Der Regionalpark Pagramantis dient dem Schutz der Landschaft der Täler von Akmena und Jura und angrenzender Wälder. Unter Schutz stehen dadurch:

• die besonders wertvolle Landschaft und Natur des Mittellaufs der Jura und des Unterlaufs der Akmena, das Moor Plynoji;;
• Objekte des Kulturerbes: die Burghügel Dapkiskiai, Matiskiai, Kreiviai, Indija, Birzu laukas, Vaiciai, Rekstukai, Kuturiai und Pagramantis nebst weiteren Befestigungen entlang von Jura und Akmena aus der Zeit der Kreuzritter, die Gräberfelder Balskai und Lylavenai, der Findling von Tamosaiciai, alte Siedlungen, Gutshöfe und Friedhöfe, der urbane Komplex des Städtchens Pagramantis;;
• die Stabilität von Ökosystemen und Elementen der Biotope, spezielle Pflanzen und Tiere, die natürlichen Migrationswege und Laichplätze von Fischen.;

Bewaldete Landschaft der Täler von Jura und Akmene. Eine Besonderheit des Tals sind die zahlreichen Stromschnellen und Hängebrücken. Zudem gibt es viele Steilhänge und Aufschlüsse. In den Täler grünen naturnahe Wiesen. Entlang der Täler sind Burghügel, Hügelgräber und andere alte Gräber anzutreffen. Das Hochmoor Plynoji hat viele moortypische seltene Pflanzen. Findlinge und Eichen werden hier Riesen genannt. Aus architektonischer Sicht ist die Holzkirche zu Pagramantis bemerkenswert.

Für den Regionalpark ist die Struktur der durch Erosion und hydrologische Prozesse geformten mittelgroßen Flusstäler mit angrenzenden Bruch- und Moorwäldern charakteristisch. Die steilen Prallhänge in den Schleifen von Jura und Akmena werden noch durch die dort angelegten Befestigungen betont. Das ist einer der Regionalparks mit einer sehr ausgeprägten landschaftlichen Struktur.

Die landschaftliche Vielfalt des Regionalparks Pagramantis ergibt sich aus diesen hauptsächlichen Landschaftstypen: steiles Tal mit Flussmäandern und Terrassen, mäßig oder komplett bewirtschaftet, bewaldete oder wenig bewirtschaftete Kerbtäler, Stauseen, bewaldete und bewirtschaftete Ebene mit Lehmböden, Komplexe aus Moor und Wald, bewaldete fluvioglaziale Ebenen und Terrassen, bewirtschaftete Ebenen der Grundmoräne und limnoglazialen Ursprungs mit Lehm- und Tonböden, diverse Bebauung.

Von der Europäischen Union geschützte Lebensraumtypen (Bezeichnung und EU-Code): 6210 Kalktrockenrasen, 6270 Artenreiche, mesophile Weiden, 6430 Feuchte Hochstaudenfluren, 6450 Auwiesen, 6510 Magere Flachland-Mähwiesen, 7110 Lebende Hochmoore, 7220 Kalktuffquellen, 8220 Silikatfelsen-Aufschlüsse, 9010 Westliche Taiga, 9020 Hemiboreale Laubwälder, 9050 Krautreiche Fichtenwälder, 9080 Laubholz-Bruchwälder, 9160 Hainbuchenwälder, 9180 Schlucht- und Hangmischwälder, 91D0 Moorwälder, 91E0 Auwälder mit Schwarzerle.

Die Gesamtzahl der Pflanzenarten liegt bei 806, davon wurden 21 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen. Die Gesamtzahl der Tierarten beträgt 825. 30 Säugetiere, von denen 4 von der EU geschützt sind und 4 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 128 Vögel, von denen 17 von der EU geschützt sind und 24 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 11 Amphibien und Reptilien, von denen 1 von der EU geschützt ist und 1 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurde. 625 Wirbellose, von denen 28 von der EU geschützt sind und 43 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden.

Zum Schutz von Natur- und Kulturschätzen wurden im Regionalpark Pagramantis 6 Schutzgebiete ausgewiesen (3 Landschaftsschutzgebiete, 1 hydrographisches, 1 telmologisches, 1 genetisches).

In den Landschaftsschutzgebieten steht unter Schutz: Akmena – Landschaft des Tals der Akmena mit naturnahen Wiesen in der Aue und bewaldeten Hängen, Teil der Kleinstadt Pagramantis mit dem Ensemble der Maria-Unbefleckte-Empfängnis-Kirche, den Burghügeln Pagramantis, Indija, Vaiciai, Birzu Laukas, Naujininkai, Kuturiai und weiteren, der großen Stromschnelle der Akmena, Aufschlüssen, FFH-Lebensraumtypen auf Wiesen (Kalktrockenrasen, Artenreiche mesophile Weiden, Magere Flachland-Mähwiesen, Artenreiche Borstgrasrasen, Feuchte Hochstaudenfluren, Auwiesen) in Mooren (Übergangs- und Schwingrasenmoore, Mineralreiche Quellen und Niedermoorquellen), Wäldern (Krautreiche Fichtenwälder, Schlucht- und Hangmischwälder, Westliche Taiga, Hemiboreale Laubwälder, Hainbuchenwälder, Auwälder), Felsen und Aufschlüssen (Silikatfelsen), sowie Lebensräumen seltener Arten (Kleines, Geflecktes und Männliches Knabenkraut, Lockerblütiges Rispengras, Eisvogel, Gänsesäger, Grünspecht, Fischotter, Maivogel, Wiesenknopf-Ameisenbläuling, Großer Feuerfalter, Schwalbenschwanz, Schwarzer Apollo, Forelle, Lachs, Zährte und Bachmuschel); Jura – Landschaft des Tals der Jura mit vielen seitlichen Kerbtälern und ausgeprägten Terrassen, Stufen, steilen Hängen, Aufschlüssen, FFH-Lebensraumtypen auf Wiesen (Kalktrockenrasen, Artenreiche mesophile Weiden, Magere Flachland-Mähwiesen, Feuchte Hochstaudenfluren, Dünen mit offenen Grasflächen, Auwiesen), in Wäldern (Krautreiche Fichtenwälder, Schlucht- und Hangmischwälder, Hemiboreale Laubwälder, Hainbuchenwälder, Auwälder) und Aufschlüsse und Felsen (Silikatfelsen) sowie Lebensräume seltener Arten (Filz-Glockenblume, Männliches Knabenkraut, Fischotter, Forelle, Lachs und Zährte); Tyrelis – bewaldete Landschaft mit den typischen Waldgesellschaften (alte Fichtenwälder, Birkenbestände und Schwarzerlenbrüche) mit einer großen Konzentration von Kiefernwäldern aller Altersklassen, FFH-Lebensraumtypen auf Wiesen (Artenreiche mesophile Weiden, Magere Flachland-Mähwiesen) und Wäldern (Westliche Taiga, Krautreiche Fichtenwälder, Schlucht- und Hangmischwälder, Hainbuchenwälder, Auwälder) und Lebensräumen seltener Arten (Weißrückenspecht, Wespenbussard, Schwalbenschwanz, Schwarzer Apollo).

Im hydrographischen NSG Lylava steht das naturbelassene Flüsschen Lylava mit dem einzigen älteren Hainbuchenwald im Regionalpark und Beständen von Straußenfarn unter Schutz, mit FFH-Lebensraumtypen (Westliche Taiga, Krautreiche Fichtenwälder, Schlucht- und Hangmischwälder, Hainbuchenwälder, Auwälder) und Lebensräumen von Wiesen-Siegwurz, Fischotter und Flussneunauge.

Im telmologischen NSG steht das Hochmoor Plynoji mit Hochmoorweite, Moorkolken und den umgebenden Wäldern unter Schutz, einschließlich FFH-Lebensraumtypen (Westliche Taiga, Krautreiche Fichtenwälder, Hemiboreale Laubwälder, Hainbuchenwälder, Laubholz-Bruchwälder, Moorwälder, Übergangs- und Schwingrasenmoore, lebende Hochmoore) und Lebensräume seltener Arten (Wiesenknopf-Ameisenbläuling, Großer Feuerfalter, Fischotter, Goldregenpfeifer, Kranich, Schreiadler, Wespenbussard, Weißrückenspecht).

Im genetischen Schutzgebiet für Birken im Pagramantis-Wald steht ein Bestand der Sandbirke mit großer genetischer Vielfalt unter Schutz.

Im Regionalpark Pagramantis gibt es 5 staatlich geschützte Objekte des Naturerbes, 1 davon als Naturdenkmal (Findling „Riese“). Im Regionalpark befinden sich 38 Objekte des Kulturerbes.