Aukštadvario regioniniame parke saugomas Verknės ir Strėvos aukštupių kraštovaizdis. Jis įsteigtas išsaugoti:

• ypač vertingą gamtos požiūriu Aukštadvario kalvyną su Verknės ir Strėvos ežeringais aukštupiais;
• kultūros paveldo vertybes, iš jų – unikalų Aukštadvario miestelio urbanistinį kompleksą (bažnyčią ir vienuolyno kompleksą, parką su želdiniais ir pirmąja Lietuvoje upėtakių auginimo tvenkinių sistema, hidroelektrinę, Aukštadvario piliakalnį bei Kartuvių kalną), Bagdanonių hidroelektrinę su protakomis, Lavariškių, Mošos, Pamiškės, Žuklijos ir Strėvos piliakalnius;
• gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją.

Regioninis parkas yra centrinėje Dzūkų aukštumos miškingųjų ežerynų ir fliuvioglacialinių bei moreninių darinių zonoje, Verknės ir Strėvos aukštupiuose. Jo kraštovaizdis pasižymi mišria struktūra, dideliu rekreaciniu bei pažintiniu turistiniu potencialu. Aukštadvario regioninio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: mažai sukultūrintų patvenktinių ežerų kompleksų, miškingų bei mažai sukultūrintų ežeruotų dubaklonių, miškingų stačiašlaičių moreninių kalvynų ir gūbrių, miškingų ir sukultūrintų banguotų fliuvioglacialinių pakilumų, miškingų ir sukultūrintų nedidelių upių erozinių slėnių, miškingų ir mažai sukultūrintų plačių fliuvioglacialinių protakų, gilių erozinių slėniukų, raiškių termokarstinių daubų ir mažai urbanizuotų paežerių.

Europos Bendrijos svarbos buveinės (kodas ir pavadinimas): 9160 skroblynai, 5130 kadagynai, 3140 ežerai su menturdumblių bendrijomis, 3260 upių sraunumos su kurklių bendrijomis, 6210 stepinės pievos, 6410 melvenynai, 6510 šienaujamos mezofitų pievos, 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 7210 žemapelkės su šakotąja ratainyte, 7230 šarmingos žemapelkės, 7160 nekalkingi šaltiniai ir šaltiniuotos pelkės, 7220 šaltiniai su besiformuojančiais tufais, 9010 vakarų taiga, 9050 žolių turtingi eglynai, 9080 pelkėti lapuočių miškai, 91D0 pelkiniai miškai, 6230 daug rūšių turintys briedgaurynai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 954, iš jų 7 saugomos Europos Bendrijos, 76 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 1336. Žinduolių – 54, iš jų 18 saugomos Europos Bendrijos, 14 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 167, iš jų 39 saugomos Europos Bendrijos, 44 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 33. Varliagyvių ir roplių – 18, iš jų 9 saugomos Europos Bendrijos, 5 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 1 064, iš jų 8 saugomos Europos Bendrijos, 19 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Aukštadvario regioniniame parke skirti 1 gamtinis rezervatas ir 16 draustinių (7 kraštovaizdžio, 4 hidrografiniai, 1 botaninis, 1 botaninis-zoologinis, 1 archeologinis, 1 istorinis, 1 urbanistinis).

Mergiškių gamtiniame rezervate saugoma Mergiškių kalvų miško ekosistema su Europos Bendrijos svarbos Skroblynų buveinėmis, į Lietuvos Respublikos saugomų gyvūnų, augalų ir grybų rūšių sąrašą ir/ar Europos Bendrijos svarbos gyvūnų rūšių sąrašą įrašytų rūšių (europinių miežvienių, miškinių eraičinų, purpurinių plokščiavabalių, baltajuosčių juodsprindžių, baltnugarių genių) populiacijomis ir buveinėmis.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Mergiškių – Aukštadvario kalvyno – paskutiniojo (Nemuno) apledėjimo moreninių aukštumų geomorfologinio etalono – kalvotas, daubotas miškingas kraštovaizdis su aukščiausia Dzūkų aukštumos vieta – Gedanonių kalva, Velnio, Antaveršio, Albinavos ir Gelionių duobėmis, Škilietų glaciokarstiniais ežerais, Amerikos lobu, Ustronės riedulynu, Vaitkūnų keimine terasa, Lavariškių ir Pamiškės piliakalniais, Akmenių pilkapynais, mitologiniu Mergiškių akmeniu, Mergiškių senosiomis kapinėmis, Mergiškių dvarvietės želdiniais, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (didžiųjų auksinukų, pleištinių skėčių, raudonpilvių kūmučių, ūdrų, žalsvažiedžių blandžių, žirnialapių vikių, raudonsparnių meškučių, baltajuosčių juodsprindžių, grakščiųjų skėčių, juodųjų gandrų, mažųjų erelių rėksnių, žvirblinių pelėdų) buveinėmis; Saloviškių – ežeringo, miškingo dubaklonio kraštovaizdis su Saloviškių pilkapynu, Vytautavos šv. Antano Paduviečio bažnyčia, Vytautavos senovės gamybos vieta (stiklo lydymo krosnimi), saugomų gyvūnų rūšių (didžiųjų dančiasnapių, pilkųjų meletų) buveinėmis; Spindžiaus – Strėvos aukštupio dubaklonių, miškų, pelkių ir ežerų kraštovaizdis su Strėvos įgriuvomis, savito hidrologinio režimo Spindžiaus ežeru, Lausgenių velniabale ir raudonžemio išeigomis, Spindžiaus kaimo šaltiniu, Šaltinių kalneliu, Strėvos, Lausgenių ir Drabužninkų (Danosų) pilkapynais, istorine Karališkosios virtuvės vietove, Europos Bendrijos svarbos Ežerų su menturdumblių bendrijomis, Stepinių pievų, Tarpinių pelkių ir liūnų, Nekalkingų šaltinių ir šaltiniuotų pelkių, Žemapelkių su šakotąja ratainyte, Šaltinių su besiformuojančiais tufais, Šarmingų žemapelkių, Vakarų taigos, Žolių turtingų eglynų, Pelkėtų lapuočių miškų, Pelkinių miškų, Aliuvinių miškų buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (plačialapių klumpaičių, vėjalandžių šilagėlių, žvilgančiųjų riestūnių, skiauterėtųjų tritonų, ūdrų, tulžių, raudonųjų garbenių, tamsialapių skliautalūpių, širdinių dviguonių, gelsvųjų gegūnių, prūsinių begalių, kalninių arnikų, siauralapių plaučių, didžiažiedžių juodagalvių, baltnugarių genių, didžiųjų dančiasnapių) populiacijomis ir buveinėmis; Strėvos aukštupio – Daugirdiškių moreninio masyvo pietinės dalies miškingas agrarinis kraštovaizdis su raiškiomis pakraštinės akumuliacijos reljefo formomis ir rininiais ežerais, Strėvos piliakalniu ir kapinynu, Bagdononių hidroelektrine, saugomų gyvūnų rūšių (didžiųjų plukenių, kalninių jonažolių, sibirinių visgių, trižiedžių lipikų, švygždų, putpelių, pievinių lingių) populiacijomis ir buveinėmis; Verknės aukštupio – Verknės aukštupio kraštovaizdis su Gilandžio, Gilušio, Pakalnių, Pieskio ir Solio ežerais, Verknės senvagių ir pratekamaisiais ežerais, etnokultūrinio Pakalninkų kaimo užstatymo pobūdžiu ir erdvine kompozicija, Grinkavos užtvanka, Europos Bendrijos svarbos Ežerų su menturdumblių bendrijomis, Upių sraunumų su kurklių bendrijomis, Karbonatinių smėlynų smiltpievių, Stepinių pievų, Eutrofinių aukštųjų žolynų, Šienaujamų mezofitų pievų, Tarpinių pelkių ir liūnų, Žemapelkių su šakotąja ratainyte, Šarmingų žemapelkių, Pelkėtų lapuočių miškų buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (dvilapių purvuolių, didžiųjų auksinukų, raudonpilvių kūmučių, ūdrų, paprastųjų tuklių, vienalapių gedučių, šakotųjų ratainyčių, menturlapių ežeručių, gegūnių, griežlių, švygždų, putpelių) populiacijomis ir buveinėmis; Verknės – Verknės ir jos intakų slėnių kraštovaizdis su Paverknės, Rangavos ir Šafarnės šaltiniais, Šafarnės alko akivarais (velniabalėmis), glaciokarstiniu Tameliuko ežeru, Toliotonių (Valuikų) pilkapiais, Tamelių I pasaulinio karo vokiečių karių ir Aukštadvario žydų kapinėmis, Aukštadvario hidroelektrine, Europos Bendrijos svarbos Šarmingų žemapelkių, Nekalkingų šaltinių ir šaltiniuotų pelkių buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (tulžių, pelkinių uolaskėlių, melsvųjų gencijonų, daugiamečių blizgių, paprastųjų rėžiukų, miškinių varnalėšų, Meinshauzeno plūdžių, griežlių, švygždų, pievinių lingių) populiacijomis ir buveinėmis, lašišinių žuvų nerštavietėmis; Vilkokšnio – Vilkokšnio ežero dubaklonio kraštovaizdis su terasomis, sufoziniais cirkais, eroziniais raguvynais, Verknės ištakomis, Žaliųjų Prūdelių ir Panošiškių šaltiniais, Žuklijų piliakalniais ir papėdės gyvenviete, Žaliosios šventviete ir pilkapių vieta, Alkaičio (Žaliosios) mitologiniu akmeniu, Tolkiškių dvaro senųjų kapinių kompleksu, Europos Bendrijos svarbos Kadagynų, Nekalkingų šaltinių ir šaltiniuotų pelkių, Šarmingų žemapelkių, Vakarų taigos, Žolių turtingų eglynų buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (plačialapių klumpaičių, dvilapių purvuolių, žvilgančiųjų riestūnių, niūriaspalvių auksavabalių, ūdrų, tulžių, didžiųjų baublių, pievinių lingių, griežlių, švygždų) populiacijomis ir buveinėmis.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Antakmenių – Antakmenių ežero hidrografinė struktūra ir apyežerio kraštovaizdis, Mošos ežeras ir paežerės pelkės; Strėvos ištakų – Strėvos upės ištakos su pratekamais Gubiškių (Šėmuko), Strėvytės (Mackantiškių) ir Babruko (Senkiškių) ežerais; Tabaliukų – raiškūs nedidelių glaciokarstinių ežerėlių dubenys ir hidrologinis režimas su būdingomis paežerių pelkių ir miškų ekosistemomis; Verniejaus – savitas nenuotakaus Verniejaus ežero hidrologinis režimas, Verniejaus ežero salos, Degusio, Ilgio, Laužaraisčio ir Skričio ežerų sistema, būdingos paežerių pievų, pelkių ir miškų ekosistemos.

Skrebio botaniniame draustinyje saugoma didele biologine įvairove pasižyminti Skrebio miško ekosistema su Europos Bendrijos svarbos Natūralių eutrofinių ežerų su plūdžių arba aštrių bendrijomis, Žolių turtingų eglynų, Skroblynų, Pelkinių miškų, Aliuvinių miškų buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (stačiųjų vaisginų, baltajuosčių juodsprindžių, baltnugarių genių) populiacijomis ir buveinėmis.

Verknės botaniniame-zoologiniame draustinyje saugoma didele biologine įvairove pasižyminčio pelkėto Verknės upės slėnio ties Stanuliškių kaimu ekosistema su Europos Bendrijos svarbos Upių sraunumų su kurklių bendrijomis, Karbonatinių smėlynų smiltpievių, Stepinių pievų, Rūšių turtingų briedgaurynų, Melvenynų, Šienaujamų mezofitų pievų, Nekalkingų šaltinių ir šaltiniuotų pelkių, Šarmingų žemapelkių, Aliuvinių miškų buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (dvilapių purvuolių, didžiųjų auksinukų, pleištinių skėčių, raudonpilvių kūmučių, ūdrų, daugiamečių patvenių, siauralapių gencijonų, žaliųjų plateivių, paprastųjų kardelių, dėmėtųjų gegūnių, mažųjų gegužraibių, šakotųjų ratainyčių, Meinshauzeno plūdžių, pilkažalių žvilgūnų, didžiųjų baublių, pievinių lingių, griežlių, švygždų) populiacijomis ir buveinėmis.

Mošos archeologiniame draustinyje saugomas vertingas I tūkstantmečio archeologijos paminklų kompleksas, susidedantis iš Mošos piliakalnio su papėdės gyvenviete, Mošos ir Skrebio pilkapynų.

Aukštadvario istoriniame draustinyje saugomas Aukštadvario piliakalnio, papėdės gyvenvietės ir dvaro sodybos su parku ir tvenkiniais kompleksas – vertinga kultūrinė vietovė, vienas ankstyviausių krašto apgyvendinimo židinių, istorinis Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės gynybinis ir administracinis centras.

Aukštadvario urbanistiniame draustinyje saugoma Aukštadvario miestelio istorinės dalies urbanistinė (planinė, erdvinė, tūrinė) struktūra, kurioje dominuoja Šv. Dominyko bažnyčios su Domininkonų vienuolynu kompleksas ir miestelio centre esanti turgaus aikštė su šuliniu, tradicinis teritorijos užstatymo tipas, tradicinė statinių architektūrinė išraiška, kultūros paveldo objektai ir jų aplinka bei kultūrinis sluoksnis.

Aukštadvario regioniniame parke yra 9 gamtos paveldo objektai, iš jų 2 gamtos paminklai – Velnio duobė ir Nikronių akmuo. Regioniniame parke saugomi 42 kultūros paveldo objektai.