Der Nationalpark Zemaitija wurde gegründet, zum Schutz von:

• dem größten natürlichen Komplex aus Wald und See in Zemaitija mit den für die Wissenschaft bedeutsamen Moorkomplexen Plokstine und Rukundziai, dem See Plateliai, den hydrographischen System Laumalenka und Siline, beispielhaften Landschaftselementen der Moräne (Mikytai und Puckoriai) und Kames (Sarnele, Jazdauskiskiai, Grigaiciai), dem Esker Gardai, den Limnokames Medsedziai und Liepija, den Tälern von Babrungas und Mergupis, den Mooren Paburge, Siberija, Pakastuva, Uzpelkiai, Ertenis und Paparciai, den Wäldern Paplatele, Seire und Pailgis, den Feuchtwiesen von Juodupis, seltenen Tieren und Pflanzen und weiteren natürlichen Komplexen und Objekten;
• dem besonders wertvollen archäologischen Komplex in Nord-Zemaitija mit den Burghügeln Mikytai, Sarnele, Puckoriai, Gegrenai, Pagardenis und weiteren Burg- und Kulthügeln, der alten Siedlung Sventorkalnis mit Burgresten, dem urbanistischen Komplex von Zemaiciu Kalvarija (Gardai) mitsamt dem Ensemble sakraler Architektur, den ethnokulturell bedeutsamen Dörfern Berzoras, Stirbaiciai und Visvainiai und weiterem Kulturerbe;
• Stabilität, Erhalt und Vielfalt der Ökosysteme und Komponenten der Biosphäre an der Wasserscheide in Nordwest-Zemaitija.

Nahezu das ganze Leben im Nationalpark Zemaitija dreht sich um den See Plateliai. Das ist der tiefste und wohl auch der schönste See in Zemaitija, mit Inseln, Halbinseln, Buchten, die von bewaldeten Hügelketten eingerahmt sind. Hier lebt die als Relikt angesehene Fischart Lavaret. Im Nationalpark wachsen dichte, schattige Fichtenwälder, natürliche alte Misch- und Nadelwälder. Die Vielzahl von Burg- und Opferhügeln und Kultstätten erinnert an vergangene Zeiten. Entlang der Straßen, an Feldrändern gibt es zahlreiche Kapellen und Säulenkapellen gemäß der alten Tradition. Auch die noch lebendigen Fastnachtsbräuche haben lange Traditionen.

Das Relief ist hügelig, mit Höhenzügen, gekennzeichnet durch tiefe Täler der Seen, von denen Plateliai der größte und tiefste in Zemaitija ist, mit einem Mosaik aus Inseln, Halbinseln und Untiefen. Sowohl Plateliai als auch die meisten anderen Seen sind von Wald und Mooren umgeben.

Viele Objekte des Naturerbes im Nationalpark sind sagenumwoben: die sieben Inseln im See Plateliai, die Halbinseln Kreiviskiai und Auksale, die geheimnisvollen Inseln der Seen Berzoras und Ilgis.

Im Nationalpark wachsen dichte, schattige Fichtenwälder, als Westliche Taiga klassifizierte natürliche alte Misch- und Nadelwälder. Solche stehen in der ganzen EU unter Schutz. Die Moore sind voll mit verschiedenen angepassten Arten. Die Hexen-Esche ist die dickste Esche in Litauen. Im Nationalpark brüten EU-weit geschützte Vögel (Haselhuhn, Wachtelkönig und Singschwan). Manche hier wachsende Pflanzenart gilt als eiszeitliches Relikt. Im See Plateliai lebt die als Relikt angesehene Fischart Lavaret.

Das Kulturerbe des Nationalparks besteht aus Burghügeln, Kultstätten, Gräberfeldern, Siedlungsresten. Von Interesse sind die Burghügel Uzpelkiai, Gegrenai, Puckoriai, Jazdauskiskiai, Grigaiciai, St. Johannes (Zemaiciu Kalvarija), Sarnele und Mikytai, die Kulthügel Visvainiai, Mikytai, Gilaiciai, Paparciai, die Reste alter Siedlungen in Gegrenai und Sarnele. Durch architektonische Eigenständigkeit zeichnen sich die Kirche von Zemaiciu Kalvarija und die Mühle Babrungenas aus.

Der Nationalpark wird geprägt durch die komplexe Landschaft mit charakteristischen und zahlreichen Objekten des Natur- und Kulturerbes und zeichnet sich durch ein großes Potential für Erholung und Bildungstourismus aus. Repräsentiert werden hier das Hügelland des niederlitauischen Rückens, Moorkomplexe, Orte am größten See von Zemaitija, die von historischer und urbanistischer Bedeutung sind: Plateliai, Berzoras und Gardas (Zemaiciu Kalvarija). Nach der Bewertung der Komplexität der Landschaften gehört der Nationalpark Zemaitija zur höchsten Kategorie.

Die landschaftliche Vielfalt des Nationalparks Zemaitija ergibt sich aus diesen hauptsächlichen Landschaftstypen: große Senken mit Seen, Terrassen und Wald, bewaldete Hügel mit Kames, bewaldete Kames-Terrassen, Hügel und Höhenzüge der Moräne mit Wald oder landwirtschaftlichen Flächen, bewaldete Moräne mit Drumlins, Komplexe aus Übergangs-, Hochmooren und Wald, bewaldete Erosionstäler und Hänge, Senken mit verlandenden Seen, naturnahe und kanalisierte Flüsse, ethnokulturelle Bebauung, normale Bebauung und ehemaliges Militärgelände.

Von der Europäischen Union geschützte Lebensraumtypen: 3140 Gewässer mit benthischer Vegetation aus Armleuchteralgen, 3150 Natürliche eutrophe Seen, 3160 Dystrophe Seen und Teiche, 6230 Artenreiche Borstgrasrasen, 6410 Pfeifengraswiesen, 6450 Auenwiesen, 7110 Lebende Hochmoore, 7140 Übergangs- und Schwingrasenmoore, 7210 Kalkreiche Niedermoore mit Binsenschneide, 7230 Kalkflachmoore, 9010 Westliche Taiga, 9020 Hemiboreale Laubwälder, 9050 Krautreiche Fichtenwälder, 9080 Laubholz-Bruchwälder, 91D0 Moorwälder, 91E0 Weichholzaue mit Schwarzerle.

Die Gesamtzahl der Pflanzenarten liegt bei 1031, davon sind 4 von der EU geschützt und 51 in der Roten Liste von Litauen. Die Gesamtzahl der Tierarten beträgt etwa 2500. 50 Säugetiere, von denen 15 von der EU geschützt sind und 8 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 208 Vögel, von denen 52 von der EU geschützt sind und 58 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 34 Fische, von denen 5 von der EU geschützt sind und 2 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 15 Amphibien und Reptilien, von denen 7 von der EU geschützt sind und 3 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 2130 Wirbellose, von denen 7 von der EU geschützt sind und 24 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden.

Zur Bewahrung der natürlichen und kulturellen Schätze des Nationalparks Zemaitija wurden 2 Totalreservate und 27 Schutzgebiete (12 Landschaftsschutzgebiete, 3 geomorphologische, 1 hydrographisches, 1 botanisches, 1 botanisch-zoologisches, 5 telmologische, 1 archäologisches, 1 ethnokulturelles und 2 urbane) ausgewiesen.

In den Totalreservaten im Nationalpark steht unter Schutz: Plokstine – in der Thermokarstsenke Ploksciai entstandener Komplex aus Wald und Mooren mit den naturbelassenen Flüsschen Juodupis und Uosna, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, Mooren und Wäldern mit den typischen Tier-, Pflanzen- und Pilzarten und für Luchs und Haselhuhn geeigneten Biotopen; Rukundziai – Komplex aus Wäldern und Mooren in Senken mit natürlicher hydrographischer Struktur, FFH-Lebensraumtypen in Mooren und Wäldern mit den typischen Tier-, Pflanzen- und Pilzarten und für Große Moosjungfer, Großen Feuerfalter, Luchs und Haselhuhn geeigneten Biotopen.

In den Landschaftsschutzgebieten steht unter Schutz: Berzoras – besonders ausgeprägtes Dorf Berzoras mit vielen erhaltenen traditionellen Elementen, der räumlichen Struktur und architektonischen Schätzen, Landschaft des Sees Berzoras mit Umgebung, den Inseln im See und offenen Uferbereichen, FFH-Lebensraumtypen in Wald und Mooren, Biotope von Sumpf-Glanzkraut, Wachtelkönig und anderen geschützten Arten; Grigaiciai – für Zemaitija typische Mischlandschaft aus Wald und landwirtschaftlichen Flächen mit dem Gräberfeld Siurbliai und Biotopen, die für Wachtelkönig, Singschwan und weitere geschützte Arten geeignet sind; Jazdauskiskiai – für Zemaitija typische Mischlandschaft aus Wald und landwirtschaftlichen Flächen, mit der traditionellen Flurgestaltung und Bebauung, den Burghügeln Zerniai und Jazdauskiskiai, den alten Gräbern und Gräberfeldern Jazdauskiskiai, FFH-Lebensraumtypen in Gewässern mit den charakteristischen Pflanzen und Tieren; Laumalenka – einzigartiger Komplex von Halbinseln, Inseln, Buchten, Durchflüssen, Seen, Wäldern und Mooren mit FFH-Lebensraumtypen in Gewässern, Mooren und Wäldern und der charakteristischen Flora und Fauna, Brutplätzen geschützter Vögel; Mikytai – für Zemaitija typische Mosaiklandschaft im hügeligen Relief mit Wäldern, Feldern, Wiesen, Feuchtgebieten zwischen den Hügeln und verstreuten Aussiedlerhöfen, dem Burghügel Mikytai, den Kulthügeln Mikytai und Gudaliai, dem Gräberfeld Maciukiai und dem mythologischen Laume-Stein, FFH-Lebensraumtypen in Mooren mit der typischen Flora und Fauna; Paburge – charakteristische Landschaft mit bewaldeten Senken, teils mit Seen und Mooren mit FFH-Lebensraumtypen in Gewässern, Wiesen, Mooren und Wäldern und geschützten Tier- und Pflanzenarten; Plateliai – der größte und tiefste See in Zemaitija, der See Plateliai, mit Umgebung, wertvollen Uferstreifen, Inseln und der Halbinsel Kumelkakte, dem archäologischen Komplex Sventorkalnis, den Siedlungsspuren auf der Insel Azuolai, Objekten unter Wasser, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, Mooren und Wäldern mit geschützten Arten (Firnisglänzendes Sichelmoos, Sumpf-Glanzkraut, Haselhuhn und Fischotter usw.); Puckoriai – Landschaft mit verschiedenen Reliefformen der Moräne bei Puckoriai mit einem sehr ausgeprägten Mosaik aus Hügeln, Waldstücken, Senken und kleinen Feuchtgebieten, den Burghügeln Puckoriai II und III, einem alten Hügelgrab und dem Kultberg Visvainiaių, FFH-Lebensraumtypen in Mooren und geschützten Vogel- und Insektenarten; Babrungas – Landschaft der Flusstäler von Babrungas und Uosna mit naturbelassenen Abschnitten, den typischen traditionellen Höfen am Ufer im Dorf Babrungenai, dem Burghügel Grigaiciai, der Wassermühle Babrungenai und Hügelgrab, Arten aus den Anhängen der FFH-Richtlinie, wie Großer Feuerfalter, Bachmuschel, Wachtelkönig, Fischotter usw.;Liepijai – Beispiel einer Landschaft mit den für den niederlitauischen Rücken abgeflachten, bewaldeten Hügeln limnoglazialer Herkunft und den Pflanzengesellschaften des Mischwalds Liepijai, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, Wäldern und Mooren und geschützten Tierarten; Stirbaiciai – die Landschaft des Dorfes Stirbaiciai mit vielen traditionellen Elementen in Bebauung, Architektur, Flurplanung, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, Wäldern und Mooren mit geschützten Pflanzen und Tieren; Sarnele – charakteristische Landschaft bei Sarnele mit Kame-Strukturen, dem Burghügel Sarnele, Resten alter Siedlungen, dem Geburtshof des Dichters Vytautas Macernis und dessen Grab, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, geschützten Insekten und Vogelarten;

In den geomorphologischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Gardai – der nicht zerstörte Teil des Eskers von Gardai mit geschützten Pflanzen und Tieren und deren Biotopen; Margupis – das besonders ausgeprägte Tal des Margupis und seiner Nebenflüsse mit den typischen Biozönosen der Hanglagen mit geschützten Arten und Biotopen; Medsedziai – Beispiel für einen der typischen abgeflachten Hügel im Bassin des Sees Plateliai, Limnokame von Medsedziai mit den Habitaten von geschützten Insekten.

Im hydrographischen NSG Siline steht ein beispielhafter naturbelassener Fluss unter Schutz, Siline, mit seinen hydrographischen Eigenschaften, dem bewaldeten Tal und den Abhängen mit naturnahen Wiesen und Quellen, mit geschützten Arten und FFH-Lebensraumtypen in Gewässern und Wäldern.

Im botanischen NSG Juodupis steht das aus biologischer Sicht sehr wertvolle Tal des Flüsschens Juodupis unter Schutz, zudem die Ökosysteme der Moore Prieupe und Briedine mit FFH-Lebensraumtypen in Mooren und Wäldern und dem dafür typischen Artenspektrum.

Im botanisch-zoologischen NSG Ilgis steht der sich durch seine Naturbelassenheit und Artenvielfalt auszeichnende See Ilgis unter Schutz, zusammen mit den angrenzenden Mooren und Wäldern, mit FFH-Lebensraumtypen in Gewässern, Mooren und Wäldern und den für diese typischen Tier-, Pflanzen- und Pilzarten, darunter geschützte Arten.

In den telmologischen NSG steht unter Schutz: Ertenis – Moorkomplex mit dem einst durchflossenen See Ertenis und der entsprechenden Biozönose mit FFH-Lebensraumtypen in Mooren und Wiesen und geschützten Arten; Pakastuva – Ökosystem des Moores Pakastuva mit geschützten Arten, darunter Insektenarten, FFH-Lebensraumtypen in Gewässern und Wäldern, Brutplätzen geschützter Vögel; Paparciai – Ökosystem und Artenspektrum des Moorkomplexes Paparciai mit geschützten Arten und FFH-Lebensraumtypen in Mooren; Siberija – an den See angrenzender Moorkomplex von Siberija mit FFH-Lebensraumtypen in Mooren, Wäldern und Wiesen und geschützten Arten; Uzpelkiai – typischer Moorkomplex auf einer Wasserscheide mit FFH-Lebensraumtypen in Mooren und geschützten Arten. Im Kulturschutzgebiet Bukante steht der im Zusammenhang mit der Klassikerin der litauischen Literatur Zemaite in Verbindung stehende Hof (als Museum und Gedenkstätte gepflegt) unter Schutz.

Im archäologischen Schutzgebiet Gegrenai steht ein archäologischer Komplex der Kuren aus dem 1. bis Anfang 2. Jahrtausend unter Schutz, bestehend aus den Burghügeln Gegrenai I und II, den Gräberfeldern Gegrenai I und II und den Siedlungsspuren von Gegrenai.

Im ethnokulturellen Schutzgebiet Godeliai steht die traditionelle Kulturlandschaft des Dorfes Godeliai unter Schutz, mit seiner urbanen Struktur, den traditionellen architektonischen Elementen und der Gestaltung der Höfe und Bepflanzungen, die Traditionen und Bräuche der niederlitauischen Kultur, der Kulthügel „Hexenberg“, Quellen, die als sakral angesehen werden, der Ort des Hofes des Volkskünstlers und Orte, an denen Partisanen und Unterstützer von Partisanen umgekommen sind.

In den urbanistischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Zemaiciu Kalvarija – das Städtchen Zemaiciu Kalvarija, katholisches Pilgerzentrum Westlitauens, mit seiner radialen Straßenanordnung, Planung und räumlicher Anordnung mit der dominierenden Jungfrau-Maria-Erscheinung-Kirche und den Kreuzwegstationen, welche die Stadtentwicklung geprägt haben, mit weiteren archäologischen, historischen und Gedenkstätten; Plateliai – Kleinstadt Plateliai mit vom zentralen Platz aus radial verlaufenden Netz von Straßen und der räumlichen Anordnung und Architektur mit erhaltener ein- und zweistöckiger Bebauung, dem Ensemble der Peter-und-Paul-Kirche zu Plateliai und dem Ensemble des Gutshofes.

Im Nationalpark Zemaitija gibt es 24 Objekte des Naturerbes, davon 10 Naturdenkmäler. Die wichtigsten davon sind: Die Inseln in den Seen Plateliai, Berzoras und Ilgis, die Halbinseln Kreiviskes und Auksale, die Hexen-Esche, die Eiche von Stirbaiciai und die Quellen Pilelis und die Bücherschmuggler-Quelle. Im Nationalpark befinden sich über 100 Objekte des Kulturerbes.