Bažnyčia pastatyta 1863 m. (pagal karo inžinieriaus K. Suchodolskio projektą). Jos architektūra – baroko ir klasicizmo junginys. Pirmoji bažnyčia Punioje pastatyta 1425 m., manoma, kur dabar stovi bokšto formos mūrinė koplytėlė, skirta 1831 m. sukilimo dalyviams atminti. Pasakojama, kad tuokart bažnyčią statyti paliepęs Vytautas Didysis, todėl jo atminimas gerbiamas iki šių dienų – bažnyčioje kabo šio kunigaikščio portretas. Apeinamą altorių puošia Šv. Kazimiero ir Šv. Stanislovo skulptūros. Tai retenybė Lietuvoje, kai pagrindiniame altoriuje yra ne tikėjimą saugantys ir globojantys šventieji, o šalį (Šv. Kazimieras – Lietuvos globėjas) ir vietovę (Šv. Stanislovas vaizduojamas Punios herbe) globojanttys asmenys. Pagrindinis altoriaus paveikslas yra keičiamas: per religines šventes Šv. apaštalas Jokūbo paveikslas pakeičiamas Švč. Jėzaus Širdies paveikslu. Vienoje iš bažnyčios navų sienų yra 1901 m. krikščionybės jubiliejui atminti skirta paminklinė lenta su įrašu lietuvių ir lotynų kalbomis: „UŽ PABUCZIAVIMĄ TO KRYŽIAUS IR ATKALBĖJIMĄ TEVE MUSŲ 200 DIENŲ ATLAIDŲ KARTĄ ANT DIENOS 1901 JESUS DEUS HOMO CHRISTUS“. Punios bažnyčios presbiterijoje ant kairės sienos kabo N. Silvanavičiaus tradicinės ikonografijos drobė „Šv. Pranciškus Asyžietis“, (1889 m.). Antrojo pasaulinio karo metu, 1944 m., buvo apgriauta. Atstatyta ir remontuota 1952–1955 m. Punios Šv. apaštalo Jokūbo bažnyčia įtraukta į Nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą ir Šv. Jokūbo kelią Lietuvoje.