Es wird angenommen, dass die erste Kenessa an der Stelle der heutigen Kenessa von den Karäern gebaut wurde, die im Jahr 1397 von Vytautas dem Großen von der Krim nach Trakai gebracht wurden. Während Kriegen, Bränden und anderen historischen Katastrophen zwischen dem 15. und dem 19. Jahrhundert wurde die Kenesa immer wieder zerstört, verbrannt, niedergerissen, aber immer durch die Bemühungen der Gemeinschaft der Karäer wiederhergestellt. Am Endes des 19. Jahrhunderts - zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde die Kenessa rekonstruiert, eine Turmlaterne wurde auf dem Dach gebaut und das Dach wurde verzinnt. Es wird angenommen, dass in dieser Zeit die Innenwandmalerei entstanden ist, die bis heute erhalten ist. Dieses sakrale Gebäude spiegelt die ethnischen Merkmale der Architektur und der Innenausstattung der Gebäude der Karäer wider. Das Gebäude gehört der litauischen Religionsgemeinschaft der Karäer.