Kapiniškių kraštovaizdžio draustinyje saugomos unikalaus Lietuvoje Skroblaus upelio ištakos, vienkieminio slėninio Kapiniškių kaimo žemėnaudos struktūra, etnografinis Margionių kaimas, Margionių akmens amžiaus titnago kasyklų vieta, Europos Bendrijos svarbos upių, pievų, pelkių miškų buveinės, saugomų augalų ir gyvūnų rūšių (ūdros, mažosios nėgės, kūjagalvio, didžiojo auksinuko, pelkinės uolaskėlės, dvilapio purvuolio, žvilgančiosios riestūnės, plikažiedžio linlapio) populiacijos, gervės, keturdantės suktenės, taškuotojo melsvio, gauruotosios skolijos, smulkiažiedės bei šalmuotosios gegužraibių buveinės.