Mergiškių kraštovaizdžio draustinyje saugomas Aukštadvario kalvyno – paskutiniojo (Nemuno) apledėjimo moreninių aukštumų geomorfologinio etalono – kalvotas, daubotas miškingas kraštovaizdis su aukščiausia Dzūkų aukštumos vieta – Gedanonių kalva, Velnio, Antaveršio, Albinavos ir Gelionių duobėmis, Škilietų glaciokarstiniais ežerais, Amerikos lobu, Ustronės riedulynu, Vaitkūnų keimine terasa, Lavariškių ir Pamiškės piliakalniais, Akmenių pilkapynais, mitologiniu Mergiškių akmeniu, Mergiškių senosiomis kapinėmis, Mergiškių dvarvietės želdiniais, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (didžiųjų auksinukų, pleištinių skėčių, raudonpilvių kūmučių, ūdrų, žalsvažiedžių blandžių, žirnialapių vikių, raudonsparnių meškučių, baltajuosčių juodsprindžių, grakščiųjų skėčių, juodųjų gandrų, mažųjų erelių rėksnių, žvirblinių pelėdų) buveinėmis.