Bereits 1726 gab es in Stirniai zwei Kapellen: eine davon – die Kapelle des Hl. John, die an Jesuiten gehörte. Die wiederaufgebaute Kapelle Stirniai blieb bis ins 20. Jahrhundert erhalten. Nach der Gründung der Gemeinde wurden 1922 die Gottesdienste in der Kapelle abgehalten. An einem anderen Ort und wurde 1931 ein vorläufiges Holzgebäude errichtet. Zwischen 1937 und 1940 wurde an der Stelle der alten Kapelle die heutige Steinmauerkirche gebaut. Die Kirche bekam den Namen der Folterqual von Johannes des Täufers. Der damalige Pfarrer Jonas Daugėla wurde am 29. Juni 1941, erst nach Abschluss der Bauarbeiten, von Soldaten der Roten Armee gefoltert und am Ufer des Sees Stirniai erschossen.