Der Nationalpark Aukstaitija wurde gegründet, zum Schutz:

• des Ökosystems am Berührungspunkt dreier Landschaftsbereiche, des Oberlaufs der Zeimena, des Urwalds Azvinciai (Gerveciai) und der Seenplatte Balciai mit den bewaldeten und seenreichen glazialen Rinnen von Baluosas, Linkmenas-Ukojas, Tauragnas und Utenas, des Landrückens Siliniskes mit Ladakalnis, der Moräne von Benediktavas (Makys) und des Tal der Kiauna, des geomorphologischen Komplexes Petriskiai, und des hydrographischen Beckens von Buka, Juodupe, Svogina, Pliause, Labaze, Asalnai und Zeimenu, der Moore Vilkaraistis, Kriogzlys, Siuriai und Pagilute, der charakteristischen Wälder von Azvinciai und Mincia, der Biotope von Kretuonas, Kretuonykstis, Knytis und Pazeimen, der seltenen Pflanzen und Tiere und der anderen Naturobjekte;
• der Reste der Verteidigungslinien in Nordostlitauen aus dem 12.-15. Jahrhundert mit den Burghügeln Taurapilis, Ginuciai, Puzinskiai, Linkmenai, Vajuonis und weiteren, des Burgwalls Rekuciai, des einzigartigen archäologischen Ensembles Kretuonas, der Hügelgräberfelder und Steinzeitsiedlungen bei Mincia, Sakarva, Paluse, Kaltanenai, Sventas und anderswo, der ethnographisch wertvollen Dörfer Salai (II), Varniskes (II), Vaisnoriske, Suminai (Pabaluose), Strazdai (Sariske), Kretuonys, Benediktavas (Maknys), anderer Dörfer, in denen wertvolle ethnographische Elemente erhalten sind, des urbanen Ensembles von Kaltanenai, des Ensembles der Kirche in Paluse, der im Park befindlichen Wassermühlen, des Zeidlermuseums in Stripeikiai und weiterer Objekte des Kulturerbes;
• der Stabilität, des Erhalts und der Vielfalt des Ökosystem des Oberlaufs der Zeimena.

Der Nationalpark Aukstaitija zeichnet sich durch seine einzigartige bewaldete und hügelige ziemlich naturbelassene Landschaft des oberlitauischen Rückens mit glazialen Rinnen voller miteinander verbundener Seenketten aus. Von besonderem Wert im Nationalpark sind der in Litauen einzigartige Rücken von Siliniskes, der von allen Seiten von insgesamt 9 Seen umgeben ist und den legendären Hügel Ladakalnis beinhaltet, der mit 62,5 m tiefste See in Litauen, Tauragnai, die einzige Insel in Litauen, die ihrerseits einen See enthält, die Insel Ilgasale im See Baluosas, die Seen von Laumakeliai mit unterschiedlicher Wasserfarbe, das sporadisch im Altarm fließende und schwer zu prognostizierende Flüsschen Tauragne, das in den See Almajas fließende Flüsschen Pliause, die sich durch den Wald schlängelnden Flüsschen Svogina und Juodupe und die hornförmige Halbinsel in den Seen und der Kreideaufschluss unweit des Sees Baluosas. Im Nationalpark entspringt einer der faszinierendsten Flüsse in Litauen, die Zeimena. Durch besondere Artenvielfalt zeichnen sich der Asvinciai-Urwald aus, der schon lange keine wirtschaftliche Tätigkeit mehr gesehen hat, und der Mincia-Wald, der See Baltis, der sich durch einen regelmäßigen Wechsel beim Wasserstand abhebt, der Eichenwald von Ginuciai, das Tal der Zeimena mit seinen zahlreichen Altarmen, das voller Leben ist, und die Moore von Kretuonykstis, Kriogzlys und Pagilute. Hier gibt es zahlreiche seltene Pflanzen und Pilze und laut der EU-Richtlinien geschützte Vögel, Säugetiere und Insekten. Man kann sich hier an den wilden heimischen Orchideen erfreuen, aber auch den Wolf und Luchs zu Gesicht bekommen und den Uralkauz hören. Der architektonische Glanzpunkt des Nationalparks Aukstaitija, die auch das Emblem des Nationalparks ziert und auf dem alten 1-Litas-Geldschein abgebildet war, ist die Holzkirche von Paluse mit dem separaten Glockenturm. Im Park gibt es eine große Vielfalt ethnographischer Dörfer. Anhand der Eigenschaften der Zeilen- und Haufendörfer und Streusiedlungen kann man die hundertjährige Entwicklung des litauischen Dorfs ablesen. Die ältesten Siedlungen stehen mit den Burghügeln Papiliakalne und Ginuciai und den Grablagen aus der Stein- und Bronzezeit und den Hügelgräbern vom 5. - 11. Jahrhundert in Verbindung, die eines der ältesten Siedlungsgebiete in Litauen darstellen.

Der Nationalpark Aukstaitija liegt zwischen der Seenplatte des Baltischen Rückens und den Hügeln des Rückens Nord-Nalsia (Svencionys). Die landschaftliche Struktur des Nationalparks ist im Vergleich zu den anderen staatlichen Parks komplexer. Er zeichnet sich durch ein charakteristisches und zahlreiches Natur- und Kulturerbe aus und durch sehr großes Potenzial für Erholung und Bildungstourismus im Verbund mit dem ethnokulturellen Erbe. Nach der Bewertung der Komplexität der Landschaften gehört der Nationalpark Aukstaitija zur höchsten Kategorie.

Die wichtigsten Landschaftstypen sind Seenplatte in glazialen Rinnen mit bewaldeten Hügeln, Gruppen kleinerer Seen, Senken mit Seen und Feuchtgebieten, bewaldete terrassierte Täler von geringer Tiefe, bewaldete fluvioglaziale Terrassen, bewaldete wellige Erhebungen, Moränenzüge mit Wald oder landwirtschaftlicher Nutzung.

Von der Europäischen Union geschützte Lebensraumtypen (Bezeichnung und EU-Code): 3140 Gewässer mit benthischer Vegetation aus Armleuchteralgen, 3150 Natürliche eutrophe Seen, 3160 Dystrophe Seen und Teiche, 6410 Pfeifengraswiesen, 7110 Lebende Hochmoore, 7140 Übergangs- und Schwingrasenmoore, 7160 Mineralreiche Quellen und Niedermoorquellen, 7210 Kalkreiche Niedermoore mit Binsenschneide, 7230 Kalkflachmoore, 9010 Westliche Taiga, 9050 Krautreiche Fichtenwälder, 9080 Laubholz-Bruchwälder, 91D0 Moorwälder.

Die Gesamtzahl der Pflanzenarten liegt bei 992, davon sind 96 in der Roten Liste von Litauen. Die Gesamtzahl der Tierarten beträgt 2961. 54 Säugetier-Arten, von denen 18 von der EU geschützt sind und 14 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 243 Vogelarten, von denen 68 von der EU geschützt sind und 70 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 41 Fischarten, davon sind 3 in der Roten Liste von Litauen. 17 Amphibienarten, von denen 8 von der EU geschützt sind und 4 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden. 2606 Wirbellose-Arten, von denen 14 von der EU geschützt sind und 39 in die Rote Liste von Litauen aufgenommen wurden.

Zur Bewahrung der natürlichen und kulturellen Schätze des Nationalparks Aukstaitija wurden 2 Totalreservate und 28 Schutzgebiete (7 Landschaftsschutzgebiete, 1 geomorphologisches, 7 hydrographische, 4 botanisch-zoologische, 5 telmologische, 2 Kulturschutzgebiete, 1 archäologisches und 1 urbanes) ausgewiesen.

In den Totalreservaten im Nationalpark steht unter Schutz: Urwald Azvinciai (Gerveciai) – der beispielhafte Urwald Ostlitauens mit den für diese Region typischen Biozönosen, seltenen Tieren und Pflanzen; Baltis – der beispielhafte Thermokarstsee mit wissenschaftlicher interessanter Hydrologie und Biozönose mit seltenen Tieren und Pflanzen und Urwaldresten.

In den Landschaftsschutzgebieten steht unter Schutz: Baluosas – das für Aukstaitija typische Thermokarst-Relief mit Seen und Wäldern mit dem namensgebenden See Baluosas, die ethnographisch wertvollen Dörfer am See und seltenen hydrologischen Eigenschaften und Arten; Benediktavas – der sehr auffällige Landschaftskomplex aus hügeligem Wald und Agrarlandschaft mit dem ethnographisch wertvollen, reichlich begrünten Dorf Benediktavas und archäologischen Schätzen; Kiaunos – die natürliche hydrographische Struktur des Mittellaufs der Kiauna mit den für Aukstaitija typischen Dörfern am Fluss Stirnine, Vasiuliske und Zvirbliske; Kretuonas – der in Litauen einzigartige Komplex aus Natur und Kultur von großem ökologischen Wert, mit archäologischen Funden von nationaler Bedeutung und dem ethnographisch wertvollen Dorf Kretuonai; Siliniskes – einer der typischsten Komplexe aus glazialen Rinnen mit Seen in Litauen mit dem Rücken Siliniskes inmitten des Sees, dem Eichenwald von Ginuciai und weiteren natürlichen und archäologischen Schätzen; Tauragnas – der tiefste See in Litauen in landschaftlich sehr reizvoller Lage in einer glazialen Rinne mit dem saisonal trocken fallenden Flüsschen Tauragna, der geomorphologisch wertvollen Moräne bei Seimatis, der landwirtschaftlichen Struktur bei Taurapilis und Daunoriai, wie sie für das oberlitauische Hügelland typisch ist, dem archäologischen Ensemble Taurapili, das zu den bedeutendsten in Litauen gehört, und weiteres Natur- und Kulturerbe; Utenas – der Komplex um eine wald- und seenreiche für Aukstaitija typische glaziale Rinne mit zahlreichen archäologischen Schätzen und bedeutender Artenvielfalt.

Im geomorphologischen NSG Petriske steht der durch Erosion entstandene flache Hügel unter Schutz.

In den hydrographischen Schutzgebieten steht unter Schutz: Asalnai – die Seen Asalnai und Dringykstis, die Buchten am südwestlichen Ufer des Sees Dringis und die angrenzenden Gebiete, der einzigartige und landschaftlich reizvolle Komplex aus Seen, Buchten und Durchflüssen mit Biotopen für seltene Tiere und Pflanzen; Buka – die einzigartige Struktur des Flüsschens Buka und die typischen Flussbiotope; Juodupe – der naturbelassene durch einen Wald fließende Fluss Juodupe mit Niedermooren im Oberlauf; Labaze – der See Labazis und der in diesem entspringende naturbelassene Fluss Labaze mit dem bewaldeten Flusstal und Biotopen in Seitentälern; Pliause – der Komplex aus dem naturbelassenen Flüsschen Pliause und dem kleineren See mit seltenen Pflanzen und Balzplätzen von Birkhühnern; Svogina – die landschaftlich reizvolle Struktur des Flusses Svogina, das bewaldete Tal mir naturnahen Wiesen und seltenen Pflanzen; Zeimenai – die Struktur ineinander übergehender glazialer Rinnen mit Seen, Inseln und Halbinseln und Überwinterungsplätzen seltener Vogelarten.

In den botanisch-zoologischen NSG steht unter Schutz: Azvinciai-Wald – die für Ost-Aukstaitija typischen Ökosysteme mit seltenen Tier- und Pflanzenarten und Lebensräumen für seltenere Arten; Minciagire – die Lebensräume am Flüsschen Mincia mit seltenen Tieren und Pflanzen; Knytys – das größte Hochmoor im Nationalpark, der naturbelassene Fluss Knytys und die Umgebung mit seltenen Tieren und Pflanzen; Zeimena – das landschaftlich reizvolle Tal der Zeimena, mit seltenen Tieren und Pflanzen im Fluss und den Auwiesen und Auwäldern am Fluss.

In den telmologischen (moorkundlichen) NSG steht unter Schutz: Kriogzlys – für Ostlitauen typisches, teils bewaldetes Moorgebiet mit dem verlandenden See Kriogzlys, seltenen Pflanzen und Brutplätzen von Auerhahn und anderen seltenen Vogelarten; Kretuonykstis – einer der größten Moorkomplexe mit Seen in Ost-Litauen mit archäologischen Funden; Pagilute – der Moorkomplex Pagilutis ist das wohl umfassendste Moor-Ökosystem im Nationalpark, das sich durch seltene Pflanzenarten auszeichnet und besonders aus ornithologischer Sicht wertvoll ist; Siuriai – ein einzigartiger Komplex aus bewaldeten Seeufern und Flussauen, mit einem beispielhaften moorigen Fließgewässer und einer besonders charakteristischen Struktur des Seeufers des Sees Dringis; Vilkaraistis – einer der größten an Seen angrenzenden Moorkomplexe in Ostlitauen mit Lebensräumen von seltenen Pflanzen und Tieren.

In den Kulturschutzgebieten steht unter Schutz: Salai – typisches Dorf der Region Aukstaitija am See; Varniskiai – typisches Walddorf der Region Aukstaitija.

Im archäologischen Schutzgebiet Rekuciai werden mit der historischen Befestigungsanlage Rekuciai, eine der größten ihrer Art in Litauen, und der archäologische Komplex um das Hügelgräberfeld Paversmis geschützt.

Im urbanistischen Schutzgebiet Kaltanenai wird die räumliche Struktur dieser ostlitauischen, gut erhaltenen Kleinstadt, welche die urbane Entwicklung zeigt, mit dem zentralen rechteckigen Marktplatz, den Resten des Gutshofes, architektonischen Schätzen und Denkmälern unter Schutz gestellt.

Im Nationalpark Aukstaitija gibt es 16 staatlich geschützte Objekte des Naturerbes. Die wichtigsten Naturdenkmäler davon sind: Ladakalnis, Insel Ilgasale im See Baluosas, Landspitze Dringis, Landspitze Ziegenhörner, Findlinge Mokas und Mokiukas, Seen (Blauer und Grüner) Laumakelis, Kiefer von Asalnai, Kiefer von Labakarsis. Im Regionalpark befinden sich 150 Objekte des Kulturerbes, von denen 20 als Kulturdenkmal klassifiziert sind.