В национальных парках насчитывается 9 природных и культурных заповедников. В Аукштайтийском национальном парке – 2 природных заповедники (пуща Ажвинчяй (Гярвечяй), Бальтис (Baltys). В Дзукийском национальном парке – 3 природных заповедники (Скроблус, Мустейка, Повильнис (Povilnis). В национальном парке Куршской косы – 2 заповедники (Гробштас и Нагляй). На территории Тракайского исторического национального парка – 2 культурных заповедники (островной и полуостровной замок; замок в Старом Тракай (Senieji Trakai). В Жемайтийском национальном парке – 2 природных заповедники (Плокштине и Рукунджяй).
В региональных парках – 24 природных заповедники , а в биосферном резервате Жувинтас – 3.
| Назва́ние | Площадь, ге |
|---|---|
| Природный заповедник Ажвинчяй (Гервечю сенгире) (1997-04-28) | 690,5 |
| Природный заповедник Бальтиса (1997-04-28) | 147,7 |
| Природный заповедник Будрагайдиса (1998-12-17) | 65,5 |
| Природный заповедник Буктбале (2002-11-19) | 97,4 |
| Природный заповедник Драусгириса (1996-04-11) | 205,1 |
| Природный заповедник Дукштай (1996-04-11) | 35,8 |
| Природный заповедник Гирутишкиса (1996-04-11) | 1402,4 |
| Природный заповедник Гробштаса (1994-12-19) | 277,3 |
| Природный заповедник Грибингириса (1996-04-11) | 372,1 |
| Природный заповедник Калнай (1998-12-10) | 64,8 |
| Природный заповедник Кяунелишкиса (1996-04-11) | 282,9 |
| Природный заповедник Любялиса (1995-02-15) | 53,3 |
| Природный заповедник Люкштине (2002-11-19) | 41,7 |
| Природный заповедник Люнялиса (1995-02-15) | 34,1 |
| Природный заповедник Охотничего (Меджёклес) болота (2001-11-07) | 270,6 |
| Природный заповедник Мергишкес (1996-04-11) | 156,4 |
| Природный заповедник Минии (1995-02-15) | 114,6 |
| Природный заповедник Мустейки (1997-04-29) | 216,9 |
| Природный заповедник Нагляй (1994-12-19) | 1669,0 |
| Природный заповедник передней дельты Нямунаса (1995-02-15) | 2406,8 |
| Природный заповедник Обелите (1995-02-15) | 60,8 |
| Природный заповедник Плазе (1997-03-17) | 228,4 |
| Природный заповедник Плокштине (1997-04-28) | 844,6 |
| Природный заповедник Повильниса (1997-04-29) | 183,2 |
| Природный заповедник бора Пуни (1997-03-17) | 2237,1 |
| Природный заповедник Пурвяй (1995-02-15) | 108,7 |
| Природный заповедник Рукунджяй (1997-04-28) | 382,0 |
| Природный заповедник Шакимаса (1996-04-11) | 141,4 |
| Культурный заповедник старого Тракайского замка (1993-12-06) | 16,3 |
| Природный заповедник Скайстиса (1995-02-15) | 18,4 |
| Природный заповедник Скробласа (1997-04-29) | 1597,9 |
| Природный заповедник Стерваса (1996-04-11) | 760,4 |
| Природный заповедник Тракаса (2001-11-07) | 49,7 |
| Культурный заповедник Тракайского острова и полуострова (1993-12-06) | 26,0 |
| Природный заповедник Ужпелькяй (2006-05-05) | 257,2 |
| Природный заповедник Вельнярависа (2001-11-07) | 71,3 |
| Природный заповедник Восины (1996-04-11) | 197,9 |
| Природный заповедник Жувинтаса (2002-11-19) | 6062,6 |
