Merkio kraštovaizdžio draustinyje saugomas vienas gražiausių Lietuvoje itin vertingas Merkio ir Skroblaus žemupių slėnių kraštovaizdis su būdingais šilinių dzūkų kaimais, akmens ir ankstyvųjų metalų laikotarpio stovyklavietėmis, Europos Bendrijos svarbos upių, pievų, miškų buveinėmis, saugomų gyvūnų ir augalų rūšių (lėlio, lygutės, tulžio, ūdros, mažosios nėgės, didžiojo auksinuko, pleištinės skėtės) populiacijos, pietinio ir raudonžiedžio marguolių, stepinio ir žalsvojo melsvių, juodosios hesperijos, kampuotojo česnako, kt. buveinės.