Spindžiaus kraštovaizdžio draustinyje saugomas Strėvos aukštupio dubaklonių, miškų, pelkių ir ežerų kraštovaizdis su Strėvos įgriuvomis, savito hidrologinio režimo Spindžiaus ežeru, Lausgenių velniabale ir raudonžemio išeigomis, Spindžiaus kaimo šaltiniu, Šaltinių kalneliu, Strėvos, Lausgenių ir Drabužninkų (Danosų) pilkapynais, istorine Karališkosios virtuvės vietove, Europos Bendrijos svarbos Ežerų su menturdumblių bendrijomis, Stepinių pievų, Tarpinių pelkių ir liūnų, Nekalkingų šaltinių ir šaltiniuotų pelkių, Žemapelkių su šakotąja ratainyte, Šaltinių su besiformuojančiais tufais, Šarmingų žemapelkių, Vakarų taigos, Žolių turtingų eglynų, Pelkėtų lapuočių miškų, Pelkinių miškų, Aliuvinių miškų buveinėmis, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (plačialapių klumpaičių, vėjalandžių šilagėlių, žvilgančiųjų riestūnių, skiauterėtųjų tritonų, ūdrų, tulžių, raudonųjų garbenių, tamsialapių skliautalūpių, širdinių dviguonių, gelsvųjų gegūnių, prūsinių begalių, kalninių arnikų, siauralapių plaučių, didžiažiedžių juodagalvių, baltnugarių genių, didžiųjų dančiasnapių) populiacijomis ir buveinėmis.