Pajūrio regioninis parkas įsteigtas išsaugoti:

• Lietuvos pajūrio žemyninės dalies kraštovaizdį su pajūrio pakrantės kopų juosta, Didžiuoju ir Mažuoju pajūrio skardžiais, jūrinės lygumos Plocio ežeru, litorininės jūros suformuotu Nemirsetos kopagūbriu ir pajūriniais žemyniniais skardžiais, jūrinius riedulynus, etnografinį Karklės kaimą;
• gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją, retų augalų bendrijas ir augavietes, svarbias vandens paukščių perėjimo ir poilsio migracijų metu vietas.

Ardomas jūros krantas su Didžiuoju ir Mažuoju pajūrio skardžiais, jūrinis riedulynas, pajūrio pakrantės kopų juosta. Saugomas neužstatyto žemyninio Lietuvos pajūrio, atviros Baltijos jūros akvatorijos kraštovaizdis, natūralios pajūrio smiltpievės. Peri jūriniai ereliai. Jūros pakrante driekiasi paukščių migracijos kelias, žiemoti jūroje susirenka per 10 000 paukščių. Yra XIX a. pabaigoje vokiečių statyta laivų gelbėjimo stotis. Senasis Karklės žvejų kaimas kadaise driekėsi pajūriu net 11 km. Čia savitas povandeninis kultūros paveldas. Išlikęs itin senas amatas – gintaro gaudymas graibštais.

Pajūrio regioninis parkas yra svarbioje jungiamojoje zonoje tarp Klaipėdos ir Palangos kraštovaizdžio kompleksų ir reprezentuoja Mažosios Lietuvos etnokultūrinio regiono istorinę Pilsoto žemę. Ypatingą vietą jo tapatybei turi Karklės kaimas, Olando kepurės skardis ir Plazės (Plocio) gamtinio rezervato smiltpievių–smėlynų kompleksas.

Pajūrio regioninio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: natūralios abrazinio kranto sausumos (skardis, nuošliaužos, paplūdimys), natūralios akumuliacinio kranto sausumos (apsauginis pylimas, paplūdimys), natūralios smėlingos Baltijos pajūrio žemumos, Litorinos jūros kranto, miškingos bei mažai sukultūrintos Baltijos leduotojo ežero terasinių lygumų, lėkštašlaičio pelkėto ežero, sukultūrintos mažai urbanizuotos moreninės lygumos, sukultūrintos moreninės pakilumos, sukultūrintų bei mažai urbanizuotų moreninių kalvyngūbrių, Baltijos pajūrio gyvenviečių, atvirosios Baltijos jūros akvatorijos akumuliacinės priekrantės nuolaidumos, atvirosios Baltijos jūros akvatorijos abrazinės priekrantės nuolaidumos, abraduojamos priekrantės zonos ir akumuliuojamos priekrantės zonos.

Europos Bendrijos svarbos buveinės (kodas ir pavadinimas): 2110 užuomazginės pustomos kopos, 1170 rifai, 2120 baltosios kopos, 2130 pilkosios kopos, 2170 kopų gluosnynai, 2180 medžiais apaugusios pajūrio kopos, 2320 pajūrio smėlynų tyruliai, 6210 stepinės pievos, 6510 šienaujamos mezofitų pievos.

Bendras augalų rūšių skaičius – 257, iš jų 13 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 291. Žinduolių – 39, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 61, iš jų 13 saugomos Europos Bendrijos, 9 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 9, iš jų 1 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 172, iš jų 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Pajūrio regioniniame parke skirti 1 gamtinis rezervatas ir 6 draustiniai (3 kraštovaizdžio, 1 botaninis-zoologinis, 1 talasologinis, 1 etnokultūrinis).

Plazės (Plocio) gamtiniame rezervate saugomas savitas žemyninio pajūrio natūralių pievų ruožo gamtinis kraštovaizdis, liekaninės kilmės Plocio ežeras su apyežeriu ir Mažasis klifas (pajūrio skardis), šiam pajūrio ruožui būdingų augalų ir gyvūnų rūšinė sudėtis, Europos Bendrijos svarbos užuomazginių pustomų kopų, baltųjų kopų, pilkųjų kopų, kopų gluosnynų, medžiais apaugusių pajūrio kopų, pajūrio smėlynų tyrulių, stepinių pievų, šienaujamų mezofitų pievų buveinės, į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų saugomų augalų ir gyvūnų rūšys, ypač pajūrinė linažolė ir dirvoninis kalviukas.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Nemirsetos – litorininės jūros kopagūbrio fragmentas Nemirsetoje, mozaikiškas pajūrio kopų, smėlynų, pievų ir miškų kompleksas, pajūrio kopų juosta, pajūrio smiltpievės su būdinga ir reta pajūrio augalija, Europos Bendrijos svarbos užuomazginių pustomų kopų, baltųjų kopų, pilkųjų kopų, kopų gluosnynų, medžiais apaugusių pajūrio kopų, pajūrio smėlynų tyrulių, stepinių pievų, šienaujamų mezofitų pievų buveinės, į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų saugomų augalų ir gyvūnų rūšys, ypač pajūrinė linažolė ir dirvoninis kalviukas; Olandų kepurės – Didysis klifas (pajūrio skardis) – unikalus Lietuvos pajūrio kraštovaizdžio elementas, pajūrio kraštovaizdžiui būdinga brandžių pušynų ekosistema; Šaipių – Karklės–Šaipių kalvagūbrio ir dubaklonio kraštovaizdis, mozaikiškas miškų, pelkių ir drėgnų pajūrio pievų kompleksas su tipiška pajūrio natūralių pievų žoline augalija, tradiciškai susiformavusi mozaikiška žemėnaudos struktūra, Europos Bendrijos svarbos užuomazginių pustomų kopų, baltųjų kopų, pilkųjų kopų, kopų gluosnynų, medžiais apaugusių pajūrio kopų, pajūrio smėlynų tyrulių, stepinių pievų, šienaujamų mezofitų pievų buveinės, į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų saugomų augalų ir gyvūnų rūšys, ypač pajūrinė linažolė ir dirvoninis kalviukas.

Kalotės botaniniame-zoologiniame draustinyje saugomos augalų (nariuotosios ilgalūpės, gebenlapės veronikos, daugiametės blizgės, baltijinės gegūnės) ir gyvūnų (rudojo peslio, vidutinio dančiasnapio, pelėsakalioį, didžiojo baublio, vištvanagio, žaliosios meletos, kukučio, putpelės) rūšys, jų bendrijos, migruojantys paukščiai ir jų susitelkimo vietos, Girulių miško biologinė įvairovė, užmirkusio miško ekosistemos.

Karklės talasologiniame draustinyje saugomas unikalus jūrinis kompleksas, pasižymintis didele biologine įvairove Lietuvos pajūryje, jūrinio riedulyno biotopai su midijų bendrijomis, banguolių kolonijomis, žuvų neršto ir maitinimosi vietomis, Europos Bendrijos svarbos rifų buveinė, sibirinių gagų, klykuolių, didžiųjų dančiasnapių ir mažųjų kirų žiemojimo ir migracinių sankaupų vietos, upinė nėgė.

Karklės etnokultūriniame draustinyje saugoma Karklės kaimo gatvių planinė struktūra, sodybų erdvinio planavimo principai, susiformavusi žemėnaudos struktūra.

Pajūrio regioniniame parke yra vienas gamtos paveldo objektas - Olandų Kepurės skardis ir 22 kultūros paveldo objektai.