Vor fast 500 Jahren ist die Kirche der Geburt der Allerheiligsten Jungfrau Maria von Labanoras in Kirchenliste der Diözese Vilnius im Jahre 1522 aufgenommen. Im Protokoll des Bischofsbesuchs ist 1675 bereits die alte, einstürzende Kirche von Labanoras erwähnt, in der das wundersame Gemälde „Maria die Leidende“ (lit. „Marija Sopulingoji“) hängt. Die erste Kirche von Labanoras brannte 1798 nieder. Es wurde auf Kosten der Gemeindemitglieder 1818–1820 wieder aufgebaut. Es wird angenommen, dass der Glockenturm auch im 19. Jahrhundert erbaut wurde. Im Sommer 2009 wurde die Kirche restauriert – die Kirchenfassade wurde gestrichen und die Holzdetails restauriert. Das alte Dach der Kirche wurde durch ein authentisches Schindeldach ersetzt. Die Türme wurden restauriert und mit Kupferzinn bedeckt, die Fundamente der Kirche wurden renoviert. Am 21. Dezember 2009, unmittelbar nach Mitternacht, brannte die Kirche vollständig nieder und ließ nur den Glockenturm zurück. Sie wurde am 10. September 2011 restauriert.