• Išsaugoti Žemaičių ežeruoto kalvyno kraštovaizdį su aukštomis Medvėgalio, Aukštagirės, Gaudkalnio, Moteraičio, Sprūdės viršukalnėmis, raiškiais plokščiakalvių kompleksais, Lūksto, Paršežerio, Stervo ežerais ir pelkiniais kompleksais, didelės ornitologinės vertės Biržulio ežerą su apyežeriu;
• puoselėti kultūros paveldo vertybes, iš jų Pabiržulio akmens amžiaus stovyklaviečių kompleksą, piliakalnius, Varnių urbanistinį kompleksą;
• užtikrinti gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, savitą augaliją ir gyvūniją, svarbias vandens paukščių perėjimo ir poilsio migracijų metu vietas.

Varnių regioninis parkas yra takoskyrinėse Minijos, Ventos, Virvytės, Kražantės, Akmenos ir Lokystos aukštupių ekosistemose ir raiškiausiame Žemaičių aukštumoje Medvėgalio–Girgždūtės–Šatrijos moreniniame masyve su aukščiausiu jame Medvėgalio kalnu–piliakalniu ir vienu iš Lietuvos valstybingumo formavimosi centrų – Varniais (buv. Medininkai). Pasižymi savitais kultūros ir gamtos paveldo objektais bei dideliu rekreaciniu ir turistiniu potencialu, ypatinga istorine kultūros paveldo objektų svarba. Kompleksinės išskirtinės kraštovaizdžio vertės požiūriu Varnių regioninis parkas priskiriamas aukščiausiai kategorijai.

Varnių regioninio parko kraštovaizdžio įvairovę sukuria šie svarbiausi kraštovaizdžio tipai: miškingų bei mažai sukultūrintų plačių dubaklonių ežerų, miškingų pelkėtų ežeruotų duburių, miškingų bei sukultūrintų moreninių plokščiakalvių (zvoncų) masyvų, mažai miškingų bei sukultūrintų fliuvioglacialinių keimų ir ozų, miškingų bei mažai sukultūrintų smėlingų kalvynų,sukultūrintų bei mažai sukultūrintų moreninių kalvynų, sukultūrintų bei urbanizuotų moreninių pakilumų,miškingų bei sukultūrintų banguotų fliuvioglacialinių pakilumų, sukultūrintų bei mažai miškingų fliuvioglacialinių protakų ir keiminių terasų, miškingų bei sukultūrintų mažų ežerų, miškingų bei mažai sukultūrintų pelkinių ežerų ir įvairaus pobūdžio kraštovaizdžio užstatos.

Europos Bendrijos svarbos teritorijos (kodas ir pavadinimas): 9160 skroblynai, 6230 rūšių turtingi briedgaurynai, 6210 stepinės pievos, 3150 natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių arba aštrių bendrijomis, 3130 mažai mineralizuoti ežerai su būdmainių augalų bendrijomis, 6410 melvenynai, 7120 degradavusios aukštapelkės, 7160 nekalkingi šaltiniai ir šaltiniuotos pelkės, 7230 šarmingos žemapelkės, 9080 pelkėti lapuočių miškai, 91D0 pelkiniai miškai, 6430 eutrofiniai aukštieji žolynai, 7140 tarpinės pelkės ir liūnai, 6450 aliuvinės pievos, 6510 šienaujamos mezofitų pievos, 7110 aktyvios aukštapelkės.

Bendras augalų rūšių skaičius – 481, iš jų 3 saugomos Europos Bendrijos, 25 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bendras gyvūnų rūšių skaičius – 739. Žinduolių –39, iš jų 4 saugomos Europos Bendrijos, 9 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 178, iš jų 42 saugomos Europos Bendrijos, 46 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 13. Varliagyvių ir roplių – 17, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 492, iš jų 6 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą.

Gamtos ir kultūros paveldo vertybėms išsaugoti Varnių regioniniame parke skirti 1 gamtinis rezervatas ir 33 draustiniai (9 kraštovaizdžio, 9 geomorfologiniai, 4 hidrografiniai, 1 pedologinis, 1 botaninis, 1 botaninis-zoologinis, 5 telmologiniai, 1 archeologinis, 2 urbanistiniai).

Stervo gamtiniame rezervate saugomas Stervo ežeras ir jo pelkėta aplinka, pelkėti Tetervinės miškai su saugomomis augalų rūšimis (raudonąja gegūne, baltijine gegūne, gelsvąja gegūne, žalsvažiede blandimi) ir saugomomis gyvūnų rūšimis (šermuonėliu, didžiuoju baubliu, tetervinu, švygžda, plovine vištele, pilkąja gerve, juodąja žuvėdra).

Kraštovaizdžio draustiniuose saugoma: Bilionių – raiškaus reljefo kraštovaizdis su Bilionių (Švedkalnio) piliakalniu; Biržuvėnų – Virvytės slėnio kraštovaizdis, Biržuvėnų dvaro sodyba; Girgždūtės – gamtinę ir kultūrinę vertę turintis plokščiakalvių kraštovaizdis su būdingomis miško bendrijomis; Medvėgalio – aukščiausiai iškilusio Žemaičių vandenskyrinio kalvyno kraštovaizdis su miškų biocenozėmis, saugomomis augalų rūšimis (žalsvažiede blandimi, raudonąja gegūne, baltijine gegūne) ir saugomomis gyvūnų rūšimis (juoduoju apolonu, machaonu) bei kultūros vertybėmis (Medvėgalio piliakalniu su papiliu ir kūlgrinda); Pavandenės – būdingas stambių pavienių kalvų kraštovaizdis su raiškiomis Moteraičio, Sprūdės ir Knabės kalvomis, piliakalniais, senąja Pavandenės dvarviete, Gludo ežeru, saugoma augalų rūšimi (tuščiaviduriu rūteniu) ir saugomomis gyvūnų rūšimis (juoduoju apolonu, machaonu); Sietuvos – senovinio protakinio ežeruoto Duburio kraštovaizdis su natūraliu Sietuvos upeliu, žemapelkėmis, saugomomis augalų rūšimis (sibiriniu vilkdalgiu, žalsvažiede blandimi, vyriškąja gegužraibe, aukštąja gegūne, vienalapiu gedučiu, dvilapiu purvuoliu) ir saugomomis gyvūnų rūšimis (jūriniu ereliu, juoduoju apolonu) bei kultūros vertybėmis (Burbiškių piliakalniais, Sietuvos ir Dargių kūlgrindomis); Šatrijos – moreninių masyvų kraštovaizdis su Pašatrijos piliakalniu; Vembūtų – raiškus moreninio masyvo ir ežero pakrančių kraštovaizdis su Vembūtų piliakalniu; Žąsūgalos – raiškus moreninio masyvo ir erozinio slėnio kraštovaizdis su Sėbų piliakalniu ir Žąsūgalos kalno šlaitu, erozinėmis formomis, miško ir pievų bendrijomis bei Pušinės miško paprastosios eglės populiacijos genetinė įvairovė.

Geomorfologiniuose draustiniuose saugoma: Apvaršuvos – būdingas moreninis smulkių kalvų masyvas; Aukštagirės – pavienių kalvų ir pelkėtų įlomių reljefas; Bėkšvės – raiškus, keiminių kalvų grandimis pasižymintis reljefas; Drujos – stambiausia Varnių regioniniame parke Drujos plokščiakalvė, Gūšros duburys; Jaušaičių – Lūksto duburį uždaranti ir jo panoramą formuojanti moreninių darinių ruožo ketera; Kietkalnio – raiškus Žemaičių vandenskyrinės keteros reljefas su Kietkalnio ir Stromo viršukalvėmis; Medvalakio – Žemaičių vandenskyrai būdingas ozo požymius turintis gūbrys; Spingės – moreninių plokščiakalvių grupė su raiškia Spingės viršukalve; Žiograkalnio – unikali sališka Žiograkalnio plokščiakalvė.

Hidrografiniuose draustiniuose saugoma: Lūksto – Lūksto ežeras su plačiais lėkštais atabradais; Minijos ištakų – Minijos ištakos su Didovo, Kliokio, Pluotinalio ir Saloto ežerais bei protakomis; Ventos ištakų – Ventos ištakos su Venių ir Medainio ežerais; Virvyčios – raiški hidrografinė Virvytės aukštupio vagos struktūra.

Pagirgždūčio pedologiniame draustinyje saugomas Žemaičių aukštumos vandenskyrinio kalvyno pedologinio rajono velėninių jaurinių priemolio dirvožemių natūralus etalonas.

Dubulio botaniniame draustinyje saugomos būdingos šlapių pievų ir miško bendrijos su saugoma augalų rūšimi – žalsvažiede blandimi.

Biržulio botaniniame-zoologiniame draustinyje saugomas ekologiniu požiūriu unikalus, ypač svarbus vandens ir pelkių paukščiams (didžiajam baubliui, gulbei giesmininkei, pievinei lingei, švygždai, plovinei vištelei, pilkajai gervei, juodajai žuvėdrai) perėti ir apsistoti migracijų metu gamtinis kompleksas su retų ir nykstančių augalų (liekninio beržo, sibirinio vilkdalgio, vyriškosios gegužraibės, raudonosios gegūnės) bei gyvūnų (šermuonėlio, juodojo apolono) buveinėmis.

Telmologiniuose draustiniuose saugoma: Ankantų – savitas pelkėtų miškų kompleksas; Baltežerio – pelkėtas duburinis kompleksas; Debesnų – paežerinė pelkė su saugomomis augalų rūšimis (liekniniu beržu, paprastąja tukle, sibiriniu vilkdalgiu, žalsvažiede blandimi, vyriškąja gegužraibe, raudonąja gegūne, baltijine gegūne, dėmėtąja gegūne, gelsvąja gegūne, siauralape gegūne, pelkine laksva, dvilapiu purvuoliu, žvilgančiąja riestūne) ir gyvūnų (didžiojo baublio, pievinės lingės, švygždos, pilkosios gervės, auksuotosios šaškytės) buveinėmis bei kultūros vertybėmis; Kauklių – pelkinių miškų kompleksas; Sydeklio – būdingas pelkinis duburys su užpelkėjančiu ežeru, saugomomis augalų rūšimis (paprastąja tukle, baltijine gegūne, dėmėtąja gegūne, dvilapiu purvuoliu) bei saugomomis gyvūnų rūšimis (tetervinu, pilkąja gerve).

Pabiržulio archeologiniame draustinyje saugomos akmens amžiaus stovyklavietės.

Urbanistiniuose draustiniuose saugoma: Luokės – Luokės miestelio planinė ir erdvinė struktūra su kultūros vertybėmis (Senojo miesto vieta); Varnių – Varnių (buv. Medininkų) miesto planinė erdvinė struktūra, kultūros vertybės (Varnių senojo miesto vieta, Varnių šv. Apaštalų Petro ir Pauliaus bažnyčios statinių kompleksas).

Varnių regioniniame parke yra 5 valstybės saugomi gamtos paveldo objektai, iš jų 2 gamtos paminklai. Svarbiausi: Didysis akmuo, Vokštelio aklaežeris, Skliausčių ąžuolas. Regioniniame parke yra 95 kultūros paveldo objektai.