112 he.
Juodupio botaniniame draustinyje saugoma biologiniu požiūriu itin vertinga Juodupio upelio slėnio, paslėnio, Prieupės ir Briedinės pelkių ekosistema su Europos Bendrijos svarbos miškų ir pelkių buveinėmis ir joms būdingomis saugomų augalų, grybų ir gyvūnų bendrijomis.