Aukštaitijos nacionalinis parkas įsteigtas išsaugoti:

• unikalią trijų kraštovaizdžio sričių sandūroje esančią Žeimenos aukštupio ekosistemą, Ažvinčių (Gervėčių) sengirės ir Balčio ežero gamtinius kompleksus, Baluošo, Linkmeno – Ūkojo, Tauragno ir Uteno miškingų ežeruotų dubaklonių, Šiliniškių tarpežerinio gūbrio su Ladakalniu, Benediktavo (Makių) moreninio masyvo ir Kiaunos slėnio kraštovaizdį, Petriškių geomorfologinį ir Būkos, Juodupės, Švoginos, Pliaušės, Labažės, Asalnų ir Žeimenio hidrografinius kompleksus, Vilkaraisčio, Kriogžlio, Siūrių ir Pagilūtės pelkes, savitas Ažvinčių ir Minčios girių, Kretuono, Kretuonykščio, Knyčio ir Pažeimenės biocenozes, retus ir nykstančius augalus ir gyvūnus, kitus gamtinius teritorinius kompleksus ir objektus;
• Šiaurės Rytų Lietuvos XII–XV a. gynybinės linijos liekanas su Taurapilio, Ginučių, Puziniškių, Linkmenų, Vajuonio ir kitais piliakalniais, Rėkučių senovės gynybiniu pylimu, unikalų Kretuono archeologinį kompleksą, Minčios, Vyžų, Šakarvos, Palūšės, Kaltanėnų, Švento ir kitus pilkapynus ir akmens amžiaus gyvenvietes, etnografiškai vertingus Salų (II), Varniškių (II), Vaišnoriškių, Šuminų (Pabaluošės), Strazdų (Šariškės), Kretuonių, Benediktavo (Maknių), kitus etnografinį pobūdį ar elementus išlaikiusius kaimus, Kaltanėnų urbanistinį kompleksą, Palūšės bažnyčios architektūrinį ansamblį, parko teritorijoje esančius vandens malūnus, Stripeikių senovės bitininkystės muziejų, kitas kultūros paveldo vertybes;
• Žeimenos aukštupio gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus ir jų įvairovę.

Aukštaitijos nacionalinis parkas išsiskiria unikaliu kalvotu, ežeringu, mažai sukultūrintu Aukštaičių aukštumos kraštovaizdžiu ir protakomis sujungtų dubakloniuose telkšančių ežerų virtinėmis. Išskirtinės nacionalinio parko vertybės: unikalus Lietuvoje iš visų pusių devynių ežerų apsuptas raiškus Šiliniškių gūbrys su legendomis apipinta Ladakalnio kalva, giliausias Lietuvoje Tauragnų ežeras (62,5 m), vienintelė šalyje Baluošo ežero sala (Ilgasalė) su ežerėliu, Laumakėlių ežeriukai su skirtingomis vandens akių spalvomis, į paviršių išnyrantis ir vėl po sausvage tekantis nenuspėjamas Tauragnos upelis, į Almajo ežerą almantis Pliaušės upelis, po miškus kilpinėjan­čių Švoginos ir Juodupės upelių vagos, unikalūs ežerų pusiasaliai – ragai, Baluošo apyežeryje slūgsanti balta ežerų kreida. Nacionalinia­me parke užgimsta viena nuostabiausių Lietuvos upių – Žeimena. Ypatinga biologine įvairove išsiskiria jau seniai žmogaus veiklos nemačiusi Ažvinčių sengirė ir Minčios giria, vandens lygio svyravimo dėsningumais pasižymintis Balčio ežeras, savitas Ginučių ąžuolynas, gyvybės kupinas Žei­menos slėnis su senvagėmis, Kretuonykščio, Kriogžlio, Pagilūtės pelkynai. Gausu itin retų augalų ir grybų rūšių, Europos Bendrijos svarbos paukščių, žinduolių, vabz­džių. Čia galima pasigrožėti ne tik laukinėmis orchidė­jomis, bet ir išvysti vilką, lūšį, išgirsti uralinę pelėdą. Aukštaitijos nacionalinio parko architektūros įžymybė, pavaizduota ne tik nacionalinio parko emblemoje, bet ir senojo 1 lito popierinėje kupiūroje, – medinė Palūšės bažnyčia su varpine. Parke – didelė tradicinių etnografinių kaimų įvairovė. Pagal gatvinių rėžinių, kupetinių, vienkieminių kaimų ypatybes galima atsekti šimtmečius vykstančią Lietuvos kaimo raidą. Seniausius laikus mena Papiliakalnės, Ginučių piliakalnis, akmens ir žalvario amžiaus kapinynai, V–XI a. pilkapynai, sudarantys vieną didžiausių senovės gyvenviečių kompleksų Lietuvoje.

Aukštaitijos nacionalinis parkas įsikūręs tarp Baltijos aukštumų ruožo ežerynų ir Šiaurės Nalšios (Švenčionių) aukštumų ruožo kalvynų. Nacionalinio parko kraštovaizdžio struktūra yra viena sudėtingiausių, lyginant su kitais valstybiniais parkais. Jis pasižymi išskirtiniu gamtos ir kultūros paveldo objektų savitumu ir gausa bei ypač dideliu rekreaciniu bei pažintiniu turistiniu ir etnokultūros potencialu. Kompleksinės išskirtinės kraštovaizdžio vertės požiūriu Aukštaitijos nacionalinis parkas priskiriamas aukščiausiai kategorijai.

Svarbiausi kraštovaizdžio tipai: miškingų kalvotų rininio tipo ežerynų (dubaklonių sistemų), nedidelių ežerų grupių, ežeruotų pelkinių duburių, negilių miškingų terasinių slėnių, miškingų fliuvioglacialinių terasų, miškingų banguotų paki­ lumų, miškingų moreninių kalvynų bei gūbrių ir agrarinių moreninių kalvynų.

Europos Bendrijos svarbos buveinės (kodas ir pavadinimas): 3140 ežerai su menturdumblių bendrijomis, 3150 natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių arba aštrių bendrijomis, 3160 natūralūs distrofiniai ežerai, 6410 melvenynai, 7110 aktyvios aukštapelkės, 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 7160 nekalkingi šaltiniai ir šaltiniuotos pelkės, 7210 žemapelkės su šakotąja ratainyte, 7230 šarmingos žemapelkės, 9010 vakarų taiga, 9050 žolių turtingi eglynai, 9080 pelkėti lapuočių miškai, 91D0 pelkiniai miškai.

Bendras augalų rūšių skaičius – 992, iš jų 96 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skai­čius – 2 961. Žinduolių – 54, iš jų 18 saugomos Europos Bendrijos, 14 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 243, iš jų 68 saugomos Europos Bendrijoje, 70 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 41, iš jų 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 17, iš jų 8 saugomos Europos Bendrijos, 4 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 2 606, iš jų 14 saugomos Europos Bendrijos, 39 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Aukštaitijos nacionaliniame parke skirti 2 gamtiniai rezervatai ir 28 draustiniai (7 kraštovaizdžio, 1 geo­morfologinis, 7 hidrografiniai, 4 botaniniai­zoologi­niai, 5 telmologiniai, 2 kultūriniai, 1 archeologinis, 1 urbanistinis).

Nacionalinio parko gamtiniuose rezervatuose saugoma: Ažvinčių (Gervėčių) sengirės – etaloninė Rytų Lietuvos sengirė su šiam regionui būdingomis biocenozėmis, retųjų rūšių augalija ir gyvūnija; Balčio – etaloninis termokarstinės kilmės ežero duburys su mokslui vertingu hidro­ ir biocenozės kompleksu, retųjų rūšių augalija ir gyvūnija bei sengirės liekanomis.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Baluošo – Aukštaitijai būdingas ypač raiškaus termokarstinio reljefo ežeringo ir miškingo kraštovaizdžio kompleksas su unikaliu Baluošo ežeru, etnografiškai vertingais paežerių kaimais, retais hidrografiniais ir biotos elementais; Benediktavo – ypač raiškus Aukštaitijoje kalvoto miškingo agrarinio kraštovaizdžio kompleksas, etnografiškai vertingas labai gausiai apželdintas Benediktavo kaimas ir archeologinės vertybės; Kiaunos – natūrali Kiaunos vidurupio hidrogra­finė struktūra su Aukštaitijai būdingais paupiniais Stirninės, Vasiuliškės ir Žvirbliškės kaimais; Kretuono – didelės ekologinės vertės, unikalus Lietuvoje gamtos ir kultūros kompleksas, turintis valstybinės svarbos archeologinių radinių ir etnografiškai vertingą Kretuonų kaimą; Šiliniškių – vienas raiškiausių Lietuvoje ežeringų dubaklonių kompleksų, unikalus tarpežerinis Šiliniškių gūbrys, Ginučių ąžuolynas, kitos gamtinės ir archeologinės vertybės; Tauragno – vaizdingas giliausio Lietuvos ežero – Tauragno – dubaklonis, unikalus sezoniškai išdžiūstančio Tauragnos upelio slėnis, geomorfologiškai vertingas Šeimaties moreninis kompleksas, Aukštaitijos kalvynams būdingos Taurapilio ir Dauno­rių agrarinio kraštovaizdžio struktūros, vienas žinomiausių šalyje Taurapilio archeologinis kompleksas, kitos gamtinės ir kultūros paveldo vertybės; Uteno – Aukštaitijai būdingo didelio ežeringo ir miškingo dubaklonio gamtinis komplek­sas su gausiomis archeologinėmis ir biotos vertybėmis.

Petriškės geomorfologiniame draustinyje saugoma unikali Petriškės erozinė plokščiakalvė.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Asalnų – Asalnų ir Dringykščio ežerai, pietvakarinės Dringio ežero įlankos ir jų apyežeriai, unikalus ir ypač vaizdingas ežerų įlankų bei protakų kompleksas su apyežeryje esančiomis retųjų augalų ir gyvūnų buveinėmis; Būkos – unikali Būkos upės vagos struktūra ir būdingos upinės biocenozės; Juodupės – Juodupės – natūralaus miško upelio ir jo aukštupio žemapelkės kompleksas; Labažės – Labažio ežerėlis, iš jo ištekantis natūralus Labažės upelis ir miškingas šio upelio paslėnys su būdingomis mažiesiems slėniukams bioce­nozėmis; Pliaušės – natūralus Pliaušės upelio ir mažųjų ežerėlių kompleksas su retųjų augalų augavietėmis bei te­tervinų tuokvietėmis; Švoginos – vaizdinga Švoginos upės struktūra, miškingas jos slėnis su natūraliomis pievomis ir retomis augalų rūšimis; Žeimenų – vieno raiškiausių Lietuvoje ežeringų dubaklonių sankirtos struktūra su salomis bei pusiasaliais ir retųjų paukščių žiemojimo vietomis.

Botaniniuose ­zoologiniuose draustiniuose saugoma: Ažvinčių girios – Rytų Aukštaitijai būdingos miško biocenozės su retųjų rūšių augalų ir gyvūnų bei apyrečių rūšių buveinėmis; Minčiagirės – Minčios upelio miškų biocenozės su retųjų rūšių augalų ir retųjų rūšių gyvūnų buveinė­ mis; Knyčio – didžiausia nacionalinio parko aukštapelkė, natūralus Knyčio upelis ir jo apylinkės su retaisiais augalais bei gyvūnais; Žeimenos – vaizdingas Žeimenos slėnis, re­tųjų augalų ir gyvūnų buveinės Žeimenos upėje, užliejamo­se pievose ir paslėnio miškuose.

Telmologiniuose draustiniuose saugoma: Kriogžlio – retųjų rūšių augalais, kurtinių ir kitų retųjų paukščių perėjimo vietomis žinomas Rytų Lietuvai būdingas miškingo tarpežerio pelkynas su užpelkėjančiu Kriogžlio ežeru; Kretuonykščio – vienas didžiausių Rytų Lietuvoje didelės ornitologinės vertės ežeruotas pelkinis Kretuonykščio kom­pleksas su archeologiniais radiniais; Pagilūtės – Pagilūčio pelkynai – sudėtingiausia nacionalinio parko pelkinė ekosistema, išsiskirianti retųjų rūšių augalais ir ypač vertinga ornitologiniu požiūriu; Siūrių – unikalus miškingas pelkinis paežerių ir paupių kompleksas, natūralaus pelkinio upelio etalonas ir ypač raiški Dringio ežero pakrantės struktūra; Vilkaraisčio – vienas didžiausių Rytų Lietuvoje Vilkaraisčio paežerinis pelkinis kompleksas su retųjų augalų ir gyvūnų buveinėmis.

Kultūriniuose draustiniuose saugomi: Salų – Aukštaitijos paežerių kaimo etalonas; Varniškių – Aukštaitijos miškų kaimo etalonas.

Rėkučių archeologiniame draustinyje saugomas vienas di­džiausių Lietuvoje Rėkučių istorinių gynybinių įtvirtinimų ir Rėkučių bei Paversmio pilkapynų archeologinis kompleksas.

Kaltanėnų urbanistiniame draustinyje saugoma istorinę Rytų Lietuvos miestelių raidą atspindinti Kaltanėnų miestelio planinė – erdvinė struktūra su centrine stačiakampės formos aikšte, dvarviete bei architektūrinėmis ir memorialinėmis vertybėmis.

Aukštaitijos nacionaliniame parke yra 16 valstybės saugomų gamtos paveldo objektų. Svarbiausi iš jų gamtos paminklai: Ladakalnis, Baluošo Ilgasalė, Dringio ragas, Ožių ragai, akmenys Mokas ir Mokiukas, Ežerėliai (Mėlynasis ir Žaliasis Laumakėliai), Asalnų pušis, Labakaršio pušis. Nacionaliniame parke yra 150 kultūros paveldo objektų, iš jų 20 kultūros paminklų.