Im Regionalpark Panemune wird die Landschaft des Unterlaufs des Nemunas mit zahlreichen kleineren Nebenflüssen oder deren Unterläufen und Kerbtälern geschützt. Unter Schutz stehen dadurch:

• die Landschaft des Unterlaufs des Nemunas mit kleineren Nebenläufen, die sich in tiefe Kerbtäler eingegraben haben, der Uznykis-Wald und die Vegetation der Hänge am Nemunas;
• Fragmente der Befestigungen entlang der Verteidigungslinie aus den Kämpfen gegen die Kreuzritter vom 13. bis 15. Jahrhundert, die Hänge des Nemunas mit Burghügeln, Resten von Befestigungsanlagen, Hügelgräber, Siedlungsreste, urbane Ensemble von Veliuona und Seredzius, Schlösser und Gutshöfe mit Parkanlagen;
• die Stabilität von Ökosystemen und Elementen der Biotope, spezielle Pflanzen und Tiere, die natürlichen Migrationswege und Laichplätze von Fischen.

Die Landschaft des breiten Tals des Nemunas ist hier eine ganz andere als im Regionalpark Nemunas-Delta oder im Nationalpark Dzukija. Breiter Raum, der von recht steilen Talhängen eingerahmt ist, wo auf den Hängen und Spornen an exponierten Lagen während der Kriege gegen die Kreuzritter im 13.-15. Jh. Burgen standen, von denen heute noch das Relief erkennbar ist (Veliuona, Seredzius), später dann Schlösser und Kirchen. Die Landschaft des Unterlaufs des Nemunas ist voll mit zahlreichen kleineren Nebenflüssen und Kerbtälern. Mit der großen Zahl an Schlössern und Gutshöfen, verschiedensten Parks und den Resten der spätmittelalterlichen Befestigungen ist der Nemunas hier wie eine Straße. Der Nemunas und seine Nebenflüsse sich wichtig als Laichplätze und Migrationsroute für Näsling (Chondrostoma nasus), Schlammpeitzger (Misgurnus fossilis) und Lachs (Salmo salar). Die Uferbereiche und Inseln sind für die Brut der weltweit gefährdeten Flussseeschwalbe (Sterna hirunda) und der Zwergseeschwalbe von Bedeutung, die Wiesen im Tal des Nemunas sind wichtiger Lebensraum für Wachtelkönig (Crex crex), Sperbergrasmücke (Sylvia nisoria), Neuntöter (Lanius collurio). An den Hängen des Nemunastals wachsen Schlehen (Prunus spinosa). Der Wald Uznykis mit dem Reservat Velniaravis beinhaltet urwaldartigen Wald und ist ein Lebensraum für Schreiadler (Aquila pomarina) und Schwarzstorch (Ciconia nigra).

Die morphologische und hydrographische Struktur der Landschaft ist durch hydrologische und Erosionsprozesse gekennzeichnet. Die relativ steilen Talwände des Nemunas werden noch durch die darauf erbauten Befestigungsanlagen betont. Die Landschaft zeichnet sich durch zahlreiches Natur- und Kulturerbe und ein besonders großes Potenzial für Erholung und Bildungstourismus aus. Einen besonderen Platz für die Identität des Regionalparks nehmen der Nemunas selbst (13% der Fläche bei Normalwasserstand) sowie die jüngeren Schlösser ein.

Die landschaftliche Vielfalt des Regionalparks Panemune ergibt sich aus diesen hauptsächlichen Landschaftstypen: breites bewaldetes oder extensiv bewirtschaftetes Flusstal, intensiv bewirtschaftetes und teilweise urbanisiertes breites Flusstal, bewaldete wenig bewirtschaftete Kerbtäler und Hänge, bewaldete und bewirtschaftete Täler mit zahlreichen kleineren Furchen und Kerbtälern, naturbelassene und kultivierte Höhenzüge und Sporne, bewaldete fluvioglaziale Terrassen, naturbelassene und bewirtschaftete Auen kleinerer Flüsse, durch Ablagerung entstandene Flussinseln, landwirtschaftlich genutzte limnoglaziale Ebene auf Tonböden, Orte am Tal.

Natürliche Vegetation ist in dem urbanisierten Gebiet nicht sehr viel anzutreffen. Die ist am meisten an Orten, die für die Landwirtschaft ungeeignet sind, zu finden, in Hanglagen und direkt an den Flüssen. Große Waldmassive sind nicht erhalten. Meistens wächst der Wald nur in schmalen Streifen an den Hängen des Nemunas und der Nebenflüsse. Reste der älteren Wälder beeindrucken durch große Laubbäume. Naturnahe Wiesen sind in kleineren Stücken als Wiese oder Weide erhalten. Aber solche Wiesen gibt es im Park nicht viele. Die Hanglagen werden derzeit kaum gemäht, womit die Verbuschung einsetzt. Einige seltene Fledermausarten wurden hier gefunden, zudem Hermelin und Fischotter. Der Fluss Armena ist reich an Bibern. Sowohl im Kulturgrasland als auch in den naturnahen Wiesen am Nemunas brüten Wachtelkönig und Tüpfelsumpfhuhn. Hier sind auch die wohl schönsten Vögel Litauens anzutreffen: Wiedehopf, Eisvogel und Bienenfresser. Im Gebiet des Parks brüten Flussseeschwalbe und Zwergseeschwalbe. Ihre Nester legen sie nur im Sand oder in nur teilweise bewachsenen Flächen auf Inseln im Fluss an. Beim herbstlichen Vogelzug kann man Silberreiher sehen, manchmal auch Schwarzstörche. In den Wäldern gibt es viele Spechte, darunter Schwarz-, Grün- und Grauspecht. An Tagfaltern sind die geschützten Arten Großer Feuerfalter, Schwarzer Apollo, Kreuzenzian- und Wiesenknopf-Ameisenbläuling anzutreffen. Gefunden wurden Eremit und Bronzegrüner Rosenkäfer

Zur Bewahrung der natürlichen und kulturellen Schätze des Regionalparks Anyksciai wurden 1 Totalreservat und 15 Schutzgebiete (4 Landschaftsschutzgebiete, 6 geomorphologische, 4 botanische, 1 botanisch-zoologisches) ausgewiesen.

Im Naturreservat Velniaravis stehen alte, teils urwaldähnliche Waldgebiete mit gefährdeten Pflanzengesellschaften und der größte Hainbuchenwald im Park unter Schutz.

In den Landschaftsschutzgebieten steht unter Schutz: Nemunas – Landschaft des Unterlaufs des Nemunas mit Naturerbe (Komplex aus Kerbtälern bei Ploksciai, Höhenrücken Pupkaimis, Sporne bei Obeliskes, Veliuona, Grauzenai, Suffosions-Senke bei Veliuona, Täler von Didzupia und Vaiguva mit der Quelle Sventduobe) und Kulturerbe (Kleinstadt Veliuona als Ort des Kulturerbes, Burghügel Veliuona, Gutshof Veliuona, Ensemble des Schlosses Raudone, Burghügel Ploksciai (Vaiguviskes), Kubiliai (Silavenai), Stulgiai, Raudonenai); Nyka – Komplex der Erosionstäler von Nyka und Nykute mit den Burghügeln Misiunai, Dulinciskiai, der Kirche Ilguva und seltenen und gefährdeten Pflanzen (Hohler Lerchensporn, Raue Wald-Trespe, Efeu, Wald-Klette, Weinberg-Lauch, Schlehe; Pilis – Ensemble des Schlosses Panemune (Gelgaudai); Seredzius – Landschaft an der Mündung der Dubysa in den Nemuna, Struktur am Straßenverlauf des Städtchens Seredzius, Burghügel Seredzius mit Siedlungsresten, Ort der Altstadt und Grabfeld, Gutshof Belvedere.

In den geomorphologischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Antkalne – fächerförmiger Erosionskomplex mit Schlehen-Gesellschaften; Armena – tief eingeschnittener Erosionskomplex des Unterlaufs der Armena mit zahlreichen Kerbtälern; Kartupis – langgezogener Sporn am Kartupis; Silupe – schmaler, steilwandiger Erosionskomplex Silupe; Tuciai – Hang am Nemunas mit zahlreichen Kerbtälern; Virange – schmaler, steilwandiger Erosionskomplex Virange.

In den botanischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Dubausis – offene Hanglagen mit naturnahen xero- und thermophilen Pflanzengesellschaften mit Beständen seltener Arten; Gystus – für die Region typischer Laubwald der Hanglagen mit Sträuchern und Krautschicht; Klangiai – größte Vielfalt in Litauen an Dornsträuchern mit Fragmenten thermophiler Pflanzengesellschaften; Siline – an einem wenig geneigten Hang mit flachen Muldentälern gewachsener Wald aus Eichen, Kiefern und anderen Laubbäumen.

Im botanisch-zoologischen NSG Reciai stehen für die Aue des Nemunas typische Schwemmwiesen, Laubwälder mit einer großen Vielfalt an Tieren und Brutplätzen von Vögeln unter Schutz.

Im Regionalpark Panemune gibt es 11 staatlich geschützte Objekte des Naturerbes. Im Regionalpark befinden sich 63 Objekte des Kulturerbes, von denen 13 als Kulturdenkmal klassifiziert sind.