantis ypač svarbiais šalies kultūros paveldo objektais bei dideliu rekreaciniu ir pažintiniu turistiniu potencialu. Jis reprezentuoja Lietuvos valstybingumo istorinį centrą Trakuose ir jo artimąją aplinką. Kompleksinės išskirtinės kultūrinio kraštovaizdžio vertės požiūriu Trakų istorinis nacionalinis parkas priskiriamas aukščiausiai kategorijai.

Trakų istorinio nacionalinio parko kraštovaizdžio įvairovę šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: tarpežerų susiformavusio istorinio miesto su pilimis, mažai urbanizuotos smėlingos lygumos su piliaviete, mažai urbanizuotų paežerių, mažai sukultūrintų stambių ežerų kompleksų, mažai sukultūrinto mažų ežerų ežeryno, miškingo ežeruoto dubaklonio, sukultūrinto nedidelės upės erozinio slėnio, sukultūrintų banguotų moreninių pakilumų, miškingų stačiašlaičių plokščiakalvių (keimų), miškingų fliuvioglacialinių kalvynų ir gūbrių, miškingų ir sukultūrintų banguotų fliuvioglacialinių pakilumų, stambių mišraus tipo pelkynų bei gilių erozinių lobų.

Europos Bendrijos svarbos teritorijos (kodas ir pavadinimas): 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 3150 natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių arba aštrių bendrijomis, 3140 ežerai su menturdumblių bendrijomis, 3160 Natūralūs distrofiniai ežerai; 7110 aktyvios aukštapelkės, 6210 Stepinės pievos; 6510 Šienaujamos mezofitų pievos; 7220 Šaltiniai su besiformuojančiais tufais; 7230 šarmingos žemapelkės, 6410 melvenynai, 9020 plačialapių ir mišrūs miškai, 9050 žolių turtingi eglynai, 91D0 pelkiniai miškai 9010 Vakarų taiga; 9080 Pelkėti lapuočių miškai; 9070 Medžiais apaugusios ganyklos.

Bendras augalų rūšių skaičius – 1 324, iš jų 3 saugomos Europos Bendrijos, 42 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 109. Žinduolių – 42, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 8 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 240, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 6 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 24, iš jų 1 saugoma Europos Bendrijos, 2 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 17, iš jų 2 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 23, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 19 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Kultūros ir gamtos paveldo vertybėms išsaugoti Trakų istoriniame nacionaliniame parke skirti 2 kultūriniai rezervatai ir 11 draustinių (1 archeologinis, 1 urbanistinis, 1 kraštovaizdžio architektūros, 2 architektūros, 1 kraštovaizdžio, 3 hidrografiniai, 1 botaninis-zoologinis, 1 ornitologinis).

Nacionalinio parko kultūriniuose rezervatuose saugoma: Trakų salos ir pusiasalio pilių – pilių kompleksas; Senųjų Trakų piliavietės – Senoji Trakų piliavietė.

Senųjų Trakų archeologiniame draustinyje saugomos archeologinių radinių teritorijos.

Trakų senamiesčio urbanistiniame draustinyje saugoma istoriškai susiklosčiusi Trakų miesto planinė erdvinė struktūra, jos ryšio su gamtine aplinka, užstatymo elementų ir formų visuma.

Užutrakio parko kraštovaizdžio architektūros draustinyje saugoma Užutrakio buvusio dvaro sodyba.

Architektūros draustiniuose saugoma: Senųjų Trakų kaimo – būdingi šio šalies regiono kaimai, jų planinė erdvinė struktūra, senos etnografinės sodybos, jų pastatai, želdiniai ir kiti seno kaimo elementai; Varnikėlių ir Serapiniškių kaimo – būdingi šio šalies regiono kaimai, jų planinė erdvinė struktūra, senos etnografinės sodybos, jų pastatai, želdiniai ir kiti seno kaimo elementai.

Kudrionių kraštovaizdžio draustinyje saugomas Kudrionių kraštovaizdis.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Galvės ir Akmenos ežerų – Trakų ir jų apylinkių savitumą lemiantys ežerai; Bražuolės – Bražuolės upelio aukštupio hidrografinė struktūra.

Varnikų botaniniame-zoologiniame draustinyje saugomas miško ir pelkės kompleksas.

Plomėnų ornitologiniame draustinyja saugoma Plomėnų pelkė su paukščių įvairove.

Trakų istoriniame nacionaliniame parke yra 118 kultūros paveldo objektų.