Der Regionalpark Dubysa dient dem Erhalt der Landschaft des durch Erosion tief eingegrabenen Tals der Dubysa. Unter Schutz stehen dadurch:

• Das eiszeitliche Tal der Dubysa mit den Tälern der Nebenflüsse und vielen Kerbtälern, eine Landschaft die aus geomorphologischen, hydrographischen, botanischen und kulturellen Gesichtspunkten sehr wertvoll ist;
• Objekte des Kulturerbes, darunter das Museum im Hof des Dichters Maironis mit seiner natürlichen und kulturellen Umgebung;
• die Stabilität von Ökosystemen und Elementen der Biotope, spezielle Pflanzen und Tiere, die natürlichen Migrationswege und Laichplätze von Fischen.

Die Landschaft des Regionalparks zeichnet sich durch eine ausgeprägte Struktur und durch ein charakteristisches Kulturerbe und ein hohes Potenzial für Bildungstourismus aus. Die Vielfalt der Landschaft des Regionalparks Dubysa setzt sich aus folgenden Landschaftstypen zusammen: tiefes und breites Durchbruchstal eines Flusses mit Mäandern und Altarmen, Täler der kleineren Nebenflüsse, Abhänge von Moränen, durch Erosion geformte Hänge und Kerbtäler, aufgestaute Flüsse und Bäche, Moränen-Hügelland mit Lehmboden. Die durch Erosionsprozesse entstandene Tallandschaft ist in dieser Ausgeprägtheit in Litauen einmalig. Die Höhenunterschiede betragen 50-60 m zwischen Tallage und oberer Hangkante. Entlang der Hänge gab es eine durchgängige Kette von Burgen.

Die Gesamtzahl der Pflanzenarten beträgt 805. Die Gesamtzahl der Tierarten beträgt 922. 32 Säugetiere, von denen 2 von der EU geschützt sind und 1 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurde. 145 Vögel, von denen 9 von der EU geschützt sind und 5 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 15 Fische, von denen 2 von der EU geschützt sind und 1 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurde. Reptilien und Amphibien 6 Arten. 724 Wirbellose, von denen 1 von der EU geschützt ist und 4 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden.

Zum Schutz von Natur- und Kulturschätzen wurden im Regionalpark Dubysa 8 Schutzgebiete ausgewiesen (2 Landschaftsschutzgebiete, 2 geomorphologische, 2 hydrographische, 1 botanisch-zoologisches und 1 historisches).

In den Landschaftsschutzgebieten steht unter Schutz: Betygala – das breite und tiefe eiszeitliche Tal der Dubysa, das in seiner Form in Litauen einzigartig ist, mit Kerbtälern und Spornen, den Unterläufen der Nebenflüsse Lelykas, Sventupis, Sakuma und Upyte, Wiesen-Lebensraumtypen nach FFH-Richtlinie (Kalktrockenrasen, Trockene kalkreiche Sandrasen, Artenreiche, mesophile Weiden, Magere Flachland-Mähwiesen) und Wälder (Krautreiche Fichtenwälder, Schlucht- und Hangmischwälder) mit geschützten Pflanzen- und Tierarten, darunter Kreuzenzian, Baltisches Knabenkraut, Helm-Knabenkraut, Männliches Knabenkraut, Schlehen, Eisvogel, Wachtelkönig, Fischotter, Forellen, Schwarzer Apollo, Brombeer-Perlmuttfalter, Gelbringfalter, Schwalbenschwanz, Maivogel, Ensemble der Burghügel bei Betygala, Burghügel, Hügelgräber und Friedhof Kejenai, Burghügel von Darbutai und Rociske, Maria-Himmelfahrt-Kirche mit Kapelle in Ugioniai, historischer Teil des Städtchens Betygala; Lyduvenai – Komplex von tiefen Kerbtälern am Mittellauf der Dubysa linksseitig, die Umgebung des Dorfes Kalniskiai, Mäander und Altarme der Dubysa, das enge, tiefe und verzweigte Tal des Dratvuo, mäandernder Unterlauf der Lapise, FFH-Lebensraumtypen in Wäldern (krautreiche Fichtenwälder, Schlucht- und Hangmischwälder) und Wiesen (Kalktrockenrasen, artenreiche, mesophile Weiden, magere Flachland-Mähwiesen) mit geschützten Tier- und Pflanzenarten, darunter Wiesenrauten-Muschelblümchen, Baltisches Knabenkraut, Helm-Knabenkraut, Männliches Knabenkraut, Grünliche Waldhyazinthe, Schlehe, Kreuzenzian, Schierlingssilge, Forellen, Wachtelkönig, Eisvogel, Fischotter, Wiesenknopf-Ameisenbläuling, Ensemble um den Burghügel Lyduvenai, die höchste Eisenbahnbrücke in Litauen.

In den geomorphologischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Kirksnove – das teils tief eingeschnittene, im Unterlauf durch die Flussaue mäandernde Flüsschen Kirksnove mit einem Mosaik aus offenen und bewaldeten Hängen; Lukne – das breite und tiefe Tal der Dubysa mit charakteristischen linken Nebenflüssen, die durch tiefe, verzweigte Kerbtäler fließen, die Dubysa mit Fragmenten von Altarmen, FFH-Lebensraumtypen auf Wiesen (Kalktrockenrasen, Artenreiche mesophile Weiden, Flachland-Mähwiesen) und in Wäldern (krautreiche Fichtenwälder, Hainbuchenwälder, Schlucht- und Hangmischwälder) mit geschützten Tier- und Pflanzenarten, darunter Kreuzenzian, Fleischfarbenes und Baltisches Knabenkraut, Grünliche Waldhyazinthe, Schierlingssilge, Eisvogel, Wachtelkönig, Fischotter, Forellen, Wiesenknopf- und Kreuzenzian-Ameisenbläuling, Großer Feuerfalter, Brombeer-Perlmuttfalter, Großes Wiesenvögelchen, Burghügel Padubysys.

In den hydrographischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Dubysa – das einzigartige Flusstal der Dubysa im Oberlauf, die Mäander des Flusses und Altarme, Burghügel Bulavenai und FFH-Lebensraumtypen Kalktrockenrasen, Artenreiche mesophile Wiesen, Flachland-Mähwiesen; Palonas – beispielhaftes, durch den Menschen kaum gestörtes Tal eines sauberen Flüsschens mit Abhängen und Aufschlüssen.

Im botanisch-zoologischen NSG Plauginiai werden die für den Rücken von Ost-Zemaitija typischen Nadel- und Laubwälder unter Schutz gestellt, darunter auch Wälder der FFH-Lebensraumtypen Krautreiche Fichtenwälder und Hainbuchenwälder mit zoologisch und mykologisch wertvollen Ökosystemen.

Im historischen Schutzgebiet Pasandravys steht der Geburtsort und der Elternhof des Dichters Jonas Maciulis-Maironis mit der natürlichen und kulturellen Umgebung unter Schutz, daneben auch die Gräber der Aufständischen von 1863.

Im Regionalpark befinden sich 5 Objekte des Naturerbes. Der Findling mit Vertiefungen, die „Schöne Eiche“ aus dem Wald Plauginiai, die Eiche von Mikolajus Dauksa, der Aufschluss am Lelykas und die Quelle Skiruciai. Im Regionalpark befinden sich 54 Objekte des Kulturerbes, von denen 12 als Kulturdenkmal klassifiziert sind.