Pirmoji medinė parapijos bažnyčia Nemajūnuose iškilo 1786 m. Jai suirus, buvo pradėta statyti mūrinė, tačiau carinė valdžia statybas nutraukė. Dabartinė medinė bažnyčia baigta statyti 1878 m. pagal T. Tišeckio projektą. Carinės Rusijos valdžiai nepatiko kunigo A. Nonevičiaus iniciatyva nepaisant draudimų, savavališkai inicijuoti bažnyčios statybą, tad už tai buvo netgi skirta 150 rublių bauda. Tai viena iš nedaugelio Lietuvos medinių bažnyčių, turinti neogotikos bruožų. Jos statytojai bandė imituoti gotikinės Vilniaus Šv. Onos bažnyčios formas. Neogotikines formas taip pat papildo neobaroko ir klasicizmo elementai. Bažnyčia simetriška, stačiakampio plano, su vienoje presbiterijos pusėje esančia koplyčia, kitoje – zakristija. Pastatas su dviem aštuonkampio pagrindo bokštais pagrindiniame fasade, kupolu virš presbiterijos, keturbriauniu centriniu bokšteliu ir pinakliais, gausiai puoštas kitais eksterjero dekoro elementais: ornamentuotais kryžiais ant bokštų ir smailių, mediniais dekoratyviais apdailos elementais, smulkiu langų ir švieslangių skaidymu. Fasaduose didingumo įspūdį sudaro medžio apdaila, imituojanti masverkus, pinaklius, rozetes ir kitus gotikinei mūrinei architektūrai būdingus puošybos elementus. Galiniame fasade įkomponuota nukryžiuotojo skulptūra. Vidinė bažnyčios erdvė yra suskaidyta į tris navas eilėmis suporintų kolonų su itin puošniais korintiniais orderiais. Bažnyčioje yra išlikę neogotikiniai altoriai, vertingi K. Rafalavičiaus ir N. Silvanavičiaus tapybos kūriniai, autentiška sakykla, klausyklos, sietynai, amžinos ugnies lempa. Bažnyčios viduje galima pamatyti unikalų, legendomis apipintą autentišką XIX a. jaunamarčių juostų kilimą, kuris laikomas unikaliu kultūros paveldu. Anksčiau būta tradicijos prieš vestuves jaunamartėms nuausti juostą, kuri būtų padovanojama bažnyčiai. Iš 64 tokių juostų vėliau ir buvo surištas kilimas.

^{Šaltinis: © https://sakralilietuva.lt/lankytinos-vietos/nemajunu-baznycia/}