Saugomas vaizdingiausias Pietų Lietuvos aukštumos ir smėlingosios lygumos sandūroje susiformavusio itin kalvoto ežeringo kraštovaizdžio fragmentas. Čia saugoma viena raiškiausių Dzūkų aukštumose susikertančių dubaklonių (rinų) sistema. Gausu ne tik ežerų, bet ir upelių. Mažame Šlavantėlio ir Liūnelio tarpuežeryje – neįsivaizduojama retųjų rūšių ir bendrijų įvairovė. Čia – vienintelė Lietuvoje kvapiojo plaurečio populiacija. Regioninio parko pasididžiavimas – europinė medvarlė.

Išskirtinio dėmesio verti paveldo objektai: Vainežerio senovės gynybinis įtvirtinimas,vadinamas „Okopka“, Šlavantų piliakalnis su senovės gyvenviete, Veisiejų istorinis centras ir Veisiejų Šv. Jurgio bažnyčia, Veisiejų dvaro centrinių rūmų išlikęs dešinysis fligelis, Veisiejų ir Vainežerio dvarų parkai.

Veisiejų regioninis parkas įsikūręs raiškiai kalvotoje ir ežeringiausioje Pietų Lietuvos aukštumos dalyje. Tai vienas miškingiausių parkų Lietuvoje. Pietų Lietuvos paviršius, kuriame ir driekiasi Veisiejų regioninio parko teritorija, geologiniu ir gemorfologiniu požiūriu yra seniausias ir patyręs ilgiausią raidą šalyje. Jo amžius ir formavimasis daugiausia susijęs su keliais paskutiniais Europos šiaurinę dalį dengusiais ledynais, jų degradavimu, tirpsmo vandens ardančia veikla, taip pat vėlesniais - upėse, ežeruose, pelkėse, šlaituose, vėjo pustomuose plotuose - vykusiais procesais.

Visa Veisiejų regioninio parko teritorija nusėta ežerais, kurių didžiausi – Ančia, Šlavantas, Snaigynas, Vernijis. Ančios ežeras – didžiausias regioninio parko teritorijoje esantis ežeras, jis užima 490,8 ha plotą. Jo aplinkinis kraštovaizdis yra viena iš raiškiausių Veisiejų regioninio parko vertybių, reprezentuojančių Veisiejų regioninio parko išskirtinę vertę. Ežerą supa plati ledyninių upių suplauta lyguma dviejų – keturių metrų aukščio pyliminėmis kopomis. Ančios ežeras mažai paveiktas žmogaus ūkinės veiklos, todėl nepastebėtas ryškus užpelkėjimo procesas. Rytinėje ežero pakrantėje plyti sausi Ilgininkų miško pušynai, vakariniame krante - Gudiškės miškas, šiaurinėje dalyje esančiame pusiasalyje įsikūręs parko teritorijoje esantis vienintelis miestas – Veisiejai.

Europos Bendrijos svarbos teritorijos (kodas ir pavadinimas): 9180 griovių ir šlaitų miškai, 9050 žolių turtingi eglynai, 7160 nekalkingi šaltiniai ir šaltiniuotos pelkės, 7110 aktyvios aukštapelkės, 6530 miškapievės, 3160 natūralūs distrofiniai ežerai, 3150 natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių arba aštrių bendrijomis, 3140 ežerai su menturdumblių bendrijomis, 9010 vakarų taiga, 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 7210 žemapelkės su šakotąja ratainyte, 9080 pelkėti lapuočių miškai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 1 058, iš jų 5 saugomos Europos Bendrijos, 32 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 1 082. Žinduolių – 40, iš jų 3. saugomos Europos Bendrijos, 6 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 151, iš jų 28 saugomos Europos Bendrijos, 28 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 24, iš jų 1 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 18, iš jų 9 saugomos Europos Bendrijos, 7 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 853, iš jų 3 saugomos Europos Bendrijos, 14 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Veisiejų regioniniame parke skirti 3 gamtiniai rezervatai ir 7 draustiniai (2 kraštovaizdžio, 2 hidrografiniai, 2 botaniniai-zoologiniai, 1 urbanistinis).

Gamtiniuose rezervatuose saugoma:

Liubelio – Liubelio ežerėlio ir jį supančių miškų ir pelkių gamtinis kompleksas su vandens, pievų ir pelkių paukščių buveinėmis, gausiomis gegužraibinių šeimos ir kitų pelkinių augalų rūšių augavietėmis, orchidinių šeimos augalų rūšių – pievinio plaurečio, dvilapio purvuolio, paprastosios tuklės – augavietėmis bei Europos Bendrijos svarbos tarpinių pelkių ir liūnų ir žemapelkių su šakotąja ratainyte buveinėmis.

Liūnelio – unikali rūšių gausa, teritorija su retų augalų rūšių augavietėmis, vandens paukščių buveinėmis, Europos Bendrijos svarbos stepinių pievų, šienaujamų mezofitų pievų, kadagynų, ežerų su menturdumblių bendrijomis, natūralių eutrofinių ežerų su plūdžių arba aštrių bendrijomis, tarpinių pelkių ir liūnų buveinių, žemapelkių su šakotąja ratainyte buveinėmis.

Skaisčio – kalkingos Skaisčio paežerio žemapelkės su saugomų retųjų ir nykstančiųjų augalų rūšių – pelkinių uolaskėlių, dvilapių purvuolių, Rusovo gegūnių – augavietėmis.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma:

Ančios – raiškus, Pietų Lietuvai būdingos formos Ančios ežero dubaklonis, jo šiaurinio pakraščio pievos su gausiomis gegūnių – baltijinės, Rusovo, dėmėtosios – augavietėmis, Vainežerio senovinis gynybinis įtvirtinimas, Vainežerio dvaro sodybvietė su dendrologiniu parku, Mėčiūnų senovės gyvenvietės archeologinis sluoksnis, Dainaviškių senkapiai, kurių pietinės ekspozicijos šlaitų sauspievės bei nedidelės pelkutės palankios įvairių rūšių entomofaunams veistis, taip pat etaloniniai pušų medynai su gausiais uoginių augalų ištekliais, Dzūkijos miškams būdinga – ornitofauna, saugomų paukščių rūšių – juodųjų peslių, didžiųjų dančiasnapių – perimvietės, Ančios ežero užutekiai ir pusiasaliai, tinkami įvairių rūšių vandens paukščiams ir žinduoliams veistis bei gyventi.

Šlavanto – raiškus kalvoto miškingo ežeringo kraštovaizdžio kompleksas su giliai įsirėžusiu Šlavanto ežero dubakloniu, Šlavantų piliakalnis su vaistinio kietagrūdžio augavietėmis.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma:

Baltosios Ančios – natūrali Baltosios Ančios upės ir jos slėnio atkarpa su Pastovio ir Bliūdelio ežerėliais, vandens paukščių lizdavietėmis, Europos Bendrijos svarbos aliuinių miškų, aliuvinių pievų ir pelkėtų lapuočių miškų buveinėmis.

Ilgininkų – ežeringų dubaklonių sistema, ežerinės kilmės žemapelkės su riboto paplitimo snaputinių plukių bendrijomis karbonatinguose šlaituose, gegužraibinių šeimos augalų rūšių – dėmėtųjų ir raudonųjų gegūnių, pelkinių skiautalūpių – augavietės, Trikojo ežero užutekiai, tinkami įvairių rūšių paukščiams ir žinduoliams gyventi.

Botaniniuose-zoologiniuose draustiniuose saugoma:

Morkavo – didele žinduolių įvairove ir retais augalais pasižymintis natūralus, miškingomis teritorijomis tekantis Morkavo upelis, jo slėnyje plytinčios Europos Bendrijos svarbos miškapievės buveinės.

Ringėliškės – brandūs eglių, ąžuolų ir skroblų medynai, saugomų paukščių rūšių – vapsvaėdžių, erelių rėksnių, žaliųjų meletų – perimvietės, Europos Bendrijos svarbos rūšių turtingų eglynų, pelkėtų lapuočių miškų, skroblynų buveinės ir balinių vėžlių buveinės.

Veisiejų urbanistiniame draustinyje saugomas Veisiejų miesto istorinio centro gatvių tinklas, gamtos ir statinių išdėstymo derme pasižyminti miesto erdvinė kompozicija.

Veisiejų regioniniame parke ir jam priskirtose saugoti teritorijose yra 7 gamtos paveldo objektai (Veisiejų uosis, Taikūnų pušis, Vilko šaltinis, Paveisiejų pušis, Paveisiejų trikamienis ąžuolas,  Veisiejų ir Vainežerio dvarų parkai). Veisiejų regioniniame parke yra 28 kultūros paveldo objektai, iš jų 2 kultūros paminklai.