Tuometinis Biržų šeimininkas, grafas Jonas Tiškevičius prižadėjo pastatyti naują mūrinę bažnyčią. Pažadą ištesėjo ir pagal architekto Tomo Tišeckio projektą 1861 metais pastatė  mūrinę Šv. Jono Krikštytojo bažnyčią, menančią baroko ir klasicizmo laikus. Bažnyčią sutvarkyti ir išpuošti daug padėjo klebonas Juozas Rimkevičius. XIX a. statyta bažnyčia – halinė, turinti baroko ir klasicizmo bruožų. Ją sudaro trys altoriai su įspūdingais paveikslais. 1901 m. įrengti vargonai (meistras Rodavičius).

Grafo Jono Tiškevičiaus ir dar kelių šeimos narių palaikai saugomi bažnyčiose rūsyje esančiose kriptose, o apie fundatorių dar mena ir memorialinė lenta prie įėjimo į bažnyčią. 

Priėjimas prie bažnyčios išklotas trinkelėmis, netoliese yra bio tualetai, yra įrengti pandusai neįgaliesiams.