Pagramančio regioniniame parke saugomas Akmenos – Jūros santakos slėnių ir miškų kraštovaizdis. Jis įsteigtas išsaugoti:

• ypač vertingus gamtos požiūriu Jūros vidurupio ir Akmenos žemupio kraštovaizdžio kompleksus, Plynosios pelkės biocenozę;
• Kultūros paveldo vertybes: Dapkiškių, Matiškių, Kreivių, Indijos, Biržų lauko, Vaičių, Rekstukų, Kuturių, Pagramančio piliakalnius – kryžiuočių karų laikotarpio gynybinės grandinės Jūros ir Akmenos upių krantuose objektus kartu su Balskų, Lylavėnų senkapiais, Tamošaičių akmeniu, senovinėmis gyvenvietėmis, dvarvietėmis ir kapinaitėmis bei Pagramančio miestelio urbanistinį kompleksą;
• gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją, natūralius žuvų migracijos kelius bei nerštavietes.

Pagramančio regioniniam parkui būdina vidutinio dydžio upių slėninių erozinių bei hidrologinių procesų sukurta morfologinė struktūra su prie jos prisišliejusiais pelkėtų miškų masyvais. Stačių erozinių Jūros bei Akmenos kilpų šlaitų raiškumas padidintas vėliau įrengtų gynybinių piliakalnių. Tai raiškią kraštovaizdžio struktūrą turintis regioninis parkas.

Pagramančio regioninio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: mažai sukultūrinto bei sukultūrinto stačiašlaičio terasinio meandruoto slėnio, miškingų bei mažai sukultūrintų nedidelių erozinių slėnių, miškingo ir sukultūrinto patvenkto slėnio, miškingų bei sukultūrintų priemolingų lygumų,miškingų pelkinių komplesų, miškingų ir mažai sukultūrintų gilių erozinių slėniukų, miškingų smėlingų fliuvioglacialinių lygumų bei terasų, sukultūrintų priemolingų–molingų moreninių bei limnoglacialinių lygumų ir įvairaus pobūdžio kraštovaizdžio užstatos.

Europos Bendrijos svarbos buveinės (kodas ir pavadinimas): 6210 stepinės pievos, 6270 rūšių gausios ganyklos ir ganomos pievos, 6430 eutrofiniai aukštieji žolynai, 6450 aliuvinės pievos, 6510 šienaujamos mezofitų pievos, 7110 aktyvios aukštapelkės, 7220 šaltiniai su besiformuojančiais tufais, 8220 silikatinių uolienų atodangos, 9010 vakarų taiga, 9020 plačialapių ir mišrūs miškai, 9050 žolių turtingi eglynai, 9080 pelkėti lapuočių miškai, 9160 skroblynai, 9180 griovų ir šlaitų miškai, 91D0 pelkiniai miškai, 91E0 aliuviniai miškai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 806, iš jų 21 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 825. Žinduolių – 30, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 4 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 128, iš jų 17 saugomos Europos Bendrijos, 24 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 11, iš jų 1 saugoma Europos Bendrijos, 1 įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 625, iš jų 28 saugomos Europos Bendrijos, 43 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Pagramančio regioniniame parke skirti 6 draustiniai (3 kraštovaizdžio, 1 hidrografinis, 1 telmologinis, 1 genetinis).

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Akmenos – Akmenos salpinio slėnio kraštovaizdis su natūraliomis pievomis ir šlaituose augančiais miškais, Pagramančio miestelio dalis su Pagramančio Švč. M. Marijos Nekalto Prasidėjimo bažnyčios statinių kompleksu, Pagramančio, Indijos, Vaičių, Biržų Lauko, Naujininkų, Kuturių ir kiti piliakaniai, Didžioji Akmenos rėva, atodangos, Europos Bendrijos svarbos natūralių pievų (stepinės pievos, rūšių gausios ganyklos ir ganomos pievos, šienaujamos mezofitų pievos, rūšių turtingi briedgaurynai, eutrofiniai aukštieji žolynai, aliuvinės pievos), pelkių (tarpinės pelkės ir liūnai, nekalkingi šaltiniai ir ir šaltiniuotos pelkės), miškų (žolių turtingi eglynai, griovų ir šlaitų miškai, vakarų taiga, plačialapių ir mišrūs miškai, skroblynai, aliuviniai miškai) ir atodangų ir olų (silikatinių uolienų atodangų) buveinės, taip pat mažųjų gegužraibių, vyriškųjų gegužraibių, retažiedžių miglių, dėmėtųjų gegūnių augavietės, tulžių, didžiųjų dančiasnapių, žaliųjų meletų perimvietės, ūdrų buveines, baltamargių šaškyčių, kraujalakinių melsvių, didžiųjų auksinukų, machaonų ir juodųjų apolonų populiacijos, upėtakių, lašišų ir žiobrių nerštavietės ir ovaliųjų geldučių buveinės; Jūros – Jūros slėnio kraštovaizdis su raiškiu gilinamosios ir šoninės erozijos suformuotu Jūros slėniu, pasižyminčiu ryškiomis terasomis, pakopomis, stačiais šlaitais, griovinės erozijos formomis, atodangomis, Europos Bendrijos svarbos natūralių pievų (stepinės pievos, rūšių gausios ganyklos ir ganomos pievos, šienaujamos mezofitų pievos, eutrofiniai aukštieji žolynai, nesusivėrusios žemyninės smiltpievės, aliuvinės pievos), miškų (žolių turtingi eglynai, griovų ir šlaitų miškai, plačialapių ir mišrūs miškai, skroblynai, aliuviniai miškai) ir atodangų ir olų (silikatinių uolienų atodangų) buveinės, boloninių katilėlių ir vyriškųjų gegužraibių augavietės, ūdrų buveinės, taip pat upėtakių, lašišų ir žiobrių nerštavietės; Tyrelio – miškingas kraštovaizdis su būdingomis miško fitocenozėmis (brandūs eglynai, beržynai, juodalksnynai), su didžiausia įvairaus brandumo pušų medynų sankaupa regioniniame parke, Europos Bendrijos svarbos natūralių pievų (rūšių gausios ganyklos ir ganomos pievos, šienaujamos mezofitų pievos) ir miškų (vakarų taiga, žolių turtingi eglynai, griovų ir šlaitų miškai, plačialapių ir mišrūs miškai, skroblynai, aliuviniai miškai) buveinėmis, baltnugarių genių, vapsvaėdžių rūšimis, machaonų ir juodųjų apolonų populiacijomis.

Lylavos hidrografiniame draustinyje saugomas natūralus Lylavos upelis ir jo slėnis su vieninteliais regioniniame parke brandžiais skroblynais, jonpaparčių sąžalynais, Europos Bendrijos svarbos natūralių miškų (vakarų taiga, žolių turtingi eglynai, griovų ir šlaitų miškai, skroblynai, aliuviniai miškai) buveinėmis, paprastųjų kardelių augavietėmis, ūdrų buveinėmis ir upinės nėgės nerštavietėmis.

Plynosios telmologiniame draustinyje saugomas aukštapelkės kompleksas su plynėmis, ežerokšniais bei apypelkio miškais, Europos Bendrijos svarbos natūralių miškų (vakarų taiga, žolių turtingi eglynai, plačialapių ir mišrūs miškai, skroblynai, pelkėti lapuočių miškai, pelkiniai miškai) ir pelkių (tarpinės pelkės ir liūnai, aktyvios aukštapelkės) buveinėmis, kraujalakinių melsvių ir didžiųjų auksinukų populiacijomis, ūdrų buveinėmis, dirvinių sėjikų, gervių perimvietėmis ir mažųjų erelių rėksnių, vapsvaėdžių, baltnugarių genių gyvenamais biotopais.

Pagramančio miško beržo genetiniame draustinyje saugoma Pagramančio miško karpotojo beržo populiacijos genetinė įvairovė.

Pagramančio regioniniame parke yra 5 valstybės saugomi gamtos paveldo objektai, iš jų 1 gamtos paminklas (Akmuo milžinas). Regioniniame parke saugomi 38 kultūros paveldo objektai.