Im Regionalpark Meteliai werden die großen Seen (Dusia, Metelys und Obelija) von Südlitauen und die Landschaft der Umgebung geschützt. Unter Schutz stehen dadurch:

• die Becken der großen Seen von Südlitauen mit den Seen Dusia, Metelys und Obelija und deren Umgebung, das Moränenmassiv Teizai mit langgezogenen Hügeln, die Randmoräne mit abgeflachten Hügeln bei Zagariai;
• Objekte des Kulturerbes, darunter Burghügel und Straßendörfer;
• die Stabilität des Ökosystems, die biotischen Komponenten, die spezifische Pflanzen- und Tierwelt, wichtige Plätze für das Brüten von Wasservögeln und Rastplätze für Zugvögel.

Die geschützte Landschaft der Senken der großen Seen von Südlitauen mit den Weiten der Seen, den hohen Hügeln von Zagariai und Burghügeln. Wunderbare Panoramen dieser Landschaft eröffnen sich von den Zagariai-Hügeln, vom Burghügel Prelomciske. Viele einzigartige Schätze der Natur. Hier lebt die extrem seltene, in Europa geschützte Sumpfschildkröte. Der Trakas-Wald ist der einzige Ort in Litauen, wo Traubeneichen wachsen. Während des Vogelzugs im Herbst erwachen die großen Seen zu vollem Leben.

Der Regionalpark Meteliai befindet sich im Nordwesten des Hochlands von Dzukija in einem Bereich mit glazialen Hügeln mit wenig Wald und viel Landwirtschaft, mit der typischen durch die großen Dolinen-Seen und Moränen geprägten Landschaft der Region Uznemune.

Die landschaftliche Vielfalt des Regionalparks Meteliai wird aus diesen hauptsächlichen Landschaftstypen gebildet: relativ naturbelassene, steilwandige Dolinen-Seen, bewaldete und kultivierte Dolinen-Seen mit flachen Ufern, Seeterrassen, fluvioglaziale Hügel und Esker, wenig kultivierte Grundmoräne mit Drumlins, bewaldete und kultivierte Moräne, Täler kleinerer Flüsse, Niedermoore, verschiedene Moore und Fragmente der ethnokulturellen Bebauung.

Von der Europäischen Union geschützte Lebensraumtypen (Bezeichnung und EU-Code): 3150 Eutrophe Seen mit Laichkraut oder Krebsschere, 3160 Dystrophe Seen oder Teiche, 6120 Trockene kalkreiche Sandrasen, 6210 Kalktrockenrasen, 6530 Wiesen mit Gehölzen, 7110 Lebende Hochmoore, 7140 Übergangs- und Schwingrasenmoore, 9050 Krautreiche Fichtenwälder, 9080 Laubholz-Bruchwälder, 9160 Hainbuchenwälder, 9190 Alte Eichenwälder auf Sand, 91D0 Moorwälder, 91E0 Auenwälder mit Schwarzerle.

Die Gesamtzahl der Pflanzenarten liegt bei 951, davon sind 5 von der EU geschützt und 66 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen. Die Gesamtzahl der Tierarten beträgt 915. 47 Säugetiere, von denen 2 von der EU geschützt sind und 3 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 192 Vögel, von denen 23 von der EU geschützt sind und 44 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 30 Fische, von denen 3 von der EU geschützt sind und 1 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurde. 16 Amphibien und Reptilien, von denen 3 von der EU geschützt sind und 3 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 630 Wirbellose, von denen 4 von der EU geschützt sind und 13 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden.

Zur Bewahrung der natürlichen und kulturellen Schätze des Regionalparks Meteliai wurden 2 Reservate und 9 Schutzgebiete (4 Landschaftsschutzgebiete, 1 hydrographisches, 1 botanisches, 1 zoologisches und 1 botanisch-zoologisches) ausgewiesen.

In den Totalreservaten steht unter Schutz: Obelyte – Bestände seltener und gefährdeter Pflanzenarten, eine besondere Pflanzengesellschaft der südwestlichen Vegetationszone von Litauen, ein Linden-Hainbuchen-Wald; Trakas – einzigartige, als Relikt erhaltene Pflanzengesellschaft aus Traubeneichen mit seltenen und gefährdeten Pflanzenarten und Nistplätzen des Schreiadlers.

In den Landschaftsschutzgebieten steht unter Schutz: Barciai – Seeterrassen, Dünenstreifen am See, kleinteilige Reliefformen der Moräne, botanisch und entomologisch wertvolle Hänge am Westufer des Sees Dusia, Burghügel Prelomciske mit Siedlungsresten, Siedlungsreste von Zebrenai und anderes Kulturerbe; Kalniske – seenreiche Landschaft der dzukischen Moräne mit der für diese Region typischen Vegetation, historischen Orten des litauischen Freiheitskampfes; Meteliai – die Landschaft der Seen Metelys und Obelija mit Umgebung, darunter den reizvollen Hängen am See Obelija, die Wälder Statiske und Sirvintas, das ornithologisch bedeutsame Feuchtgebiet Karvine, das Kalkflachmoor am See Mauselis mit seltenen und gefährdeten Pflanzen und zahlreichen Vogelarten, den Burghügeln Papeciai, Obelija, Zaramciskiai und anderes Kulturerbe; Teizai – einzigartiges Moränenmassiv am Abhang des Hochlands Suduva mit besonders ausgeprägten Drumlins, Trockenrasengesellschaften und den Burghügeln Verstaminai und Giraite, dem Opferhügel Verstaminai und anderem Kulturerbe.

Im geomorphologischen NSG Zagariai steht eine Randmoräne mit ausgeprägtem Relief und größeren, steilen Hügeln, den Straßendörfern Zagariai und Nakruniske, deren räumliche Anordnung auf die Wloka-Reform zurückgeht, mit traditioneller Architektur unter Schutz.

Im hydrographischen NSG Dusia steht der größte See von Südlitauen unter Schutz mit den darin lebenden Fischarten, einer großen Vielfalt von Algen, den flachen sandigen Ufern, Brutplätzen von Vögeln und Stellen für die Nahrungssuche und Rastplätze während der Vogelzüge.

Im botanischen NSG Rinkotai stehen relativ naturbelassene Laubwälder am Ufer des Sees Dusia mit seltenen Pflanzenarten (Frauenschuh, Hohler und Mittlerer Lerchensporn, Lockerblütiges Rispengras, Zittergras-Segge) unter Schutz.

Das zoologische NSG Juodabale dient dem Schutz der Population der Sumpfschildkröte.

Im botanisch-zoologischen NSG Trakas steht der in Litauen einzigartige Bestand an Traubeneichen unter Schutz, Wald- und Moorvegetation der Hügellandschaft in Südlitauen, mit Linden, Hainbuche, Kiefern, Fichte und Schwarzerle in den Wäldern, Pflanzengesellschaften der Übergangsmoore mit seltenen und gefährdeten Pflanzen und Nistplätzen seltener Vögel.

Im Regionalpark Meteliai gibt es 2 Objekte des Naturerbes (die Große Eiche und die Eiche mit Baumhöhlen von Sirvintas) und 15 Objekte des Kulturerbes, wovon 7 als Kulturdenkmäler ausgewiesen sind.