Nemuno deltos regioniniame parke saugomas Nemuno deltos kraštovaizdis. Jis įsteigtas išsaugoti:

• Nemuno deltos protakų (Atmatos, Pakalnės, Skatulės, Skirvytės, Vytinės, Vorusnės ir kitų) sistemą, Rusnės salos, Ventės rago bei Žalgirių kraštovaizdį, senvaginius ežerus – žiogius, lagūninės kilmės Krokų lankos ežerą, Nemuno žemupio užliejamąsias pievas;
• Rusnės miestelio senąją dalį, Minijos kaimą, unikalų Uostadvario švyturį, senosios vandens kėlimo stoties inžinerinį kompleksą ir senuosius polderių inžinerinius įrenginius;
• gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją, svarbias vandens paukščių perėjimo ir poilsio migracijų metu vietas, natūralius žuvų migracijos kelius bei nerštavietes.

Nemuno deltos regioninis parkas yra Didžiosios Nemuno deltos (Rusnė-Gilija) šiaurrytinėje zonoje ir atstovauja Mažosios Lietuvos etnokultūriniam regionui. Ypatingą vietą regioninio parko kraštovaizdžiui turi Rusnės šakos (Nemuno deltos pagrindinės vandentėkmės) ir jos atšakų sistema bei Ventės ragas, pasižymintys dideliu pažintiniu turistiniu potencialu.

Nemuno deltos regioninio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: miškingos pelkėtos avandeltos (priešakinės deltos), intensyviai sukultūrintos dalinai urbanizuotos žiemos polderių deltos, sukultūrintos vasaros polderių deltos, sukultūrintų mažai miškingų lėkštašlaičių deltos paslėnių, sukultūrinto slėnio, miškingų bei sukultūrintų deltos pelkynų, seklaus liekaninio lagūninio ežero, mažai sukultūrintos pelkėtos Litorinos jūros terasinės lygumos, sukultūrinto moreninio kalvagūbrio, pelkėjančios marių įlankos, seklios lagūninės marių akvatorijos ir pamario gyvenviečių.

Nemuno deltos regioninis parkas įtrauktas į Ramsaro konvencijos saugomų teritorijų sąrašus. Per regioninį parką eina Vakarų Palearktikos – Europos – Afrikos paukščių migracijos kelias.

Europos Bendrijos svarbos teritorijos (kodas ir pavadinimas): 1130 upių žiotys, 1150 lagūnos, 2330 nesusivėrusios žemyninės smiltpievės, 3160 natūralūs distrofiniai ežerai, 3270 dumblingos upių pakrantės, 6120 karbonatinių smėlynų smiltpievės, 6450 aliuvinės pievos, 7110 aktyvios aukštapelkės, 7120 degradavusios aukštapelkės, 9080 pelkėti lapuočių miškai, 91D0 pelkiniai miškai, 91E0 pelkiniai miškai. Didžiąją dalį užima aliuvinių pievų ir pelkėtų lapuočių miškų buveinės.

Bendras augalų rūšių skaičius – 680, iš jų 25 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 750. Žinduolių – 49, iš jų 3 saugomos Europos Bendrijos, 13 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 307, iš jų 62 saugomos Europos Bendrijos, 67 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 48, iš jų 9 saugomos Europos Bendrijos, 5 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 16, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 330, iš jų 1 saugoma Europos Bendrijos, 18 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Nemuno deltos regioniniame parke skirti 2 gamtiniai rezervatai ir 25 draustiniai (3 kraštovaizdžio, 4 hidrografiniai, 2 botaniniai, 1 ichtiologinis, 1 ornitologinis, 7 botaniniai-zoologiniai, 4 telmologiniai, 1 etnokultūrinis, 1 architektūrinis, 1 urbanistinis).

Gamtiniuose rezervatuose saugoma: Medžioklės pelkės – Nemuno deltos pelkėto miško kraštovaizdis su saugomų rūšių augalijos bei gyvūnijos (kupstinės kūlingės, minkštojo kimino, siauralapės gegūnės, jūrinio erelio) rūšimis, saugomas Europos Bendrijos svarbos pelkių ir miškų buveinės; Nemuno priešakinės deltos – teritorija ir akvatorija, kurioje vyksta aktyviausi natūralūs deltos formavimosi procesai, unikali deltos augalija bei gyvūnija (vandeninė plaumonė, didysis baublys, nendrinė ir pievinė lingės, jūrinis erelis, švygžda, plovinė vištelė, griežlė, avocetė, gaidukas, stulgys, mažasis kiras, upinė, mažoji, baltaskruostė ir juodoji žuvėdros, didysis apuokas, balinė pelėda) su šiam regionui būdingomis biocenozėmis, Europos Bendrijos svarbos jūros buveinėmis, saugomomis gyvūnų (Baltijos lašiša, kartuolė, paprastasis kirtiklis, salatis, ūdra, vijūnas) rūšimis.

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Pakalnės polderių – vasaros polderių kraštovaizdis su gausiomis Nemuno protakomis, seniausia Lietuvoje vandens kėlimo stotis, Uostadvario švyturys, saugomų paukščių (didžiojo baublio, nendrinės ir pievinės lingių, jūrinio erelio, švygždos, plovinės vištelės, griežlės, avocetės, gaiduko, stulgio, meldinės nendrinukės, paprastosios medšarkės, sodinės startos) perimvietės ir migruojančių paukščių (gulbės giesmininkės, mažosios gulbės, baltakaktės ir pilkosios žąsų, baltaskruostės berniklės, cyplės, smailiauodegės, pilkosios, šaukštasnapės ir kuoduotosios ančių, didžiojo ir mažojo dančiasnapių, jūrinio erelio) poilsio vietos; Ventės – pamario kraštovaizdis, saugomų augalų (pajūrinės narytžolės, dėmėtosios gegūnės) bendrijos, paukščių migracijos kelio aplinka su raiškiu moreniniu reljefu ir kultūros vertybėmis; Žalgirių kaimo – pelkininkų kolonijos kaimas ir jo žemėnaudos ypatumai.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Leitės – Leitės upelio ir jo žiočių struktūra, Ragininkų salos biocenozės, saugomų rūšių (kartuolės, kūdrinio pelėausio, paprastojo kirtiklio, salačio, šarvuotosios skėtės, ūdros, vijūno) buveinės; Leitgirių – savita mažo upelio struktūra su mažiesiems slėniams būdingomis biocenozėmis, saugomų rūšių (kūdrinio pelėausio, paprastojo kirtiklio, šarvuotosios skėtės, vijūno) buveinėmis; Nemuno žiogių – Nemuno deltai būdingas senvagių, įlankėlių ir protakų kompleksas, prievaginės kopos su saugomų rūšių (kampuotojo ir porinio česnakų, kūdrinio pelėausio, paprastojo kirtiklio, salačio, šarvuotosios skėtės, ūdros, vijūno) ir Europos Bendrijos svarbos pievų, žemyninių smėlynų ir gėlųjų vandenų buveinėmis; Tenenio – raiški Tenenio upės struktūra, pelkėtas paslėnis su natūraliomis pievomis, saugomų rūšių augalų (siauralapės ir dėmėtosios gegūnių) ir gyvūnų (Baltijos lašišos, kūdrinio pelėausio, šarvuotosios skėtės, ūdros, vijūno) buveinės.

Botaniniuose draustiniuose saugoma: Galzdonų – Nemuno pavaginės zonos kraštovaizdžio bendrijos su saugomais augalais (pievine poaviže, kampuotuoju ir poriniu česnakais) ir Europos Bendrijos svarbos pievų ir žemyninių smėlynų buveinėmis; Leitgirių – pelkėto miško bendrijos su saugomais augalais (stačiuoju atgiriu, įvairialape usnimi) ir Europos Bendrijos svarbos miškų buveinėmis.

Minijos ichtiologiniame draustinyje saugomas vertingų žuvų migracijos kelias ir nerštavietės, saugomų gyvūnų (Baltijos lašišos, kūdrinio pelėausio, paprastojo kirtiklio, salačio, šarvuotosios skėtės, ūdros) buveinės.

Uostadvario ornitologiniame draustinyje saugomos saugomų paukščių (didžiojo baublio, nendrinės ir pievinės lingių, plovinės vištelės, avocetės) perimvietės ir migruojančių paukščių (gulbės giesmininkės, mažosios gulbės, baltakaktės ir pilkosios žąsų, baltaskruostės berniklės, ausuotojo krago, cyplės, smailiauodegės, pilkosios, šaukštasnapės ir kuoduotosios ančių, didžiojo ir mažojo dančiasnapių, tilvikinių paukščių) poilsio vietos.

Botaniniuose-zoologiniuose draustiniuose saugoma: Berštų – miškinga pelkė su būdingomis augalų rūšimis (kupstine kūlinge, minkštuoju kiminu) ir Europos Bendrijos svarbos miškų buveinėmis; Kniaupo – sekli marių įlanka su vandens paukščių perimvietėmis ir maitinimosi vietomis, žuvų nerštavietėmis, saugomų augalų (vandeninės plaumuonės) augavietėmis, Europos Bendrijos svarbos jūros buveinėmis, saugomų paukščių (mažojo kiro, upinės, juodosios, mažosios ir baltaskruostės žuvėdrų, gulbės giesmininkės, mažosios gulbės, baltakaktės ir pilkosios žąsų, baltaskruostės berniklės, ausuotojo krago, cyplės, smailiauodegės, pilkosios, šaukštasnapės ir kuoduotosios ančių, didžiojo ir mažojo dančiasnapių, tilvikinių paukščių), žuvų (kartuolės, paprastojo kirtiklio, vijūno) ir žinduolių (kūdrinio pelėausio, ūdros) buveinės; Krokų lankos – lagūninės kilmės ežero hidrobiocenozės su saugomų rūšių augalų ir gyvūnų (didžiojo baublio, nendrinės lingės, jūrinio erelio, plovinės vištelės, gulbės giesmininkės, mažosios gulbės, baltakaktės ir pilkosios žąsų, baltaskruostės berniklės, ausuotojo krago, cyplės, smailiauodegės, pilkosios, šaukštasnapės ir kuoduotosios ančių, didžiojo ir mažojo dančiasnapių, tilvikinių paukščių, kartuolės, kūdrinio pelėausio, paprastojo kirtiklio, ūdros, vijūno) buveinėmis; Kūlynų – pelkėto miško biocenozės su saugomų augalų (baltijinės gegūnės) bei gyvūnų (jūrinio erelio) buveinėmis; Minijos senvagės – būdingos Minijos pievų ir paslėnio miškų bendrijos su saugomų gyvūnų (jūrinio erelio, kartuolės, kūdrinio pelėausio, paprastojo kirtiklio, šarvuotosios skėtės, ūdros) buveinėmis ir Europos Bendrijos svarbos miškų ir pievų buveinės; Sausgalvių – saugomų paukščių (griežlės, gaiduko, stulgio, juodosios žuvėdros, meldinės nendrinukės) perimvietės, saugomų gyvūnų (šarvuotosios skėtės, ūdros, vijūno) buveinės; Šyšos – globaliai nykstančių paukščių (meldinės nendrinukės ir stulgio) perimvietės, saugomų gyvūnų (nendrinės lingės, švygždos, griežlės, juodkrūčio bėgiko, gaiduko, gulbės giesmininkės, mažosios gulbės, baltakaktės ir pilkosios žąsų, baltaskruostės berniklės, cyplės, smailiauodegės, pilkosios, šaukštasnapės ir kuoduotosios ančių, didžiojo ir mažojo dančiasnapių, tilvikinių paukščių, kūdrinio pelėausio, šarvuotosios skėtės, vijūno) buveinės ir Europos Bendrijos svarbos natūrali buveinė aliuvinės pievos.

Telmologiniuose draustiniuose saugoma: Aukštumalės – Aukštumalės pelkinė ekosistema su ežerokšnių kompleksais, savitomis biocenozėmis, saugomų rūšių augalijos bei gyvūnijos (šarvuotosios skėtės, jūrinio erelio, balinės pelėdos, minkštojo ir šukelinio kiminų, kupstinės kūlingės, lieknojo švylio, tyrulinės erikos) ir Europos Bendrijos svarbos pelkių, gėlųjų vandenų ir miškų buveinės; Kintų – pelkės gamtinis kompleksas; Medžioklės pelkės – vienas didžiausių regione polderių supamas itin vertingas botaniniu požiūriu miškingas pelkinis kompleksas su Europos Bendrijos svarbos pelkių ir miškų buveinėmis; Rupkalvių – Rupkalvių pelkė su saugomų augalų (kupstynės kūlingės, dėmėtosios gegūnės) bei gyvūnų (jūrinio erelio, didžiojo apuoko, kūdrinio pelėausio, šarvuotosios skėtės) ir Europos Bendrijos svarbos pelkių ir miškų buveinėmis.

Skirvytės kaimo etnokultūriniame draustinyje saugoma Skirvytės kaimo (Rusnės miestelio dalies), vieno etnografiškai vertingiausių ir geriausiai išlikusių Mažosios Lietuvos žvejų kaimų, planinė, erdvinė, tūrinė ir užstatymo struktūra, tradicinė statinių architektūrinė išraiška, kultūros paveldo objektai ir jų aplinka, etninės tradicijos bei tradicinė gyvensena.

Mingės (Minijos) kaimo architektūriniame draustinyje saugoma gatvinio-upinio etnografiškai vertingo žvejų kaimo planinė erdvinė, tūrinė ir užstatymo struktūra, tradicinė statinių architektūrinė išraiška.

Rusnės urbanistiniame draustinyje saugoma Rusnės miestelio istorinės dalies urbanistinė (planinė, erdvinė, tūrinė) struktūra, tradicinis teritorijos ir atskirų sklypų užstatymo tipas, tradicinė statinių architektūrinė išraiška, kultūros paveldo objektai ir jų aplinka.

Nemuno deltos regioniniame parke yra 1 gamtos paveldo objektas – Hermano Zudermano ąžuolas ir 120 kultūros paveldo objektų.