Считается, что первая кенеса была построена на нынешнем местекараимы, привезенные герцогом из Крыма в Тракай в 1397 году во времена Витаутаса Великого. XV - XIX в. во время войн, пожаров и других исторических бедствий кенеса неоднократно разрушалась, сжигалась, уничтожалась, но всегда восстанавливалась усилиями караимской общины. XIX в. в конце XX века. В начале XIX века была восстановлена кенеза, на крыше была установлена башня-фонарь, а крыша была покрыта оловом. Считается, что внутренние настенные росписи были созданы в тот период и сохранились до наших дней. Это сакральное здание отражает этнические особенности караимской архитектуры и внутренней отделки. Здание принадлежит литовской караимской религиозной общине.