В 1726 г. в Стирняй уже были две часовни: одна из них, часовня Св. Иоанна, принадлежала иезуитам, которые активно действовали в этих местах с конца XVII в. Перестроенная  часовня сохранилась до ХХ в. В 1922 г., после учреждения прихода, богослужения проходили в часовне. В 1931 г. в другом месте был построен временный деревянный костел. В 1937−1940 годах возведен нынешний каменный костел. 29 июня 1941 г., сразу же после завершения строительства, приходский священник принял мученическую смерть и был застрелен отступающими красноармейцами на берегу озера Стирняй.