Gaujos kraštovaizdžio draustinyje saugomas upės slėnio kraštovaizdis su gatviniais Gudelių, Pagaujėnų, Girdžiūnų kaimais, natūralia upės vaga ir senvagėmis, natūraliomis paupio pievomis, saugomų rūšių (didžiojo ir šiaurinio auksinukų, auksuotosios šaškytės, rudakio satyriuko, ovaliosios geldutės, žvilgančiosios riestūnės, kalninės arnikos, daugiaskilčio varpenio, plačialapės gegūnės, patvankinio pataisuko) ir Europos Bendrijos svarbos žemyninių smėlynų, vandenų, pievų, pelkių, viržynų ir krūmynų buveinėmis.