Der Nationalpark Dzukija ist das größte Schutzgebiet in Litauen. Unter Schutz stehen dadurch:

• das hydrographische Netz der Flüsse in der Region Dainava, die Täler von Nemunas, Merkys, Ula, Gruda und Skroblus, charakteristische Ausbreitungswege und Migrationsrouten von Tieren und Pflanzen, der Mittellauf des Skroblus, der sich durch großen wissenschaftlichen Wert auszeichnet, die Flüsschen Musteika und Povilnis mit ihrer natürlichen Umgebung, das charakteristische Relief der Binnendünen des Waldgebiets Dainava, die durch Erosion gezeichneten geomorphologischen Komplexe von Liskiava, Strauja, Ucieka und Pakrykste, der Moränenwall von Merkine, die hydrographischen Objekte Netiesos, Glynas und Ezerynas, die Moore Imske, Didzbale, Bakanauskas und Delynas, die für Dzukija typischen Biozönosen der Wälder, seltene und gefährdete Tiere und Pflanzen und andere territoriale Komplexe und Objekte;
• darunter die wertvollen archäologischen und architektonisch-urbanen Komplexe von Merkine und Liskiava, die ethnokulturell wertvollen Dörfer der Wälder und entlang von Flüssen (Musteika, Zervynos, Ziogeliai, Dubininkas, Margionys, Kasetos, Lynezeris usw.), die alten Siedlungen um den See Glynas, der kulturlandschaftliche Komplex Subartonys, weitere Schätze des Kulturerbes;
• Stabilität, Erhalt und Vielfalt des Ökosystem der Flüsse der Region Dainava.

Der Nationalpark Dzukija ist das größte Schutzgebiet in Litauen. Sein herausragendes Merkmal ist die Menge an Flüssen und Flüsschen: von kleinen Quellen bis hin zum größten Fluss in Litauen, dem Nemunas. Von besonderem Wert sind die Landschaften am Zusammenfluss von Nemunas und Merkys und von Merkys und Ula sowie die Walddörfer und Dörfer entlang des Nemunas, die ihr ethnokulturelles Flair erhalten haben, und die Kleinstadt Merkine. Phänomenal sind die Täler von Nemunas, Merkys, Ula, Skroblus und Gruda, eins schöner als das andere, mit ihren einzigartigen Naturdenkmälern. Insgesamt gibt es in dem Nationalpark 36 Flüsse und Flüsschen, hunderte Quellen, die sich nach Ursprung, Eigenschaften und Geschichte unterscheiden. Eindrucksvolle Werke der Natur: Massive aus Binnendünen, Ursprung des Skroblus („Omas Garten“), Quelle „Auge der Ula“, steile Prallhänge der Ula und Stufen des Nemunas. Der Nationalpark Dzukija hat eine besondere Artenvielfalt. Endlose Waldflächen, Trockenrasen und Auwiesen, Hochmoore und Niedermoore, Flüsse und Quellen bieten einer Vielzahl von Pflanzen, Tieren und Pilzarten Lebensraum. Hier gibt es Balzplätze für Birkhuhn und Auerhuhn, nachts kann man Uhus hören oder heulende Wölfe, in der Sonne wärmen sich Europäische Sumpfschildkröten. Der Nationalpark gehört zusammen mit dem Reservat Cepkeliai zum Netz der wertvollsten Wildnisgebiete in Europa. Die Landschaft gewinnt noch an Wert durch die alten, recht gut erhaltenen Dörfer mit ihrer Holzarchitektur, die verstreut in den trockenen Kiefernwäldern liegen. Der Nationalpark Dzukija zeichnet sich durch seinen Reichtum an ethnokulturellem Erbe aus, den immer noch lebendigen Traditionen, alten Handwerken und der dzukischen Folklore (Marcinkonys, Ziurai, Zervynos, Puvociai, Margionys, Lynezeris usw.). Tiefe Wurzeln hat hier die Waldimkerei (Zeidlerei), Holzbearbeitung und besonders der Hausbau aus Stämmen, Schwarzbrandkeramik, Kerzenfertigung, Backen von Brot aus Buchweizen und natürlich das Sammeln der Schätze des Waldes (Beeren, Pilze, Heilkräuter). Die berühmten Burghügel von Merkine und Liskiava, von denen aus sich eine hervorragende Sicht über die alte Kulturlandschaft, hier mit der Kirche von Merkine, dort mit dem Klosterensemble von Liskiava, bietet.

Der Nationalpark wird geprägt durch die Landschaft der Flusstäler und er zeichnet sich aus durch zahlreiche und charakteristische Objekte des Natur- und Kulturerbes und bietet vielfältige Möglichkeiten für Erholung, Bildungstourismus und Ethnokultur. Nach der Bewertung der Komplexität der Landschaften gehört der Nationalpark Dzukija zur höchsten Kategorie.

Die Vielfalt der Landschaft des Nationalparks Dzukija besteht aus folgenden Landschaftstypen: Täler mit breiten Terrassen und steile, bewaldete und naturbelassene Täler, durch Erosion geformte bewaldete Täler und Hänge, bewaldete alte und jüngere Binnendünen, Senken mit Mooren und Seen, Fragmente glazialer Rinnen mit Wald oder landwirtschaftlichen Flächen, bewaldete Systeme aus Serien kleinerer glazialer Rinnen und fluvioglazialer Terrassen, sandige Hochterrassen entlang der Flüsse, bewaldete und landwirtschaftliche Moränen und Rücken.

Von der Europäischen Union geschützte Lebensraumtypen (Bezeichnung und EU-Code): 3260 Flüsse mit Wasserhahnenfuß, 6120 Trockene kalkreiche Sandrasen, 7140 Übergangs- und Schwingrasenmoore, 9010 Westliche Taiga, 9080 Laubholz-Bruchwälder, 91D0 Moorwälder, 91E0 Auenwälder mit Schwarzerle und Esche, 91T0 Flechten-Kiefernwälder.

Die Gesamtzahl der Pflanzenarten liegt bei 1978, davon sind 9 von der EU geschützt und 79 sind in die Rote Liste von Litauen aufgenommen. Die Gesamtzahl der Tierarten beträgt 2108. 54 Säugetiere, von denen 14 von der EU geschützt sind und 10 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 200 Vögel, von denen 52 von der EU geschützt sind und 57 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 38 Fische, von denen 6 von der EU geschützt sind und 4 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 19 Amphibien und Reptilien, von denen 11 von der EU geschützt sind und 7 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 1797 Wirbellose, von denen 11 von der EU geschützt sind und 52 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. Entlang der Flusstäler und der sandigen Ebenen haben sich viele Pflanzenarten bis nach Litauen ausgebreitet, besonders aus Südost- und Zentraleuropa, deswegen kann man in dem ganz im Südosten des Landes gelegenen Nationalpark viele Arten mit begrenzter Verbreitung finden, die sonst in Litauen kaum oder gar nicht anzutreffen sind.

Zur Bewahrung der natürlichen und kulturellen Schätze des Nationalparks Dzukija wurden 3 Totalreservate und 29 Schutzgebiete (9 Landschaftsschutzgebiete, 9 geomorphologische, 2 hydrographische, 1 botanisches, 4 telmologische, 1 genetisches, 2 ethnokulturelle und 1 urbanes) ausgewiesen.

In den Totalreservaten im Nationalpark steht unter Schutz: Musteika – naturbelassenes Flüsschen Musteika mit angrenzendem Mischwald, FFH-Lebensraumtypen in Wäldern und Mooren, geschützten Tieren, Pflanzen und Pilzarten (Boros schneideri, Firnisglänzendes Sichelmoos, Luchs, Schwarzstorch, Sperlingskauz, Grauspecht usw.); Povilnis – naturbelassenes Flüsschen Povilnis, das durch eine typische glaziale Rinne fließt, Wälder und Moore, FFH-Lebensraumtypen, geschützte Tiere, Pflanzen und Pilze (Frauenschuh, Rotes Waldvöglein, Fischotter, Kaulkopf, Peltis grossa, Phellinus nigrolimitatus, Rosenroter Baumschwamm); Skroblus – Komplex um ein schluchtartiges Durchbruchstal, hydrographische Struktur des Skroblus und seiner Nebenflüsse, FFH-Lebensraumtypen in Flüssen, Mooren und Wäldern, geschützte Tiere, Pflanzen und Pilze (Bachneunauge, Kaulkopf, Firnisglänzendes Sichelmoos, Rotes Waldvöglein, Vielteiliger Rautenfarn, Riesel-Segge, Andrena rugulosa, Krauseglucke).

In den Landschaftsschutzgebieten steht unter Schutz: Glynas – der See Glynas in charakteristischer glazialer Rinne, der naturbelassene Fluss Glynupis, Ansammlung steinzeitlicher Siedlungen, FFH-Lebensraumtypen in Mooren und Wäldern, Boros schneideri, Bitterlinge; Kapiniskiai – in Litauen einzigartiger Ursprung des Flusses Skroblus, Struktur des Streudorfes Kapiniskiai, ethnographisches Dorf Margionys, Feuerstein-Steinbruch in Margionys aus der Steinzeit, FFH-Lebensraumtypen in Flüssen, Wiesen, Mooren und Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Fischotter, Bachneunauge, Kaulkopf, Großer Feuerfalter, Moor-Steinbrech, Sumpf-Glanzkraut, Firnisglänzendes Sichelmoos, Vorblattloses Leinblatt, Kraniche, Vierzähnige Windelschnecke, Quendel-Ameisenbläuling, Borstige Dolchwespe, Brand-Knabenkraut und Helm-Knabenkraut);Lynezeris – typisches dzukisches Walddorf am See mit umgebender Landschaft und den wertvollen Waldökosystemen Lynelis, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, Mooren und Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Ziegenmelker, Heide-Lerche, Rotbauchunke, Finger-Küchenschelle, Ästiger Rautenfarn, Trifolium lupinaster); Liskiava – besonders attraktive Landschaft an einer Schleife des Nemunas mit Kerbtälern und dem Tal des Flüsschens Krucius, die mythologischen Steine von Liskiava, Burghügel und Reste des Gutes, Ensemble aus Kirche und Kloster Liskiava, FFH-Lebensraumtypen in Mooren und Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Fischotter, Eisvogel, Rapfen, Elegans-Widderchen, Veränderliches Rotwidderchen, Wundklee-Bläuling, Silbergrüner Bläuling, Langblättriges Waldvöglein, Wespenbussard); Lizdai – ausgeprägtes Moränen-Hügelland mit tiefen Thermokarstgruben, Seen mit angrenzenden Mooren, der See Bedugnis und das in den Tiefen der Erde verschwindende Flüsschen Bukaverksnis, Kulturlandschaft des Dorfs Lizdai, FFH-Lebensraumtypen in Mooren, geschützte Pflanzen, Pilze und Tiere (Sumpf-Glanzkraut, Rotbauchunke, Rotmilan, Wachtel, Geoglossum sphagnophilum, Sumpf-Bärlapp, Grundnessel, Kreuzenzian); Merkys – eine der schönsten Landschaften in Litauen bestehend aus dem Tal des Merkys und dem Unterlauf des Skroblus mit den typischen dzukischen Walddörfern, Siedlungen aus der Steinzeit und frühen Bronzezeit, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, Flüssen und Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Ziegenmelker, Heide-Lerche, Fischotter, Bachneunauge, Großer Feuerfalter, Grüne Flussjungfer, Elegans-Widderchen, Veränderliches Rotwidderchen, Silbergrüner Bläuling, Alexis-Bläuling, Kronwicken-Dickkopffalter, Kanten-Lauch u.a.); Nemunas – Durchbruchstal des Mittellaufs des Nemunas mit spezifischem Relief und hydrographischen Eigenschaften, typischen dzukischen Dörfern entlang des Nemunas mit archäologischen und historischen Schätzen, Schlucht- und Hangwälder, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen, Mooren und Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Fischotter, Eisvogel, Rapfen, Kaulkopf, Bitterling, Seeadler Rotmilan und Schwarzmilan, Zwergseeschwalbe); Subartonys – Landschaft der Heimat des litauischen Kulturschaffenden und Aktivisten V. Kreve-Mickevicius (1882–1954) mit dem Museum im Elternhof und dem Grab von V. Kreve-Mickevicius, weiteren Orten und Objekten, die im Zusammenhang mit der Tätigkeit und den Werken des Schriftstellers stehen, Kultstätten in Gelovine, FFH-Lebensraumtypen in Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Firnisglänzendes Sichelmoos, Rotbauchunke, Habicht, Kranich, Siebenschläfer); Ula – besonders charakteristische Landschaft des Unterlaufs der Ula mit aktiven Aufschlüssen und den typischen ethnographischen Walddörfern Zervynos, Manciagire, Ziurai, Trakiskiai und Pauliai, archäologische Schätze, FFH-Lebensraumtypen in Flüssen, Mooren und Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Fischotter, Eisvogel, Ziegenmelker, Heide-Lerche, Bachneunauge, Steinbeißer, Großer Feuerfalter, Finger-Küchenschelle, Wiedehopf, Schlingnatter, Arnika).

In den geomorphologischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Alkunes Kampas – Massiv aus Parabol-Binnendünen, FFH-Lebensraumtypen im Wald, geschützte Tiere und Pflanzen (Ziegenmelker, Boros schneideri, Heide-Lerche, Raufußkauz, Finger-Küchenschelle, Uhu, Schlingnatter); Draviu Kampas – Massiv aus Buckel-Binnendünen, FFH-Lebensraumtypen im Wald, geschützte Tiere und Pflanzen (Auerhuhn, Ziegenmelker, Heide-Lerche, Raufußkauz, Finger-Küchenschelle); Gudeliai – unterer Teil der größten Terrasse in Litauen (Panara) mit einem einzigartigen System aus Terrassen und Erhebungen, geschützten Tieren (Schwarzmilan, Wachtelkönig) und deren Lebensräumen; Marcinkonys – Massiv aus Binnendünen mit der höchsten Düne im Nationalpark, FFH-Lebensraumtypen in Wiesen und Wäldern, geschützten Pflanzen und Tieren (Auerhuhn, Ziegenmelker, Heide-Lerche, Raufußkauz, Boros schneideri, Sand-Nelke, Finger-Küchenschelle); Merkine – von der vorletzten Eiszeit geformte Endmoräne, Südhänge des Dzukischen Hochlands mit geschützten Tier- und Pflanzenarten, darunter Sumpf-Schildkröte, Wachtel und Raubwürger; Pakrykste – einzigartiges Fragment des eiszeitlichen Tals des Nemunas und dem Erosionsbogen von Pakrykste mit geschützten Tier- und Pflanzenarten (Wachtelkönig, Rotbauchunke) und deren Biotopen;Strauja – das Tal der Strauja in einer glazialen Rinne mit angrenzendem durch Erosion überformten Relief, See Lauja, FFH-Lebensraumtypen in Flüssen, Mooren und Wäldern, mit geschützten Tier-, Pilz- und Pflanzenarten (Fischotter, Bachneunauge, Kaulkopf, Firnisglänzendes Sichelmoos, Schlammpeitzger, Siebenschläfer, Schwarzer Kelchpilz, Berg-Johanniskraut, Bachmuschel); Sunupis – charakteristisches Massiv aus Binnendünen, FFH-Lebensraumtypen in Wäldern, Birkhuhn, Ziegenmelker, Heide-Lerche und Raufußkauz; Utieka (Ucieka) – steile Prallhänge am Nemunas, mit Kartälern und tiefen Kerbtälern der Zuflüsse, FFH-Lebensraumtypen in Flüssen, Mooren und Wäldern, geschützte Pflanzen und Tiere (Schwarzmilan, Siebenschläfer, Hermelin, Fischotter, Zwiebel-Zahnwurz, Elegans-Widderchen, Veränderliches Rotwidderchen).

In den hydrographischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Gruda – die einzigartige Struktur des Flussbetts der Gruda, das ethnokulturelle Dorf Kasetos, FFH-Lebensraumtypen in Flüssen und Wäldern, geschützte Tiere und Pflanzen (Nördlicher Kammmolch, Bachneunauge, Kaulkopf, Großer Feuerfalter, Breitblättriges Knabenkraut, Schmale und Vierzähnige Windelschnecke; Netiesos – die Flüsschen Apsinge und Kempe, die Seen von Netiesos, FFH-Lebensraumtypen in Seen, Mooren und Wäldern, geschützte Tiere und Pflanzen (Fischotter, Bachneunauge, Kaulkopf, Großer Feuerfalter, Moor-Steinbrech, Kapuzenorchis, Schmale Windelschnecke, Seeadler) und deren Biotope.

Im botanischen NSG im Wald Subartonys stehen typische Pflanzengesellschaften des geobotanischen Areals des Dzukischen Hochlands unter Schutz mit der für dieses Areal charakteristischen biologischen Vielfalt, FFH-Lebensraumtypen in Wäldern, geschützte Tiere, Pflanzen und Pilze, darunter Schwarzstorch, Schreiadler, Siebenschläfer, Schmale Windelschnecke, Eichhase.

In den telmologischen (moorkundlichen) NSG steht unter Schutz: Bakanauskas – See Bakanauskas mit angrenzendem Moor in einer Thermokarstsenke, FFH-Lebensraumtypen in Mooren und Seen, geschützte Tiere, Pflanzen und Pilze, darunter Geoglossum sphagnophilum, Sumpf-Bärlapp, Lappland-Weide; Delinis – in der Rinne zwischen Binnendünen befindet sich eine Kette kleinerer Waldmoore und Seen, FFH-Lebensraumtypen in Seen und Mooren, geschützte Pflanzen und Tiere, darunter Moor-Steinbrech, Auerhuhn und Schmale und Vierzähnige Windelschnecke; Didziabale – Moorkomplex von Didziabale mit FFH-Lebensraumtypen in Mooren und geschützten Tieren und Pflanzen (Lappland-Weide, Seeadler, Bruchwasserläufer, Oeneis jutta); Imskai – einer der größeren Moorkomplexe in Südost-Litauen mit FFH-Lebensraumtypen in Mooren und Wäldern, geschützten Pflanzen und Tieren (Luchs, Wolf, Auerhuhn, Birkhuhn, Boros schneideri, Sand-Nelke, Finger-Küchenschelle, Schlangenadler, Schneehase, Kranich) und deren Biotopen.

Im genetischen Schutzgebiet für Kiefern im Wald Stegalios werden Waldkiefern von großer genetischer Vielfalt geschützt.

In den ethnokulturellen Schutzgebieten steht unter Schutz: Musteika – eines der aus ethnographischer Sicht wertvollsten und am besten erhaltenen Walddörfer in Dzukija, mit dem alten Friedhof, der historischen Flächenaufteilung und ethnokulturellen Traditionen, Bräuchen und Lebensart; Ziogeliai – eines der aus ethnographischer Sicht wertvollsten und am besten erhaltenen dzukischen Dörfer am Nemunas mit Traditionen und Lebensart, dem alten Straßennetz und der historischen Flächenaufteilung.

Im urbanen Schutzgebiet Merkine steht der historische Teil der Kleinstadt Merkine mit seiner Struktur unter Schutz, zudem einer der bekanntesten Burghügel in Litauen, die Kulturschicht, historische, archäologische Werte und Gedenkstätten.

Im Nationalpark Dzukija gibt es 43 Objekte des Naturerbes, davon 18 Naturdenkmäler. Die wichtigsten davon sind: Quelle Skroblus, Quelle „Auge der Ula“, Steilhang Manciagire, Seen von Netiesos, Kiefern mit Baumhöhlen (19) usw. Im Nationalpark stehen 27 Objekte des Kulturerbes unter Schutz.