Das staatliche Naturreservat Cepkeliai wurde ausgewiesen, um den Moorkomplex Cepkeliai an der Wasserscheide der Flüsse Katra, Ula und Gruda, der das größte Hochmoor im Land ist und zahlreiche Reliktseen und Moorinseln, Reste von Binnendünen und Moorrandwälder, übergehend in die sandige Ebene der Region Dainava umfasst, unter Schutz zu stellen, zusammen mit seltenen Tier- und Pflanzenarten.

Das Moor Cepkeliai wurde in die Liste der international bedeutenden Feuchtgebiete der Konvention von Ramsar aufgenommen. Das Reservat ist auch ein Teil des EU-weiten ökologischen Netzes „Natura 2000“. Das Reservat ist zudem auch als Vogelschutzgebiet und Lebensraumschutzgebiet ausgewiesen. Und es ist ein anerkanntes Territorium als europäische Wildnis.

Cepkeliai ist das größte Hochmoor in Litauen. Im Moor gibt es zahlreiche Reliktseen, sandige Inseln und Inselchen, die Reste einstiger Binnendünen sind. Umgeben ist das Hochmoor von bewaldeten Binnendünen. Das besondere Kennzeichen ist die Weite der natürlichen Wildnis, bestehend aus zahlreichen natürlichen Lebensräumen, verschiedenen Moortypen und Sand, wo seltene Pflanzen und Tiere anzutreffen sind. Cepkeliai ist seit jeher berühmt für seine Moosbeeren. Es gibt hier viele alte Kiefern mit Baumhöhlen, die ein Relikt der Waldimkerei, der Zeidler, sind. Cepkeliai ist wichtig für die Welt, als Feuchtgebiet von internationaler Bedeutung und als europäische Wildnis.

Der Hauptteil des Reservats wird vom Moor Cepkeliai, mit 5858 ha das größte Hochmoor in Litauen, eingenommen. Von Ost nach West hat das Moor eine Ausdehnung von 14 km. Im Norden und Westen begrenzen mit Kiefern und Wacholder bewachsene Binnendünen das Moorbett, nach Süden hin, an Weißrussland grenzend, befindet sich das sumpfige Tal des Flüsschens Katra.

Das befindet sich hier an der Stelle eines Sees, den es mit Abklingen der Eiszeit hier vor etwa 15000 Jahren gab. An den flachsten Stellen dieses austrocknenden Sees wurden Sandablagerungen freigelegt, die vom Winde verweht wurden. Die dadurch entstandenen Binnendünen umgeben das Moor nun im Westen und Norden. Mit dem Absinken des Wasserstands wurden aus dem einstigen riesigen See vor etwa 10000 Jahren viele getrennte, noch recht große Seen. Diese Seen verlandeten dann zunehmend. Mit dem Wachstum der Dicke der Torfschicht wuchsen die einzelnen Moorbereiche zu einem großen Moorkomplex zusammen. So entstand das Moor Cepkeliai. Am schnellsten fand die Torfbildung im Zeitraum von vor 8000 bis vor 3000 Jahren statt. Die Stärke der über Jahrtausende entstandenen Torfschicht erreicht 6,5 m. Die nordöstlichen und östlichen Begrenzungen des Moors sind sehr gewunden und im zentralen Bereich des Moores und am Südrand gibt es zahlreiche Moorinseln aus mineralischem Boden verschiedener Größe, die mit Bäumen bestanden sind. Das sind die aus dem Moor ragenden Grate der Binnendünen. Überschüssiges Wasser fließt vom Moor Cepkeliai aus in verschiedene Richtungen: über das Flüsschen Pekla in die Ula, über das Flüsschen Musteika in die Gruda und über einen Graben in die Katra. Im Ostteil des Moores gibt es etliche Seen. Der größte davon ist der See Eserinis mit 14,5 ha. Nachdem zum Ende des 19. Jahrhunderts ein Entwässerungsgraben in Richtung Katra angelegt worden war, senkte sich der Wasserspiegel einiger Seen im Südteil etwas ab.

Das Reservat Cepkeliai zeichnet sich durch für Steppen und Taiga typische Pflanzengesellschaften aus, die sich am Rand und außerhalb des Territoriums befinden. Im Hochmoor dominieren Torfmoose und zahlreiche Kleinsträucher wie Sumpfporst, Besenheide und Moosbeere. In der Baumschicht gibt es niedrig wachsende Kiefern, Moorbirke und Sandbirke, an einigen Stellen gibt es große offene Hochmoorweiten. Auf den Binnendünen am Rande des Moores dominieren alte Kiefern mit vielen Flechten auf dem Boden. Auf den Inseln und den nördlichen Hängen der Dünen, auf Ebenen und in Senken wachsen zumeist Kiefern mit bodenbedeckender Moosschicht und Kleinsträucher wie Heidelbeere, Preiselbeere und Besenheide. Im Reservat überwiegen deutlich verschiedene Lebensraumtypen Moor und Wald. Unter den Wäldern dominieren Moorwald aus Nadelbäumen und am Moorrand Kiefernwälder mit kleineren Anteilen an Birke. Im Südwesten des Reservats sind auch Bruchwälder mit Laubbäumen nicht selten. In kleineren Anteilen gibt es auch Bereiche artenreicher Mischwälder.

Im Reservat gibt es 12 Arten der nach der FFH-Richtlinie der EU geschützten Lebensraumtypen. Fast das ganze Territorium des Reservats gehört zu einem dieser Typen. Die größten Flächen (in absteigender Ordnung) nehmen ein: 91D0 *Moorwälder, 7110 *lebende Hochmoore, 9080 *Laubholz-Bruchwälder, 7140 Übergangs- und Schwingrasenmoore, 9010 *Westliche Taiga, 91TO Flechten-Kiefernwälder, 3160 Dystrophe Seen und Teiche.

Im Reservat Cepkeliai wurden 624 Gefäßpflanzen erfasst, 120 Moose und 145 Algen. Die Flechten wurden bisher nicht systematisch untersucht. Es sind daher nur 48 Flechtenarten erfasst. Von Pilzen wurden 308 Arten gefunden.

Von den im Reservat gefundenen Arten sind 55 Pflanzen, 12 Pilze und 7 Flechten in die Rote Liste von Litauen aufgenommen. Von internationaler Bedeutung sind auch die Arten, die in Anhang II der FFH-Richtlinie aufgenommen sind, darunter 5 Gefäßpflanzen, 1 Moos, 4 Käfer, 32 Vogelarten, die in den letzten 10 Jahren mindestens einmal im Reservat gebrütet haben, wovon 3 Arten als weltweit gefährdet angesehen werden. Hier findet man moortypische Arten wie Sumpf-Bärlapp, Geflecktes Knabenkraut, Lappland-Weide; Laubwaldarten wie Frauenschuh, Virginischer Rautenfarn; Arten sandiger Standorte wie Arnika, Litauisches Leimkraut, Finger-Kuhschelle. Diese Artenvielfalt ergibt sich aus den charakteristischen Biotopen.

Im Reservat wurden 874 Käfer, 353 Hautflügler und 1018 Schmetterlingsarten erfasst. Von den gefunden Arten gelten als selten 15 Käfer, 7 Hautflügler, 17 Schmetterlinge und 32 in Litauen brütende Vögel.

Fischarten gibt es in diesem NSG nur wenige, es sind nur 13 Arten bekannt. Im Reservat Cepkeliai leben 10 Arten Lurche und 6 Reptilienarten. Ziemlich häufig ist hier die einzige im Land vorkommende Giftschlange, die Kreuzotter, daneben auch die Ringelnatter. Im Reservat wurde auch die im Land sehr seltene Schlingnatter gefunden.

Registriert wurden 183 Vogelarten, wovon 126 auch hier brüten. Von den im Reservat gefundenen Arten sind 52 Vogelarten in die Rote Liste von Litauen aufgenommen. In Cepkeliai gibt es die größten Bestände an Auerhuhn, Kranich und Doppelschnepfe, hier leben die sonst fast ausgestorbenen Schlangenadler und Uhus. In diesem Territorium sind Arten, die an anderen Orten im Land selten geworden sind, regelmäßig anzutreffen: Birkhuhn, Wachtelkönig, Schwarzstorch, Dreizehenspecht, Weißrückenspecht und viele andere Arten.

Im Reservat leben 41 Arten von Säugetieren, von denen 10 Arten in die Rote Liste von Litauen eingetragen sind. Die Wälder von Cepkeliai sind im Winter eine der größten Weiden für Elche in Litauen. Hier leben ständig Wölfe, Luchse, Fischotter und Biber.

Im Reservat Cepkeliai stehen noch 15 Kiefern mit Baumhöhlen (davon sind 4 noch lebend) als einzigartiges Natur- und Kulturerbe als Zeuge der hier einst betriebenen Waldbienenwirtschaft (Zeidlerei). Im Reservat wurden in der Umgebung der Dörfer Katra und Paramelis 8 steinzeitliche Siedlungen gefunden, die in das Register der Kulturschätze eingetragen wurden. Bei Erkundungsuntersuchungen wurden weiter Objekte aus der Steinzeit und Bronzezeit gefunden. Dies besagt, dass seit jeher Menschen auf den Inseln der Hochmoore und in der Umgebung des Moores lebten.