Manoma, kad pirmąją kenesą dabartinės vietoje dar Vytauto Didžiojo laikais pastatė iš Krymo į Trakus 1397 m. kunigaikščio atvežti karaimai. XV–XIX a. karų, gaisrų, kitų istorinių negandų metu kenesa ne kartą buvo sugriauta, sudeginta, nuniokota bet karaimų bendruomenės pastangomis visuomet buvo atstatoma. XIX a. pabaigoje – XX a. pradžioje kenesa rekonstruota, ant stogo įrengtas bokštelis-žibintas, stogas uždengtas skarda. Manoma, kad tuo laikotarpiu buvo sukurta ir iki mūsų dienų išlikusi vidaus sieninė tapyba. Šiame sakralinės paskirties pastate atsispindi karaimų architektūros ir interjero dekoravimo etniniai bruožai. Pastatas priklauso Lietuvos karaimų religinei bendruomenei.