Nuo XVI a. antrosios pusės iki XIX a. pradžios Senasis Dūkštas priklausė Rudaminoms. Šiuo laikotarpių Senajame Dūkšte būta medinio dvaro. Nuo 1813 m. Senojo Dūkšto dvarą valdė Beganskiai, kurie suteikė rūmams ryškius klasicizmo bruožus (kalbama jau apie II-uosius, dabartinius mūrinius rūmus, kuriems buvo būdingi įsiterpiantys liaudies kūrybos elementai). 1901 m. dvaras atiteko Tomui Zanui, kuris susituokė su tuometinio dvaro šeimininko Daugėlos dukra Terese. Zanams dvaras priklausė iki Antrojo pasaulinio karo. Dvare buvo sukaupta turtinga senienų ir archeologinių radinių kolekcija. Taip pat veikė turtinga biblioteka. XIX a. pirmoje pusėje dvare gyveno žymus dailininkas, Vilniaus universiteto profesorius Jonas Rustemas. Dvare dažnai lankydavosi Filomatų draugijos kūrėjas, poetas ir geologas Tomas Zanas, su kuriuo neretai atvažiuodavęs ir jo draugas Adomas Mickevičius (jo vardu yra pavadinta sodybos parko liepų alėja). 1933–1944 m. čia veikė žemesnioji žemės ūkio mokykla. Nuo 1960 m. – apylinkės taryba, bandymų stoties eksperimentinio ūkio administracija, kultūros namai, biblioteka. Rūmuose išlikusi autentiška fasadų kompozicija, interjero dekoro elementai – židinys, frizai; pamatai, išorės ir vidaus sienos, perdangos stogo konstrukcija ir medžiagos.